網羅的ゲノム解析による地域適応メカニズムの解明：適応の分布変遷復元と未来予測

通过全面的基因组分析阐明区域适应机制：重建适应分布变化和未来预测

基本信息

批准号：
14J00456
负责人：
岩崎貴也
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2014
资助国家：
日本
起止时间：
2014-04-25 至 2017-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

アブラナ科の草本であるコンロンソウを対象とし、東アジア全体の多地点サンプルについてのゲノムワイドな変異情報を用いることで、地域的な局所適応に関わると思われる適応遺伝子の探索、そして現在・過去・未来環境においてそれらの適応遺伝子が担っていると思われる地域的な局所適応のパターンを地図の形で予測・復元することを目的として研究を行った。今年度はまず、検出した非中立SNPの周辺にある機能遺伝子情報の信頼性を高めるため、コンロンソウドラフトゲノムについて見直しと改善に取り組んだ。短い断片やリピート配列を除いて遺伝子予測解析を行ったが、顕著な改善はみられなかった。コンロンソウの近縁種であるCardamine hirsutaのゲノムが発表されたため、現在はこのゲノムとの比較・検討を行うことで、ゲノム情報の改善に取り組んでいる。更に、非中立SNP近傍にあった機能遺伝子に、タンパク質の機能変化を生み出すような非中立な変異が起こったかを調べるため、リシーケンス解析も行う。こちらについては2017年度中には結果が得られる見込みである。これらの結果を合わせることで、適応的な機能遺伝子について精度の高い解析結果が得られると考えられる。また、GISによる局所適応の地理的パターン予測について、モデルや手法の改善にも取り組んだ。過去の氷期や地球温暖化した未来の環境レイヤーについても整備を行うことができ、前年度や今年度に作成した局所適応の地理的パターン予測に関する統計モデルを投影することができるようになった。現在はまだ予備的な解析しか行うことができていないが、中立な種の分布モデルの変化とは大きく異なる結果が得られつつある。この結果は、気候変動が生物に与える影響を考える際に、種内の適応の変化という新たな側面についての予測を提供することができるため、多方面へ有用な知見を提供できると予想される。

通过使用有关东亚多种样本的基因组范围的突变信息，作为艾布拉纳家族的草书，探索似乎参与本地适应的自适应基因，以及我们进行了研究和过去。恢复本地适用的模式，这些模式被认为是对未来环境中自适应基因的原因。今年，我们首先致力于审查和改进沙特的基因组，以提高非中性SNP的功能基因信息的可靠性。除了短片段和重复阵列外，还进行了基因预测分析，但没有看到显着的改进。自从宣布了与康鲁桑相关的密切相关物种的豆氨酸Hirsuta的基因组以来，它目前正在通过比较和检查该基因组来改善基因组信息。此外，将进行康复分析以检查是否发生了非中性突变，例如非中性SNP附近的功能基因导致蛋白质功能的变化。预计将在2017年获得。通过与这些结果匹配，可以认为获得自适应功能基因的准确分析结果。他还致力于改进GIS对局部适应的地理模式预测的模型和方法。我们还可以在全球变暖中维持过去的ICE时期和未来的环境层，并且可以针对上一年和今年创建的本地适应性进行统计模型。目前，仅进行了初步分析，但是中性物种分布模型的后果正在变得非常不同。预计该结果将在各个领域提供有用的知识，因为在考虑气候变化对生物的影响时，该物种的变化的新方面。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Eco-evolutionary genomic observation for local and global environmental changes. In: Shin-Ichi Nakano, Tetsukazu Yahara, Toru Nakashizuka (eds.) Integrative Observations and Assessments. Chapter 17: 327-337

局部和全球环境变化的生态进化基因组观察。

DOI：
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
0
作者：
Shin-Ichi Morinaga*;Takaya Iwasaki*;Yoshihisa Suyama* (*equal contribution)
通讯作者：
Yoshihisa Suyama* (*equal contribution)

ゲノム情報を利用した野生植物の適応力多様性評価

利用基因组信息评估野生植物的适应性多样性

DOI：
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
0
作者：
久保田渉誠;岩崎貴也;三浦憲人;永野惇;花田耕介;松葉史紗子;宮下直;彦坂幸毅;伊藤元己;森長真一
通讯作者：
森長真一

植物群集を対象とした遺伝的地域性の保全へ－比較系統地理からのアプローチ

保护植物群落遗传区域性——比较系统发育地理学的方法

DOI：
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
0
作者：
久保田渉誠;岩崎貴也;三浦憲人;永野惇;花田耕介;松葉史紗子;宮下直;彦坂幸毅;伊藤元己;森長真一;岩崎貴也
通讯作者：
岩崎貴也

野外における遺伝子発現量の予測

现场基因表达水平的预测

DOI：
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
0
作者：
岩山幸治;本庄三恵;岩崎貴也;永野惇
通讯作者：
永野惇

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分子系统发育地理学生态位模型带来的新发展和新挑战

DOI：
发表时间：
2016
期刊：
植物地理・分類研究
影响因子：
0
作者：
岩崎貴也;阪口翔太;津田吉晃
通讯作者：
津田吉晃

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