Genome sequence analysis of biofilm-forming Streptococcus constellatus

生物膜形成星座链球菌的基因组序列分析

• 批准号: 23592724
• 负责人: FUKUSHIMA Hisanori
• 金额: $ 3.24万
• 依托单位: Osaka Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23592724/
• 关键词: バイオフィルム; ストレプトコッカス; ゲノム; 病原性; ストレプトコッカス・コンステラタス; 口腔膿瘍

We isolated Streptococcus constellatus strain H39 from an apical abscess lesion. Scanning electron micrographs revealed that strain H39 had dense meshwork-like structures around the cells, which are a characteristic of exopolysaccharide-producing bacteria. Strain H39 grown in flow chambers formed biofilm. We reported a draft genome sequencing of strain H39 which can be used for further genetic study on biofilm formation mechanisms. The genome sequencing was performed by pyrosequencing. The putative gaps between contigs were closed by sequencing of polymerase chain reaction amplicons over the gaps. A high-quality draft genome sequence indicated that strain H39 had 3 ribosomal RNA genes, 45 transfer RNA genes and 1,926 putative protein-coding genes. We also found that strain H39 possessed genes encoding exopolysaccharide biosynthesis proteins and ABC-type polysaccharide transport proteins. These genes might contribute to the biofilm formation of S. constellatus.

我们从根尖脓肿病灶中分离出星座链球菌菌株 H39。扫描电子显微照片显示，菌株 H39 的细胞周围具有致密的网状结构，这是产生胞外多糖的细菌的特征。在流动室中生长的菌株H39形成生物膜。我们报告了 H39 菌株的基因组测序草案，可用于生物膜形成机制的进一步遗传学研究。通过焦磷酸测序进行基因组测序。通过对间隙上的聚合酶链式反应扩增子进行测序来闭合重叠群之间的假定间隙。高质量的基因组序列草案表明，菌株 H39 具有 3 个核糖体 RNA 基因、45 个转移 RNA 基因和 1,926 个推定的蛋白质编码基因。我们还发现菌株H39具有编码胞外多糖生物合成蛋白和ABC型多糖转运蛋白的基因。这些基因可能有助于星座链球菌生物膜的形成。

项目成果

Identification of the genes involved in the biofilm-like structures on Actinomyces oris K20, a clinical isolate from an apical lesion.

鉴定口放线菌 K20 中生物膜样结构所涉及的基因，口放线菌是一种从顶端病变中分离出来的临床分离株。

• 发表时间: 2013
• 影响因子: 4.2
• 作者: Mashimo C; Kamitani M; Nambu T; Yamane K; Yamanaka T; Tatami T; Inoue J; Kamei M; Morita S; Fukushima H
• 通讯作者: Fukushima H

口腔膿瘍から分離したStreptococcus intermediusのゲノム解析

口腔脓肿中分离出的中间链球菌的基因组分析

• 发表时间: 2012
• 作者: 山根一芳;南部隆之;真下千穂;山中武志;福島久典
• 通讯作者: 福島久典

難治性根尖性歯周炎から分離したRothia mucilaginosa DY-18株のバイオフィルム形成関連遺伝子の検索

寻找与难治性根尖周炎分离的Rothia mucilaginosa DY-18菌株中生物膜形成相关的基因

• 发表时间: 2011
• 作者: 藤平智広;山根一芳;吉田匡宏;山中武志;福島久典;林宏行
• 通讯作者: 林宏行

Gene expression profiles of Rothia mucilaginosa grown under diamide stress. International Congress of Bacteriology and Applied Microbiology

在二酰胺胁迫下生长的 Rothia mucilaginosa 的基因表达谱。

• 发表时间: 2011
• 作者: Nambu T; Yamane K; Yamanaka T; Mashimo C; Fukushima H
• 通讯作者: Fukushima H

PRODUCTION OF POLYCLONAL ANTIBODIES RAISED AGAINST PREVOTELLA INTERMEDIA GROEL AND DNAK PROTEINS

针对中间普雷沃氏菌 GROEL 和 DNAK 蛋白的多克隆抗体的生产

• 发表时间: 2011
• 作者: Takeshi Yamanaka; Chieko Sugimori; Kazuyoshi Yamane;Takayuki Nambu; Chiho Mashimo; Hisanori Fukushima
• 通讯作者: Hisanori Fukushima