Breakthrough on the high pressure biomolecule reaction with computational chemistry of the volume change

体积变化计算化学在高压生物分子反应方面取得突破

• 批准号: 25410025
• 负责人: Yu Isseki
• 金额: $ 3.41万
• 依托单位: Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2013
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2013-04-01 至 2017-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25410025/
• 关键词: 高圧; 細胞環境; 分子混雑; 分子動力学; 蛋白質; 水和; 部分モル体積; 深海; 分子動力学シミュレーション

项目成果

All-atom Molecular Dynamics Simulation of the Complete Model of Bacterial Cytoplasm”

细菌细胞质完整模型的全原子分子动力学模拟”

• 发表时间: 2014
• 作者: Isseki Yu;Takaharu Mori;Jaewoon Jung;Tadashi Ando;Ryuhei Harada;Michael Feig;Yuji Sugita
• 通讯作者: Yuji Sugita

Dynamics and Interactions of Macromolecules in the Cytoplasm of Mycoplasma Genitalium: All-atom Molecular Dynamics Study

生殖支原体细胞质中大分子的动力学和相互作用：全原子分子动力学研究

• 发表时间: 2014
• 作者: Isseki Yu;Takaharu Mori;Jaewoon Jung;Tadashi Ando;Ryuhei Harada;Michael Feig;Yuji Sugita
• 通讯作者: Yuji Sugita

Atomistic Molecular Dynamics Simulation of a Complete Model of Bacterial Cytoplasm

细菌细胞质完整模型的原子分子动力学模拟

• 发表时间: 2015
• 作者: Isseki Yu;Takaharu Mori;Jaewoon Jung;Tadashi Ando;Ryuhei Harada;Michael Feig;Yuji Sugita
• 通讯作者: Yuji Sugita

Dynamics, Stability, and Interactions of Proteins and Metabolites in Bacterial Cytoplasm: All-atom Molecular Dynamics Study

细菌细胞质中蛋白质和代谢物的动力学、稳定性和相互作用：全原子分子动力学研究

• 发表时间: 2015
• 作者: Isseki Yu;Takaharu Mori;Jaewoon Jung;Tadashi Ando;Ryuhei Harada;Michael Feig;Yuji Sugita
• 通讯作者: Yuji Sugita

Space-Time Characteristics of the Protein Thermodynamic Quantities under the Molecular Crowding Condition of Cytoplasm in Extremophiles: Kirkwood-Buff Approach Combined with Molecular Dynamics Simulation

极端微生物细胞质分子拥挤条件下蛋白质热力学量的时空特征：Kirkwood-Buff方法结合分子动力学模拟

• 发表时间: 2014
• 作者: 田川 啓太郎;瀬波 大土;立花 明知;Isseki Yu
• 通讯作者: Isseki Yu