Construction of protein-structure prediction method based on liquid state theory

基于液态理论的蛋白质结构预测方法构建

• 批准号: 22300100
• 负责人: KINOSHITA Masahiro
• 金额: $ 11.07万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22300100/
• 关键词: 蛋白質; フォールディング; 立体構造予測; 水和; 自由エネルギー関数; α-ヘリックス; エントロピー; 膜蛋白質; ケミカルシフト; 水和エントロピー; 積分方程式論; 形態熱力学理論; フラグメントアセンブリ法; 分子性流体用積分方程式論; 比較モデリング法

We analyze the structural stabilities of proteins in aqueous and nonpolar environments, thus revealing their differences. Free-energy functions are constructed for these proteins on the basis of liquid-state theories and their usefulness is demonstrated. After generating a number of candidate structures using typical bioinformatics techniques, we select the structure giving the free-energy function for a protein in aqueous environment: Promising results are obtained for several proteins tested.

我们分析了蛋白质在水性和非极性环境中的结构稳定性，从而揭示了它们的差异。基于液态理论为这些蛋白质构建了自由能函数，并证明了它们的有用性。使用典型的生物信息学技术生成许多候选结构后，我们选择了在水环境中为蛋白质提供自由能函数的结构：针对几种测试的蛋白质获得了有希望的结果。

项目成果

Potential of mean force between a large solute and a biomolecular complex : A model analysis on protein flux through chaperonin system

大溶质和生物分子复合物之间的平均力势：通过伴侣蛋白系统的蛋白质通量的模型分析

• DOI: 10.1063/1.3657856
• 发表时间: 2011
• 影响因子: 4.4
• 作者: Ken

埋もれた界面の理論的研究:固体表面近傍における液体の構造について

埋藏界面的理论研究：固体表面附近液体的结构

• 发表时间: 2012
• 作者: 木下正弘

A Novel Rotation Mechanism of F_1-ATPase Based on the Water-Entropy Effect

基于水熵效应的F_1-ATP酶新型旋转机制

• 发表时间: 2012
• 作者: T.Yoshidome; Y.Ito; N.Matubayasi; M.Ikeguchi; M.Kinoshita
• 通讯作者: M.Kinoshita

分子機械の機能発現機構に対する横断的描像

分子机器功能表达机制的截面图

• 发表时间: 2012
• 作者: 木下正弘

溶質が狭い空間に入るダイナミクスにおける溶媒のエントロピー効果

溶剂对溶质进入狭窄空间动力学的熵效应

• 发表时间: 2012
• 作者: 原諒平;天野健一;木下正弘;吉森明
• 通讯作者: 吉森明