媒介蚊のゲノムに眠る古代ウイルス遺伝子は蚊に深刻な病態を引き起こすのか？

隐藏在蚊子载体基因组中的古代病毒基因是否会导致蚊子患严重疾病？

基本信息

批准号：
21K19119
负责人：
鈴木康嗣
金额：
$ 3.99万
依托单位：
Ehime University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-07-09 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K19119/
关键词：
内在性ウイルス配列媒介蚊古代ウイルス

项目摘要

本研究は、多くのヒト病原性ウイルスを媒介するシマカに高い病原性を示すウイルスを蚊の内在性ウイルス配列（EVE）から探索し、その復元を目的とするものである。本年度は、複数のバイオデータベースとバイオインフォマティクスデータベースを用いて、シマカのEVE探索を行った。まず、新たに高品質のゲノム配列情報が公開されたネッタイシマカゲノム（CU_AaegROCK_1.0）に対して、BLASTnとtBLASTnにより、フラビウイルス属ウイルスに類似する配列の検索を行った。その結果、リファレンスゲノムとして用いられているAaegL5.0では8遺伝子座のEVEが検出されたのに対し、CU_AaegROCK_1.0では14遺伝子座のEVEが検出された。現在、詳細な解析を行っている。また、同様にTFASTX、TFASTYを用いたEVE探索も実施した結果、tBLASTnよりヒット数が多いものの、ヒットした配列のうち、FASTAでのみヒットしてきた配列の多くは単純リピート様配列であったため、False positiveである可能性が高い。False positiveと真のEVE配列を適切に選別するには、大規模検索後に手動での精査が必要であったため、その使用には方法の改善や使用場面を限定することが不可欠であることが分かった。さらに公共のデータベースであるSequence Read Archive (SRA)に登録されているシマカ由来の4233ハイスループットシークエンスデータ（DNAライブラリ）に対して、Magic-BLASTによりフラビウイルス属ウイルスの類似配列の検出を行った。フラビウイルス属ウイルスのうち、73種のウイルスに類似した配列が検出された。

这项研究旨在从蚊子内源性病毒序列（EVES）中搜索和恢复灰鱼中表现出高致病性的病毒。今年，我们使用多个生物培养地和生物信息学数据库对EVE搜索了EVE鲭鱼。首先，将新发布的高质量基因组序列信息的Aedebranch基因组（Cu_Aaegrock_1.0）搜索，使用BlastN和Tblastn搜索了类似于Flavivivirus属病毒的序列。结果，在AAEGL5.0中检测到8个基因座的EVES，用作参考基因组，而在Cu_aaegrock_1.0中检测到14个基因座的EVE。我们目前正在进行详细的分析。同样，使用TFASTX和TFASTY的EVE搜索表明，尽管命中次数高于TBLASTN，但在热门序列中，大多数仅被Fasta击中的序列都是简单的重复样序列，因此很可能是假阳性。发现改进的方法和限制使用对于正确选择误报和真实的前夕序列至关重要，因为经过大规模搜索后需要进行手动审查。此外，使用在公共数据库序列读取档案（SRA）中注册的农业中的4233高通量测序数据（DNA库）上使用Magic-Blast检测到Flavivirus属病毒的类似序列。在黄酮病毒属中，检测到类似于73种病毒的序列。