ニホンカモシカの全ゲノム解読および地理的遺伝構造の解明

日本鬣羚的全基因组测序和地理遗传结构的阐明

基本信息

批准号：
22K05695
负责人：
田中和明
金额：
$ 2.5万
依托单位：
Azabu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

群馬県で収集されたニホンカモシカ標本360個体のDNA抽出を完了した。全個体においてミトコンドリアDNAのd-loop領域の配列を解読し、Gunma-1;からGunma-15までの15種類のハプロタイプに分類した。これらの配列はすでにDDBJを介してLC652839 からLC652849 および LC730806から LC730809のアクセッション番号で公開している。また、先行して取得した、ニホンカモシカのオス１個体(個体番号VM20-03)の全ゲノムのショートリードNGS（ 360.5Gbの配列情報）に関して、カモシカ属では、アラインメントに必要なリファレンス配列が存在しないためバイオインフォマテックス支援を受けるために、大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設の公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT2022」として、DS施設・ゲノムデータ解析支援センターにおいて、Platanusによるゲノムアセンブリを行った。これを、入手可能な生物の中で最も近縁なヤギ（Capra hircus）のリファレンスゲノム (GCA_015443085.1)と比較すると、全体で平均97％の相同性があった。さらに、ヤギゲノムの染色体を参照してコンティグ整列と結合を行い常染色体とX染色体のほぼ全領域に対応することができた。またＹ染色体では偽常染色体領域およびその近傍に存在するZFYやAMELY遺伝子ではヤギのリファレンスゲノムと高い相同性を持つコンティグ配列が構築できた。次に、mtDNAの分析で関東平野を挟んだ東西地域間で集団構成が大きく異なることに注目し、西側から14個体、東側から11個体の合計25個体（全て雄）のPE150マルチプレックスNGSを行い、総計960 Gb（１個体平均38Gb）の配列データを取得した。この配列情報にいて現在分析を継続している。

完成对群马县采集的 360 份日本鬣羚标本的 DNA 提取。对所有个体的线粒体 DNA d 环区域进行了测序，并将其分为从 Gunma-1 到 Gunma-15 的 15 个单倍型。这些序列已通过 DDBJ 发表，登录号为 LC652839 至 LC652849 和 LC730806 至 LC730809。此外，短读长NGS（ 360.5 Gb 的序列信息），羚羊属中没有比对所需的参考序列，因此为了获得生物信息学支持，信息与系统研究组织（大学间研究）的公开招募类型的数据科学联合基础设施作为联合研究“ROIS-DS-JOINT2022”的一部分，在 DS 设施/基因组数据分析支持中心进行了使用悬铃木的基因组组装。当与现有最密切相关的生物体山羊 (Capra hircus) 的参考基因组 (GCA_015443085.1) 进行比较时，总体同源性平均为 97%。此外，通过参考山羊基因组染色体对齐和合并重叠群，我们能够覆盖常染色体和 X 染色体的几乎所有区域。此外，在Y染色体上，针对拟常染色体区域以及附近存在的ZFY和AMELY基因，构建了与山羊参考基因组具有高同源性的重叠群序列。接下来，我们通过 mtDNA 分析关注关东平原东西部地区人口构成的巨大差异，对总共 25 名个体（均为男性）进行了 PE150 多重 NGS，其中来自西部的 14 名个体和来自日本的 11 名个体。 east，总共获得了 960 Gb（平均每人 38 Gb）的序列数据。目前正在继续对该序列信息进行分析。