深海底に残されたピロリ菌誕生過程の足跡:祖先型微生物が持つ共生機構の網羅解析

深海海底留下的幽门螺杆菌诞生过程的足迹：综合解析祖先微生物的共生机制

基本信息

批准号：
21658072
负责人：
中川聡
金额：
$ 2.05万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2009
资助国家：
日本
起止时间：
2009 至 2010
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21658072/
关键词：
深海底熱水孔環境共生生物間相互作用環境応答病原性起源

项目摘要

本研究の目的は、深海底熱水活動域に棲息する共生微生物とそのホスト生物の環境応答機構を遺伝子・タンパク質レベルで網羅解析し、近縁の病原性微生物-ヒトの環境応答機構との比較を通じて病原性微生物の誕生過程に迫ることにある。平成22年度は、計画していた目標を全て達成し、想定以上の成果を得た。本年度は、主にインド洋中央海嶺の深海底熱水活動域に棲息し共生微生物を有する固有巻貝において、その環境応答機構を解析するためのメタトランスクリプトーム解析を実施した。ホスト生物を様々な条件下で船上飼育した後、ポリTカラム等を用いて精製したホスト生物のmRNAを逆転写し、全トランスクリプトーム増幅法によりcDNA調整を行った後、試料識別タグを付加し高速シーケンサーを用いて配列を決定した。その結果、5種類の試料を用いて、計約10.1万リード(計28.6Mb)の発現遺伝子配列を得ることに成功した。各々の船上飼育個体に由来するライブラリーでの出現頻度を比較するのみでなく、前年度に求めた各個体における共生微生物の遺伝子発現様式と相関するものを選択し、ホスト生物において環境変動への適応に特異的な発現様式を示す遺伝子群を同定することに成功している。これらの解析により、共生微生物およびホスト生物両者の環境応答に関わる分子機構を、高解像度な発現遺伝子ネットワークとして表現することが初めて可能となった。以上の結果の一部は、複数の学会等で報告した。

本研究的目的是从基因和蛋白质水平全面分析生活在深海热液区的共生微生物及其宿主生物的环境响应机制，并与密切相关的病原微生物和人类的环境响应机制进行比较这项研究的目的是了解病原微生物的诞生过程。 2010财年，我们实现了所有计划目标，取得了超出预期的成果。今年，我们进行了宏转录组分析，分析了栖息在印度洋中脊深海热液活动区并具有共生微生物的特有螺的环境响应机制。在船上在各种条件下饲养宿主生物后，我们使用poly-T柱反转录纯化的宿主生物的mRNA，使用全转录组扩增方法制备cDNA，然后使用高速测序仪确定序列。结果，我们使用五种样本成功获得了总共约101,000个读数（总共28.6 Mb）的表达基因序列。除了比较船上饲养的每个个体的文库中出现的频率外，我们还选择了与前一年确定的每个个体中共生微生物的基因表达模式相关的文库，并研究了环境变化对船上饲养的个体的影响。我们已经成功鉴定了一组表现出适应特异性表达模式的基因。这些分析首次使得将共生微生物和宿主生物体的环境反应所涉及的分子机制表达为高分辨率表达基因网络成为可能。上述部分成果在多个学术会议上均有报道。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

海洋好熱細菌Nitratiruptor sp.由来アルギン酸リアーゼの性状解析

源自海洋嗜热细菌 Nitratiruptor sp 的藻酸盐裂解酶的表征。

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
0
作者：
Sawabe;T.;阿部真理子;渡部裕美;井上晶
通讯作者：
井上晶

南部マリアナトラフにおける生物学・地球化学・地球物理学的研究-YK10-11航海報告-

南马里亚纳海槽的生物、地球化学和地球物理研究-YK10-11航次报告-

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
Sawabe;T.;阿部真理子;渡部裕美
通讯作者：
渡部裕美

マナマコ附随性微生物の群集構造解析

大肠杆菌相关微生物的群落结构分析

DOI：
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
0
作者：
Sawabe;T.;阿部真理子;渡部裕美;井上晶;榎本雅基
通讯作者：
榎本雅基

Molecular characterization of inorganic sulfur-compounds metabolisms in a deep-sea epsilon-proteobacterium Sulfurovum sp. strain NBC37-1

深海ε-变形菌硫磺菌中无机硫化合物代谢的分子表征。

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
Environmental Microbiology (In press)
影响因子：
0
作者：
Yamamoto;M.
通讯作者：
M.

世界初、水素酸化の化学合成生物の発見-インド洋中央海嶺熱水活動域に生息するアルビン貝の機能解析-

发现世界上第一个能够进行氢氧化的化学合成生物-生活在印度洋洋中脊热液活动区的白化贝壳的功能分析-

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
Sawabe;T.;阿部真理子
通讯作者：
阿部真理子

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作者：
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高齢者見守りのためのカウンセリングエージェントとの対話過程におけるQuality of Life推定システムの構築

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DOI：
10.20729/00217613
发表时间：
2022
期刊：
情報処理学会論文誌
影响因子：
0
作者：
中川聡;遠藤凌河;成瀬加菜;國吉康夫
通讯作者：
國吉康夫

Simultaneous quantification of seven prostanoids using liquid chromatography/tandem massspectrometry -Application for the prostanoid production of mouse bone marrow-derived mast cells

使用液相色谱/串联质谱法同时定量七种前列腺素 - 在小鼠骨髓源性肥大细胞生产前列腺素中的应用

DOI：
发表时间：
期刊：
Prostaglandins Leukot Essent Fatty Acids (印刷中)
影响因子：
0
作者：
Takai;K.;S.Nakagawa;A.-L.Reysenbach;J.Hoek.;中川聡;中川聡;中川聡;C.J.de Wolf et al.;Hiroaki Yamaguchi et al.;Hiroaki Yamaguchi et al.;Kiyotaka Usui et al.;Kiyotaka Usui et al.;Yoshihisa Tomioka et al.;Naoto Suzuki et al.;Takanori Hishinuma et al.
通讯作者：
Takanori Hishinuma et al.

Simultaneous determination of pancuronium, vecuronium and their related componds using LC-ESI-MS

LC-ESI-MS同时测定泮库溴铵、维库溴铵及其相关化合物

DOI：
发表时间：
2006
期刊：
Leg Med (Tokyo) 8・3
影响因子：
0
作者：
Takai;K.;S.Nakagawa;A.-L.Reysenbach;J.Hoek.;中川聡;中川聡;中川聡;C.J.de Wolf et al.;Hiroaki Yamaguchi et al.;Hiroaki Yamaguchi et al.;Kiyotaka Usui et al.;Kiyotaka Usui et al.
通讯作者：
Kiyotaka Usui et al.