Elucidation of cancer mutagen by novel signature analysis

通过新颖的特征分析阐明癌症诱变剂

• 批准号: 22K07164
• 负责人: 福世 真樹
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Chiba University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07164/
• 关键词: 癌; 変異解析; シグナチャー解析; ピロリ菌; 塩基切り出し型制限酵素; 変異シグナチャー; 発癌; 胃癌

従来の変異シグナチャーの拡張(A-1)3~7塩基パターンの癌変異中の濃縮を求めるプログラムを作成し，3塩基パターンから従来の変異シグナチャー解析と同等の結果が得られることを確認した．(A-3)胃癌の5塩基パターン解析からNGTAC配列の濃縮を確認し，当初から注目していた4塩基パターンGTAC(PabI制限酵素の認識配列)が重要であることを再確認した．ピロリ菌の持つPabIファミリー制限酵素の胃癌変異源か？予備的な解析から胃癌変異源と考えられたピロリ菌の持つ塩基切り出し型制限酵素(PabI)について，(B-1)E.coli T7 Express lysY/Iq株へMK9544株からファージP1での形質導入によってrpsl-Str(R) Kan(R)-rpslStr(S)を導入し，PabI発現プラスミドを導入したNT122株を作成した．この系ではrpsL遺伝子に起こった変異をストレプトマイシンでカウンターセレクション可能である．この系を用いて変異導入実験を行ったところ，IPTGによる変異導入(PabI発現)によって変異率が2桁弱上昇していることが明らかになった．(B-2)この株を用いて変異導入後にストレプトマイシン処理後にサンプルを回収しrpsL遺伝子領域のアンプリコンシーケンスを行った．(A-2)このシーケンシングデータについて変異解析を行った後，(A-1)で作成したプログラムを用いて4塩基パターン解析を行ったが，PabI発現の有無によるGTACパターンの有意な濃縮は見られなかった．

传统突变特征的扩展 (A-1) 我们创建了一个程序来查找癌症突变中 3 至 7 个碱基模式的富集，并确认我们可以获得与从 3 碱基模式分析传统突变特征相同的结果。 (A-3) 我们通过胃癌的5碱基模式分析确认了NGTAC序列的富集，并再次确认了我们从一开始就关注的4碱基模式GTAC（PabI限制性内切酶识别序列）的重要性。幽门螺杆菌PabI家族限制性内切酶是胃癌突变来源吗？ (B-1)用来自MK9544菌株的噬菌体P1转染大肠杆菌T7 Express lysY/Iq菌株，所述噬菌体P1涉及幽门螺杆菌的碱基切除限制性内切酶(PabI)，根据初步分析，幽门螺杆菌被认为是胃癌突变体。 NT122菌株是通过引入rpsl-Str(R)Kan(R)-rpslStr(S)和PabI表达质粒而创建的。在此系统中，可以使用链霉素反选择 rpsL 基因的突变。当我们使用该系统进行突变引入实验时，我们发现由于使用IPTG（PabI表达）进行突变引入，突变率增加了不到两个数量级。 (B-2)使用该菌株，在诱变和链霉素处理后收集样品，并进行rpsL基因区域的扩增子测序。 (A-2)对该测序数据进行突变分析后，使用(A-1)中创建的程序进行4碱基模式分析，但根据PabI表达的有无，GTAC模式没有显着富集我没看到。

项目成果

CRISPRiを用いた分裂酵母の全必須遺伝子ノック ダウンライブラリ構築への取り組み

利用 CRISPRi 构建裂殖酵母所有必需基因的敲低文库

• 发表时间: 2022
• 作者: 石川健;副島朗子;齋藤成昭
• 通讯作者: 齋藤成昭

Epigenome microevolution associated with DNA methyltransferases’ sequence-specificity alteration in H. pylori.

幽门螺杆菌中与 DNA 甲基转移酶序列特异性改变相关的表观基因组微进化。

• 发表时间: 2022
• 作者: Hirasaki Yoshiro;Okabe Atsushi;Fukuyo Masaki;Rahmutulla Bahityar;Mano Yasunobu;Seki Motoaki;Hoshii Takayuki;Namiki Takao;Kaneda Atsushi;Masaki Fukuyo
• 通讯作者: Masaki Fukuyo

Epigenetic activation of regions surrounding HPV integrated sites contributes to tumorigenesis of HNSCC

HPV 整合位点周围区域的表观遗传激活有助于 HNSCC 的肿瘤发生

• 发表时间: 2022
• 作者: Yoshino Ayaho;Goektas Goekhan;Mahmut Mehmet K.;Zhu Yunmeng;Goektas Oender;Komachi Taro;Okubo Kimihiro;Hummel Thomas;美馬勝人
• 通讯作者: 美馬勝人

Cinobufagin inhibits proliferation of acute myeloid leukaemia cells by repressing c-Myc pathway-associated genes

• DOI: 10.1016/j.cbi.2022.109936
• 发表时间: 2022-04-19
• 期刊: CHEMICO-BIOLOGICAL INTERACTIONS
• 影响因子: 5.1
• 作者: Hirasaki, Yoshiro;Okabe, Atsushi;Kaneda, Atsushi
• 通讯作者: Kaneda, Atsushi

Single-cell immunoprofiling after immunotherapy for allergic rhinitis reveals functional suppression of pathogenic TH2 cells and clonal conversion

• DOI: 10.1016/j.jaci.2022.06.024
• 发表时间: 2022-10-04
• 期刊: JOURNAL OF ALLERGY AND CLINICAL IMMUNOLOGY
• 影响因子: 14.2
• 作者: Iinuma, Tomohisa;Kiuchi, Masahiro;Hanazawa, Toyoyuki
• 通讯作者: Hanazawa, Toyoyuki