遺伝子多様度解析を用いたアントクメ個体群消滅危険性の予測

利用遗传多样性分析预测 Antokume 种群灭绝的风险

• 批准号: 15J11734
• 负责人: 秋田 晋吾
• 金额: $ 1.6万
• 依托单位: Tokyo University of Marine Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-04-24 至 2018-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J11734/
• 关键词: 磯焼け; 藻場; マイクロサテライト; 遺伝子多様度; アントクメ; nad3-16s; 生物系統地理; カジメ類の雑種

本課題では，遺伝子多様度の高い個体群が環境変異や物理的撹乱に強いことに着目し，海藻類の個体群である藻場における遺伝子多様度を解明することで，磯焼けの発生リスクが高い個体群を検出できるか調べた。平成29年度は，平成27年度に採集した個体と平成28年度に開発したマイクロサテライトマーカーを用いて，1）集団遺伝解析および2）遺伝子多様度解析を行った。1）集団遺伝解析平成28年度に実施した系統地理解析の結果を検証するために，11個のマイクロサテライトマーカーを用いて集団遺伝解析を行った。その結果，アントクメの遺伝集団は九州西岸と太平洋岸の2グループ，もしくは，伊豆大島，平沢，仁科，早田浦，土佐清水，串木野，長島，野母崎，新三重および原島と嫦娥崎の10グループに分かれると推定された。この結果は前年度に実施した系統地理解析を支持し，各地の個体群は遺伝的に大きく離れており，本種の分散能力は低いことが示唆された。2）遺伝子多様度解析各地の個体群において，検出されたアレルの数（Na: 最小の個体群に補正），ヘテロ接合度の観察値（Ho）と期待値（He），近交係数（Fis）およびアレル共有度（Psaxy）を求めた。これらの指数のうち近交係数（Fis）は，嫦娥崎，原島，新三重，野母崎，串木野，土佐清水および仁科で低く，長島，早田浦，伊豆大島および平沢で高いことが確認された。各地の生育状況から，アントクメの個体群は，拡大（嫦娥崎，原島），安定（長島，早田浦，伊豆大島および平沢）および縮小（新三重，野母崎）の3段階に分けられ，Fisと比較すると，大きな変動を示す個体群でFisが低く，Fisは個体群の現状を示す指標となり得ることが示された。

在这个项目中，我们关注的是具有高遗传多样性的种群能够抵抗环境变化和物理干扰，并且通过阐明海藻床（海藻种群）的遗传多样性，我们可以降低岩石海岸的风险。调查是否可以检测到大量人口。 2017年，我们使用2015年收集的个体和2016年开发的微卫星标记进行了1）群体遗传分析和2）遗传多样性分析。 1）群体遗传分析 为了验证2016年进行的系统发育地理学分析的结果，我们利用11个微卫星标记进行了群体遗传分析。结果，安德目的遗传群体被分为两个群体：九州西海岸和太平洋海岸，或者10个群体：伊豆大岛、平泽、仁科、早田浦、土佐清水、串木野、长岛、野茂崎、新三重、估计是原岛和长崎。这一结果支持了前一年进行的系统发育地理学分析，表明当地种群在遗传上广泛分离，并且该物种的扩散能力较低。 2)遗传多样性分析检测的等位基因数(Na:校正至最小群体)、杂合度观测值(Ho)和期望值(He)、近交系数(Fis)和等位基因共享度(Psaxy)计算出来的。其中，长崎、原岛、新三重、野茂崎、串木野、土佐清水、仁科的近交系数（Fis）较低，长岛、早田浦、伊豆大岛、平泽的近交系数较高。根据各地区的生长状况，安德目人口分为扩张期（长崎、原岛）、稳定期（长岛、早田浦、伊豆大岛、平泽）、收缩期（新三重、野茂崎）三个阶段。结果表明，Fis在种群中处于较低水平，且波动较大，表明Fis可以作为种群当前状况的指标。

项目成果

アントクメの系統地理学的解析

安德库梅的系统发育地理学分析

• 发表时间: 2017
• 作者: N. Tanaka;Y. Shoji;T. Fukushima;秋田晋吾・小祝敬一郎・羽生田岳昭・近藤秀裕・廣野育生・藤田大介
• 通讯作者: 秋田晋吾・小祝敬一郎・羽生田岳昭・近藤秀裕・廣野育生・藤田大介

Development of 11 Ecklonia radicosa (Phaeophyceae, Laminariales) SSRs markers using next-generation sequencing and intra-genus amplification analysis

• DOI: 10.1007/s10811-018-1406-5
• 发表时间: 2018-06
• 期刊: Journal of Applied Phycology
• 影响因子: 3.3
• 作者: Shingo Akita;K. Koiwai;T. Hanyuda;Syou Kato;R. Nozaki;Tsubasa Uchino;T. Sakamoto;H. Kondo;I. Hirono;D. Fujita

Phylogeographical study revealed instability of annual kelp Ecklonia radicosa population

系统发育地理学研究揭示了一年生海带 Ecklonia radicosa 种群的不稳定性

• 发表时间: 2017
• 作者: Shingo Akita;Keiichiro Koiwai;Keigo Kobayashi;Hidehiro Kondo;Ikuo Hirono;Daisuke Fujita
• 通讯作者: Daisuke Fujita

Researchmap

研究地图

長﨑県壱岐沿岸で採集されたカジメ類の交雑体における分子同定の試み

长崎县壹岐近海采集的杜父鱼杂交种的分子鉴定尝试

• 发表时间: 2016
• 作者: N. Tanaka;Y. Shoji;T. Fukushima;秋田晋吾・小祝敬一郎・羽生田岳昭・近藤秀裕・廣野育生・藤田大介;田中直樹;田中直樹・庄子良晃・橋爪大輔・福島孝典;秋田晋吾・小祝敬一郎・清本節夫・吉村拓・近藤秀裕・廣野育生・藤田大介
• 通讯作者: 秋田晋吾・小祝敬一郎・清本節夫・吉村拓・近藤秀裕・廣野育生・藤田大介