Development of protein function prediction methods with global substructures and interaction stochastic models

开发具有全局子结构和相互作用随机模型的蛋白质功能预测方法

• 批准号: 16K00392
• 负责人: HAYASHIDA Morihiro
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Matsue National College of Technology (2017-2019)Kyoto University (2016)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-04-01 至 2020-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16K00392/
• 关键词: タンパク質相互作用予測; タンパク質二量体予測; 中央文字列; 文法圧縮; 一般化Series-Parallelグラフ; ラプラス様混合確率分布; EMアルゴリズム; 畳み込みニューラルネットワーク; タンパク質ドメイン; ニューラルネットワーク; タンパク質RNA相互作用; 条件付き確率場; イジングモデル; 一般化series-parallelグラフ; 整数線形計画問題; 宿主病原体相互作用; 局所トポロジー; Dicer切断部位; 三角不等式; タンパク質

项目成果

Improving conditional random field model for prediction of protein-RNA residue-base contacts

改进用于预测蛋白质-RNA残基接触的条件随机场模型

• DOI: 10.1007/s40484-018-0136-7
• 发表时间: 2018
• 影响因子: 3.1
• 作者: Morihiro Hayashida; Noriyuki Okada; Mayumi Kamada; Hitoshi Koyano
• 通讯作者: Hitoshi Koyano

Analysis of critical and redundant vertices in controlling directed complex networks using feedback vertex sets

使用反馈顶点集控制有向复杂网络中的关键和冗余顶点分析

• DOI: 10.1089/cmb.2018.0019
• 发表时间: 2018
• 影响因子: 1.7
• 作者: Yu Bao; Morihiro Hayashida; Pengyu Liu; Masayuki Ishitsuka; Jose Nacher; Tatsuya Akutsu
• 通讯作者: Tatsuya Akutsu

Convolutional neural network approach to lung cancer classification integrating protein interaction network and gene expression profiles

整合蛋白质相互作用网络和基因表达谱的肺癌分类的卷积神经网络方法

• 发表时间: 2018
• 作者: Teppei Matsubara; Tomoshiro Ochiai; Morihiro Hayashida; Tatsuya Akutsu; Jose Nacher
• 通讯作者: Jose Nacher

Convolutional neural network approach to lung cancer classification integrating protein interaction network and gene expression profiles

整合蛋白质相互作用网络和基因表达谱的肺癌分类的卷积神经网络方法

• DOI: 10.1142/s0219720019400079
• 发表时间: 2019
• 影响因子: 1
• 作者: Teppei Matsubara; Tomoshiro Ochiai; Morihiro Hayashida; Tatsuya Akutsu;Jose C. Nacher
• 通讯作者: Jose C. Nacher

Artificial neural network approach to prediction of protein-RNA residue-base contacts

人工神经网络方法预测蛋白质-RNA残基-碱基接触

• 发表时间: 2019
• 作者: Morihiro Hayashida; Jose Nacher; Hitoshi Koyano
• 通讯作者: Hitoshi Koyano