A. fumigatusに対する鼻粘膜上皮の遺伝子応答と遺伝的多様性

鼻粘膜上皮对烟曲霉的遗传反应和遗传多样性

• 批准号: 22K09676
• 负责人: 廣田 朝光
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Jikei University School of Medicine
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K09676/
• 关键词: Aspergillus fumigatus; 網羅的遺伝子発現解析; 遺伝的多様性; RNAseq

エアコン等の空調設備にしばしば認められるAspergillus fumigatus (以下、Af) は、アレルギー性気管支肺真菌症やアレルギー性真菌性副鼻腔炎などのアレルギー性の上下気道疾患を引き起こす主要な病原微生物としてよく知られている。Afの下気道での報告が多くなされている一方、上気道における応答性については不明な点も多い。また、Afに対する応答性にZNF 77遺伝子のバリアントが関わることも近年報告されている。本研究では、1. 鼻粘膜上皮細胞のAfに対する遺伝子応答の網羅的解析、2. 日本人におけるAfに対する応答性の遺伝的多様性の検証、3. Af特異的IgE抗体陽性、及び、陰性症例の擦過鼻粘膜上皮細胞の網羅的遺伝子発現解析の３つの検証を中心に行うことにより、上下気道におけるAfの関与するアレルギー疾患の新たな予防法、治療法の開発へ繋がる新たな知見を創出することを目的としている。初年度は、前述2に関して、報告のあったZNF77 の ナンセンスバリアント (rs35699176, p.Gln100Ter)およびその他のコーディング領域におけるバリアントの有無について、48名の慢性副鼻腔炎患者のゲノムDNAを用いて、ダイレクトシークエンス法にて行なった。報告のあったナンセンスバリアントは (rs35699176) 48名の慢性副鼻腔炎患者の中では同定できなかった。しかし、アミノ酸を変化させるミスセンスバリアントを2箇所同定した。また、前述3に関して、擦過鼻粘膜上皮細胞からより高品質RNAを取得するため、取得方法についていくつか検証を行なった。その結果、RIN > 7を満たす高品質なTotal RNAをコンスタントに取得できる方法を確立した。このTotal RNAを用いてRNA-Seqを行い、通常の解析が問題なく実施できることを確認した。

烟曲霉（Af）常存在于空调等空调设备中，是众所周知的引起过敏性支气管肺真菌病、过敏性真菌性鼻窦炎等过敏性上、下呼吸道疾病的主要病原微生物。尽管有许多关于下呼吸道AF的报道，但其在上呼吸道的反应性仍存在许多未知数。此外，最近有报道称 ZNF 77 基因的变体与 Af 的反应有关。在这项研究中，我们将1.综合分析鼻粘膜上皮细胞对Af的遗传反应，2.验证日本人对Af反应的遗传多样性，以及3.Af特异性IgE抗体阳性和阴性病例。对刮取的鼻粘膜上皮细胞进行全面的基因表达分析，我们将创造新的知识，从而开发出与AF相关的上呼吸道和下呼吸道过敏性疾病的新预防和治疗方法。第一年，我们利用 48 名慢性鼻窦炎患者的基因组 DNA 进行了一项直接研究，以确定编码区是否存在先前报道的 ZNF77 无义变异（rs35699176，p.Gln100Ter）和其他变异。使用序列方法。在 48 名慢性鼻窦炎患者中未发现先前报道的无义变异 (rs35699176)。然而，我们发现了两种改变氨基酸的错义变体。针对上述3，为了从刮取的鼻粘膜上皮细胞中获得更高质量的RNA，我们验证了几种获取RNA的方法。因此，我们建立了一种能够持续获得满足 RIN > 7 的高质量总 RNA 的方法。使用该总RNA进行RNA-Seq，确认可以毫无问题地进行正常分析。