Method and Practice of Phylogenomics

系统基因组学方法与实践

• 批准号: 22570099
• 负责人: HASEGAWA Masami
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: The Institute of Statistical Mathematics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22570099/
• 关键词: 系統樹推定; 最尤法; モデル比較; ゲノム; 連結配列; ミトコンドリア; ゲノム系統学; 種系統樹; 集団系統樹; 遺伝子系統樹; ミトコンドリア系統樹; 種サンプリング; 適応的進化; 中立的進化; 家畜化; UCA仮説; アラインメント; 分子系統学; 機能的制約; モデル; 分子進化; グネツム; AIC

Problems misleading in the phylogenetic analyses of genome-scale data were studied, and methods to overcome these problems were developed. (1)The method for testing whether there existed the Universal Common Ancestor for all extant species on Earth was evaluated. (2)Based on a population genetic analysis of nuclear genomes, we obtained an evidence for the hypothesis that the polar bear evolved from a local population of the brown bear, that is, the brown bear is not monophyletic. (3)It was shown that several misleading signals in the eutherian tree of mitochondrial genomes are relieved by increasing the density of taxon sampling.

研究了基因组规模数据的系统发育分析中的误导问题，并开发了克服这些问题的方法。 (1)对检验地球现存所有物种是否存在普遍共同祖先的方法进行了评估。 (2)基于核基因组的群体遗传分析，我们获得了北极熊由棕熊的一个本地种群进化而来的假设证据，即棕熊不是单系的。 (3)结果表明，通过增加分类单元采样的密度可以缓解真兽类线粒体基因组树中的一些误导性信号。

项目成果

Comment on "Nuclear Genomic Sequences Reveal that Polar Bears Are an Old and Distinct Bear Lineage"

• DOI: 10.1126/science.1227339
• 发表时间: 2013-03-29
• 期刊: SCIENCE
• 影响因子: 56.9
• 作者: Nakagome, Shigeki;Mano, Shuhei;Hasegawa, Masami
• 通讯作者: Hasegawa, Masami

Divergence and convergence in evolution

进化中的分歧与趋同

• 发表时间: 2011
• 作者: Ikeda;H.;Yamamoto;N. Kobayashi;T. & Murata;J.;鶴崎展巨・Marshal Hedin・田中孟・戸田守;古屋秀隆;M. Hasegawa
• 通讯作者: M. Hasegawa

The human‐chimpanzee‐gorilla problem in the post‐genomic era

后基因组时代的人类-黑猩猩-大猩猩问题

• 发表时间: 2011
• 作者: Ohashi;H. ;Tateishi;Y. & Ikeda;H.;M. Hasegawa
• 通讯作者: M. Hasegawa

Was the universal common ancestry proved?

• DOI: 10.1038/nature09482
• 发表时间: 2010-12-16
• 期刊: NATURE
• 影响因子: 64.8
• 作者: Yonezawa, Takahiro;Hasegawa, Masami
• 通讯作者: Hasegawa, Masami

新図説・動物の起源と進化

新插图：动物的起源和进化

• 发表时间: 2011
• 作者: Fukuda;T. &Ikeda;H.;鶴崎展巨 ・Marshal Hedin ・田中 孟・戸田 守;長谷川政美
• 通讯作者: 長谷川政美