蛋白質の局所構造比較を起点とした立体構造予測の高度化

基于蛋白质局部结构比较的复杂 3D 结构预测

基本信息

批准号：
17J06457
负责人：
中村司
金额：
$ 1.22万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2017
资助国家：
日本
起止时间：
2017-04-26 至 2019-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本年は，二つの方面で研究の進展が見られた．1. 2018年に開催された蛋白質立体構造予測実験(13th Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction)に参加し，出題されたターゲットに対する立体構造予測を行った．この過程で立体構造予測に関する様々な知見を積み重ね，国際会議に参加し，今回我々が開発し用いた手法についても含め，議論を行った．2. 蛋白質基質結合ポケットの大規模データを解析するために開発した手法を用いて，これまでに報告されている異なる蛋白質における同一基質結合ポケットの構造多様性と，開発手法での類似性の定義との間の関係について，前年度に引き続き，解析した．また，従来手法では発見困難であった，一部の同一基質結合ポケット間の類似性も同定可能である例について拡充した．加えて，過去の研究で報告されている基質のconformational diversity と，ポケット構造の関係性についても解析を行った．さらに，2018年に発表された新たなデータセットを用いて，既存の他手法との性能比較を行った．これは，全体構造が一定以上類似する蛋白質に由来する推定ポケット形状ペアが混ざらないように，よくキュレーションされたデータセットである．この性能評価を通して，新規手法の有用性を一層明らかにした．こうした成果を二つの国内学会と二つの国際学会で発表した．

今年，我们在两个领域的研究取得了进展。 1. 参加2018年举办的第十三届蛋白质结构预测技术批判性评估全社区实验，预测目标的三维结构。通过这个过程，我们积累了有关3D结构预测的各种知识，参加了国际会议并进行了讨论，包括我们开发和使用的方法。 2. 利用一种分析蛋白质底物结合口袋大规模数据的方法，我们研究了迄今为止已报道的不同蛋白质中相同底物结合口袋的结构多样性，并使用所开发的方法定义了相似性。延续去年，我们分析了两者之间的关系此外，我们还扩展了一些示例，其中可以识别一些相同的底物结合袋之间的相似性，而使用传统方法很难检测到这些相似性。此外，我们分析了底物构象多样性与口袋结构之间的关系，这在过去的研究中已有报道。此外，我们使用 2018 年发布的新数据集将性能与其他现有方法进行了比较。这是一个精心策划的数据集，以避免混淆源自蛋白质的假定口袋形状对，其总体结构相似性超过一定程度。通过这次性能评估，我们进一步阐明了新方法的有用性。这些成果在两次国内会议和两次国际会议上发表。