ニホンカモシカの全ゲノム解読および地理的遺伝構造の解明

日本鬣羚的全基因组测序和地理遗传结构的阐明

基本信息

批准号：
22K05695
负责人：
田中和明
金额：
$ 2.5万
依托单位：
Azabu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

群馬県で収集されたニホンカモシカ標本360個体のDNA抽出を完了した。全個体においてミトコンドリアDNAのd-loop領域の配列を解読し、Gunma-1;からGunma-15までの15種類のハプロタイプに分類した。これらの配列はすでにDDBJを介してLC652839 からLC652849 および LC730806から LC730809のアクセッション番号で公開している。また、先行して取得した、ニホンカモシカのオス１個体(個体番号VM20-03)の全ゲノムのショートリードNGS（ 360.5Gbの配列情報）に関して、カモシカ属では、アラインメントに必要なリファレンス配列が存在しないためバイオインフォマテックス支援を受けるために、大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設の公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT2022」として、DS施設・ゲノムデータ解析支援センターにおいて、Platanusによるゲノムアセンブリを行った。これを、入手可能な生物の中で最も近縁なヤギ（Capra hircus）のリファレンスゲノム (GCA_015443085.1)と比較すると、全体で平均97％の相同性があった。さらに、ヤギゲノムの染色体を参照してコンティグ整列と結合を行い常染色体とX染色体のほぼ全領域に対応することができた。またＹ染色体では偽常染色体領域およびその近傍に存在するZFYやAMELY遺伝子ではヤギのリファレンスゲノムと高い相同性を持つコンティグ配列が構築できた。次に、mtDNAの分析で関東平野を挟んだ東西地域間で集団構成が大きく異なることに注目し、西側から14個体、東側から11個体の合計25個体（全て雄）のPE150マルチプレックスNGSを行い、総計960 Gb（１個体平均38Gb）の配列データを取得した。この配列情報にいて現在分析を継続している。

在Gunma县收集的360个日本羚羊标本的DNA提取已完成。在所有个体中，将线粒体DNA的D环区域的序列分解为15个单倍型，范围从gunma-1;到Gunma-15。这些阵列已经通过DDBJ发布，其登录号从LC652839到LC652849，从LC730806到LC730809。此外，关于总体日本羚羊的整个基因组的短读NGS（序列信息）（序列信息（序列信息）（个人数字VM20-03），以获得生物信息学的支持，以获得生物信息学的支持，该属属不具有与静态序列相同的参考序列所必需的参考序列，因为基因静脉序列是基因的，并且具有静脉表序列，并没有参考序列。基因组数据分析支持中心作为公共招聘联合研究项目“ ROIS-DS-JOINT2022”的一部分，该项目是国家信息与系统研究所，该研究所是国家信息与系统研究所的联合用途设施，数据科学联合使用基础设施。将其与山羊的参考基因组（Capra Hircus）（可用生物的最接近的亲戚）（GCA_015443085.1）进行了比较，该基因组（GCA_015443085.1）的平均同源性为97％。此外，通过指代山羊基因组的染色体进行重叠式比对和结合，几乎允许常染色体和X染色体的所有区域。此外，Y染色体本可以用山羊的参考基因组构建一个具有高同源性的重叠序列，其假体区域以及附近存在的ZFY和卑鄙基因。接下来，我们注意到，通过分析mtDNA，东部和西部地区之间的人口组成有很大差异，对25个个体（所有男性）遭受了PE150多重NG，包括来自西方的14个人和来自东方的11个人，总共获得了960 GB（平均38 GB）（平均38 GB）。目前正在此序列信息中进行分析。