菌類のゲノムワイドな分子情報に基づく系統復元と研究領域拡大への基盤構築

基于真菌全基因组分子信息的系统发育重建，为拓展研究领域奠定基础

基本信息

批准号：
21K19286
负责人：
岡根泉
金额：
$ 3.99万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-07-09 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

筑波大学菌類標本庫（TSH）および茨城大学菌類標本庫（IBA；一部はTSHに移管済み）に収蔵されている植物絶対寄生菌であるさび病菌（サビキン）の乾燥標本合計約36,000点のうち、分類群を考慮して選抜した約650標本のDNAサンプルの一部、ならびにそれ以外の収集標本から得られたDNAサンプル計249サンプルについて、MIG-seq法（Suyama & Matsuki, 2015）用にゲノム中のマイクロサテライト領域を標的として設計された16種のプライマー（フォワードおよびリバーズプライマー各8プライマー）で第1次ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を実施した。その結果、良好な増幅が確認されたサンプルは24サンプルのみであった。供試材料には比較的新鮮なサンプルも加えて供試したが、MIG-seq用に設計されたユニバーサルプライマーのサビキンへの適用については今後の検討が必要であると判断された。一方、インドネシアおよび日本に生育する多様な植物の生葉から内生菌として分離・培養された汎存的で宿主広範性の子嚢菌であるPhyllosticta capitalensis（Phyllostictaceae, Botryosphaeriales）の309株についてMIG-seq法を適用し第1次PCRを実施したところ、306株において良好なPCR産物の増幅が確認された。本菌については、今後MIG-seq法によるゲノムワイドなDNAシーケンス情報を取得することで、種内の系統関係および集団遺伝学的解析が可能と判断された。

总共大约36,000种植物吸毒的寄生虫真菌（Sabikin），存储在Tsukuba University of Tsukuba Fungal标本（TSH）和Ibaraki University真菌标本（IBA）（IBA）（IBA;有些人已被转移到TSH）中，并被替代一些单位反应（iba），该型号的构造（perna;以及从其他收集的样品获得的249个DNA样品，用于Mig-Seq方法（Suyama＆Matsuki，2015年）。结果，仅确认只有24个样品具有良好的扩增。尽管将相对新鲜的样品添加到测试材料中，但确定将来需要考虑将为Mig-Seq设计的通用引物应用于Sabikin。 On the other hand, the MIG-seq method was applied to 309 strains of Phyllosticta capitalensis (Phyllostictaceae, Botryosphaeriales), a broad-based host ascomyceae, which was isolated and cultured from the raw leaves of various plants growing in Indonesia and Japan as endophytes, and the primary PCR was carried out by applying the MIG-seq method, and the amplification of PCR products was确认为306个菌株。据确定，未来使用MIG-SEQ方法获取全基因组DNA序列信息，可以通过获取全基因组DNA序列信息来实现这种细菌的系统发育关系和种群遗传分析。