Fast and Flexible Searching Methods for Protein 3-D Structure Databases and Their Applications

快速灵活的蛋白质3D结构数据库搜索方法及其应用

• 批准号: 20700264
• 负责人: SHIBUYA Tetsuo
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20700264/
• 关键词: アルゴリズム; 検索技術; データベース; 生物情報; タンパク質; 3次元立体構造

We explored research on similarity search algorithms for protein 3-D structure databases, and succeeded in developing various algorithms which must benefit the future structural biology a lot and are highly praised in the international research community. Especially we developed a very fast fundamental linear-time protein 3-D structure database searching algorithm, which is practically and theoretically much faster than any of previous algorithms.

我们探讨了有关蛋白质3-D结构数据库的相似性搜索算法的研究，并成功地开发了各种算法，这些算法必须使未来的结构生物学受益匪浅，并且在国际研究界受到了高度赞扬。特别是我们开发了一种非常快速的基本线性蛋白3-D结构数据库搜索算法，该算法实际上和理论上比以前任何算法都快得多。

项目成果

SMAD技術紹介ページ

SMAD技术介绍页面

設計パラダイムSMADの紹介を以下のページで簡単に紹介している。

下页简要介绍了 SMAD 设计范式。

Statistical Model-based Algorithm Design Framework for Faster Protein Structure Database Searching

基于统计模型的算法设计框架，用于更快的蛋白质结构数据库搜索

• 发表时间: 2010
• 作者: Tetsuo Shibuya;Jesper Jansson;Kunihiko Sadakane;Tetsuo Shibuya
• 通讯作者: Tetsuo Shibuya

線形時間タンパク質3次元構造探索アルゴリズム

线性时间蛋白质3D结构搜索算法

• 发表时间: 2009
• 作者: Tetsuo Shibuya;Jesper Jansson;Kunihiko Sadakane;Tetsuo Shibuya;渋谷哲朗
• 通讯作者: 渋谷哲朗

Geometric Suffix Tree : Indexing Protein 3-D Structures

几何后缀树：索引蛋白质 3-D 结构

• 发表时间: 2010
• 期刊: Journal of the ACM Vol.57, No.3, Article No.15
• 作者: Funatogawa T;Funatogawa I;Tetsuo Shibuya
• 通讯作者: Tetsuo Shibuya