遺伝子多様度解析を用いたアントクメ個体群消滅危険性の予測

利用遗传多样性分析预测 Antokume 种群灭绝的风险

• 批准号: 15J11734
• 负责人: 秋田 晋吾
• 金额: $ 1.6万
• 依托单位: Tokyo University of Marine Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-04-24 至 2018-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J11734/
• 关键词: 磯焼け; 藻場; マイクロサテライト; 遺伝子多様度; アントクメ; nad3-16s; 生物系統地理; カジメ類の雑種

本課題では，遺伝子多様度の高い個体群が環境変異や物理的撹乱に強いことに着目し，海藻類の個体群である藻場における遺伝子多様度を解明することで，磯焼けの発生リスクが高い個体群を検出できるか調べた。平成29年度は，平成27年度に採集した個体と平成28年度に開発したマイクロサテライトマーカーを用いて，1）集団遺伝解析および2）遺伝子多様度解析を行った。1）集団遺伝解析平成28年度に実施した系統地理解析の結果を検証するために，11個のマイクロサテライトマーカーを用いて集団遺伝解析を行った。その結果，アントクメの遺伝集団は九州西岸と太平洋岸の2グループ，もしくは，伊豆大島，平沢，仁科，早田浦，土佐清水，串木野，長島，野母崎，新三重および原島と嫦娥崎の10グループに分かれると推定された。この結果は前年度に実施した系統地理解析を支持し，各地の個体群は遺伝的に大きく離れており，本種の分散能力は低いことが示唆された。2）遺伝子多様度解析各地の個体群において，検出されたアレルの数（Na: 最小の個体群に補正），ヘテロ接合度の観察値（Ho）と期待値（He），近交係数（Fis）およびアレル共有度（Psaxy）を求めた。これらの指数のうち近交係数（Fis）は，嫦娥崎，原島，新三重，野母崎，串木野，土佐清水および仁科で低く，長島，早田浦，伊豆大島および平沢で高いことが確認された。各地の生育状況から，アントクメの個体群は，拡大（嫦娥崎，原島），安定（長島，早田浦，伊豆大島および平沢）および縮小（新三重，野母崎）の3段階に分けられ，Fisと比較すると，大きな変動を示す個体群でFisが低く，Fisは個体群の現状を示す指標となり得ることが示された。

在这一主题中，我们集中于这样一个事实，即具有高遗传多样性的种群对环境突变和身体障碍有抵抗力，并研究了是否可以通过阐明海藻床的遗传多样性（一群海藻）来检测具有高风险的海岸燃烧风险。 2017年，使用2015年收集的个体进行了种群遗传分析，2016年至1）种群遗传分析和2）遗传多样性分析进行了遗传分析。 1）种群遗传分析为了验证2016年进行的植物地理分析结果，使用11个微卫星标记进行了种群遗传分析。结果，据估计，Antokume遗传组将分为两组：九州的西海岸和太平洋海岸或10组：Izu Oshima，Hirasawa，Nishina，Nishina，Hayataura，Tosashimizu，Kushikino，Kushikino，Kushikino，Nomozaki，Nomozaki，Shin-Mie和Harashima和Harashima和Harashima和Harashima和Harashima和Charchzaki和Charchzaki和Charchzaki和Charchzaki和Charchzaki和Charchzaki和Charchzaki和Charp- Chr--这些结果支持上一年进行的系统发育分析，表明各个地区的种群在遗传上相距遥远，并且该物种的分散性很低。 2）遗传多样性分析检测到的等位基因的数量（NA：对最小的人群校正），观察和预期的杂合性值（HO）和预期值（HE），近交系数（FIS）和等位基因共享（PSAXY）在各个地方的种群中确定。发现这些近交系数（FIS）在changezaki，harajima，shin-mie，nomozaki，kushikino，kushikino，tosashimizu和nishina中都低，而在纳加希玛，hayataura，izu oshima和hirasawa。各个地区的增长情况表明，Antokume人群可以分为三个阶段：扩展（changezaki，harashima），稳定（Nagashima，Hayataura，Izu Oshima和Hirasawa）和还原（Shin Mie，Nomozaki）。与FIS相比，FIS的人口较低，显示出很大的波动，而FIS可以成为当前人口状态的指标。

项目成果

アントクメの系統地理学的解析

安德库梅的系统发育地理学分析

• 发表时间: 2017
• 作者: N. Tanaka;Y. Shoji;T. Fukushima;秋田晋吾・小祝敬一郎・羽生田岳昭・近藤秀裕・廣野育生・藤田大介
• 通讯作者: 秋田晋吾・小祝敬一郎・羽生田岳昭・近藤秀裕・廣野育生・藤田大介

Development of 11 Ecklonia radicosa (Phaeophyceae, Laminariales) SSRs markers using next-generation sequencing and intra-genus amplification analysis

• DOI: 10.1007/s10811-018-1406-5
• 发表时间: 2018-06
• 期刊: Journal of Applied Phycology
• 影响因子: 3.3
• 作者: Shingo Akita;K. Koiwai;T. Hanyuda;Syou Kato;R. Nozaki;Tsubasa Uchino;T. Sakamoto;H. Kondo;I. Hirono;D. Fujita

Phylogeographical study revealed instability of annual kelp Ecklonia radicosa population

系统发育地理学研究揭示了一年生海带 Ecklonia radicosa 种群的不稳定性

• 发表时间: 2017
• 作者: Shingo Akita;Keiichiro Koiwai;Keigo Kobayashi;Hidehiro Kondo;Ikuo Hirono;Daisuke Fujita
• 通讯作者: Daisuke Fujita

Researchmap

研究地图

長﨑県壱岐沿岸で採集されたカジメ類の交雑体における分子同定の試み

长崎县壹岐近海采集的杜父鱼杂交种的分子鉴定尝试

• 发表时间: 2016
• 作者: N. Tanaka;Y. Shoji;T. Fukushima;秋田晋吾・小祝敬一郎・羽生田岳昭・近藤秀裕・廣野育生・藤田大介;田中直樹;田中直樹・庄子良晃・橋爪大輔・福島孝典;秋田晋吾・小祝敬一郎・清本節夫・吉村拓・近藤秀裕・廣野育生・藤田大介
• 通讯作者: 秋田晋吾・小祝敬一郎・清本節夫・吉村拓・近藤秀裕・廣野育生・藤田大介