Structure-activity relationship and thermostability of ribonucleoprotein enzyme

核糖核蛋白酶的构效关系及热稳定性

• 批准号: 22380062
• 负责人: KIMURA Makoto
• 金额: $ 11.65万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22380062/
• 关键词: 酵素利用学; リボザイム; リボ核タンパク質複合体酵素; tRNA; 超好熱性アーキア; 超好熱古細菌; X線小角散乱; X線結晶構造解析; リボ核タンパク質

The ribonuclease P (RNase P) in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshiicomprises RNA (PhopRNA) and five proteins. We analyzed the RNA binding mode of the proteins, using a pair of complementary fluorescence-labeled oligoribonucleotides. Fluorescence resonance energy transfer (FRET)-based assayssuggests that the RNase P proteins assist PhopRNA in attaining a functionally active conformation via a distinct mode of binding. Moreover, Thermodynamic analysis revealed that PhoRpp38 and PhopRNA interact with each other with an association constant (Ka) of 1.56 x 107M-1. It was further found that PhoRpp38 simultaneously binds two stem-loop structures in PhopRNA approximately with an equal affinity. On the basis of the results, it was suggested that the simultaneous binding of PhoRpp38 to SL1 and SL2 makes an appropriate orientation of the S and C domains and that PhoRpp38 binding stabilizes base pairing, which increases base staking in PhopRNA

超嗜热古菌堀越火球菌中的核糖核酸酶 P (RNase P) 包含 RNA (PhopRNA) 和五种蛋白质。我们使用一对互补的荧光标记寡核糖核苷酸分析了蛋白质的 RNA 结合模式。基于荧光共振能量转移 (FRET) 的测定表明，RNase P 蛋白通过独特的结合模式帮助 PhopRNA 获得功能活性构象。此外，热力学分析表明PhoRpp38和PhopRNA以1.56 x 107M-1的关联常数（Ka）相互作用。进一步发现PhoRpp38以大约相等的亲和力同时结合PhopRNA中的两个茎环结构。根据这些结果，表明 PhoRpp38 与 SL1 和 SL2 的同时结合使 S 和 C 结构域具有适当的方向，并且 PhoRpp38 的结合稳定了碱基配对，从而增加了 PhopRNA 中的碱基固定

项目成果

Thermodynamic analysis of a multifunctional RNA-binding protein PhoRpp38 in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshiiOT3

超嗜热古菌 Pyrococcus horikoshiiOT3 中多功能 RNA 结合蛋白 PhoRpp38 的热力学分析

• 发表时间: 2012
• 作者: K. Oshima; T. Nakashima; Y. Kakuta; K. Tsumoto;M. Kimura
• 通讯作者: M. Kimura

Crystal structure of the rice branching enzyme I (BEI) in complex with maltopentaose

水稻分支酶 I (BEI) 与麦芽五糖复合物的晶体结构

• 发表时间: 2012
• 作者: K. Chaen; J. Noguchi; T; Omori; Y. Kakuta;M. Kimura
• 通讯作者: M. Kimura

RNase P 構成タンパク質 Rpp38と RNA の相互作用様式と複合体の結晶化

RNase P组分蛋白Rpp38与RNA的相互作用方式及复合物结晶

• 发表时间: 2012
• 作者: 大嶋浩介;中島崇;濱崎真人;角田佳充;木村誠
• 通讯作者: 木村誠

アーキアリボヌクレアーゼPの触媒活性の構造基盤

古菌核酸酶 P 催化活性的结构基础

• 发表时间: 2011
• 作者: 木村誠

Structural changes in ribonuclease P in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3 induced on interaction with proteins.

超嗜热古菌堀越火球菌 OT3 中核糖核酸酶 P 与蛋白质相互作用引起的结构变化。

• 发表时间: 2010
• 作者: Kosaka; et al.
• 通讯作者: et al.