Study on the relationship between amino acid substitutions and natural selection taking into account the three dimensional structure of proteins

考虑蛋白质三维结构的氨基酸取代与自然选择的关系研究

• 批准号: 20570008
• 负责人: SUZUKI Yoshiyuki
• 金额: $ 1.58万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20570008/
• 关键词: 進化; 蛋白質; 立体構造; アミノ酸置換; 自然選択

A phylogenetic window analysis method was developed for detecting chronological changes in natural selection. CpG hypermutability was also taken into account for detecting natural selection. It was clarified that converting the alignment of amino acid sequences into that of codon sequences causes biased inference of natural selection. Influenza virus appeared to escape from host immune responses continuously in the tropical region. A method for detecting reassortment from a large number of genomic sequences was also developed.

开发了一种系统发育窗口分析方法，用于检测自然选择的时间顺序变化。还考虑了检测自然选择的CpG高点性。可以澄清的是，将氨基酸序列的比对转换为密码子序列的比对会导致自然选择的偏见。流感病毒似乎在热带地区连续逃脱了宿主免疫反应。还开发了一种从大量基因组序列中检测重新分类的方法。

项目成果

Introduction to bioinformatics of hepatitis viruses

肝炎病毒生物信息学导论

• 发表时间: 2009
• 作者: G.Kanaya;E.Yadrenkina;E.Zuykova;E.Kikuchi;H.Doi;S.Shikano;C.Mizota;N.Yurlova;鈴木善幸
• 通讯作者: 鈴木善幸

Low genetic diversities of rabies virus populations within different hosts in Brazil.

巴西不同宿主内狂犬病病毒种群遗传多样性较低。

• 发表时间: 2010
• 期刊: Infection, Genetics and Evolution 10
• 作者: Yuki Kobayashi;Yoshiyuki Suzuki;Takuya Itou;Adolorata A.B. Carvalho;Elenice M.S. Cunha;Fumio H. Ito;Takashi Gojobori;Takeo Sakai
• 通讯作者: Takeo Sakai

インフルエンザウイルスの分子進化

流感病毒的分子进化

• 发表时间: 2010
• 作者: 深谷肇一;野田隆史;仲岡雅裕;山本智子;堀正和;奥田武弘;熊谷直喜;島袋寛盛;鈴木善幸;Kato N.;野田隆史;鈴木善幸;Kotani K.;辻野昌広・野田隆史・山本智子・仲岡雅裕・堀正和;鈴木善幸;Akita T.;野田隆史;鈴木善幸;堀正和;野田隆史;鈴木善幸
• 通讯作者: 鈴木善幸

Overestimation of nonsynonymous/synonymous rate ratio by reverse-translation of aligned amino acid sequences.

通过反向翻译比对的氨基酸序列高估非同义/同义比率。

• 发表时间: 2011
• 期刊: Genes & Genetic Systems 86
• 作者: Munroe DM;Noda T;Ikeda;T;Yoshiyuki Suzuki
• 通讯作者: Yoshiyuki Suzuki

Endogenous Borna-like N elements

内源类博纳氮元素

• 发表时间: 2011
• 作者: 田中智之;野田隆史;仲岡雅裕;山本智子;堀正和;奥田武弘;熊谷直喜;島袋寛盛;鈴木善幸
• 通讯作者: 鈴木善幸