Identification of the relationship between protein structural changes and ligand binding on the basis of 3D protein structures

基于3D蛋白质结构鉴定蛋白质结构变化与配体结合之间的关系

• 批准号: 20370063
• 负责人: KIDERA Akinori
• 金额: $ 12.31万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20370063/
• 关键词: 構造・機能予測; タンパク質ダイナミクス; タンパク質立体構造データ; 基質結合→構造変化; データベース; 線形応答理論; 二面角形ダイナミクス; タンパク質-タンパク質間相互作用; タンパク質・タンパク質間相互作用

Protein structural changes are described based on the linear response theory as a response to the perturbation such as ligand binding. This theory succeeded to predict various cooperative structural changes upon ligand binding. First, to improve the accuracy of the prediction, we have extended the theory in terms of the Cartesian coordinates to the one in the dihedral angles. Then, by developing the method calculating the response function in the linear response theory by the elastic network model, we can exhaustively apply the theory to numerous protein structures in the database. Using this method, we successfully carried out the database analysis of the causal relationship between protein structural changes and ligand binding.

蛋白质结构变化是基于线性响应理论描述的，作为对配体结合等扰动的响应。该理论成功地预测了配体结合时的各种协同结构变化。首先，为了提高预测的准确性，我们将笛卡尔坐标的理论扩展到二面角的理论。然后，通过弹性网络模型开发计算线性响应理论中响应函数的方法，我们可以将该理论详尽地应用于数据库中的众多蛋白质结构。利用该方法，我们成功地进行了蛋白质结构变化与配体结合之间因果关系的数据库分析。

项目成果

低分子リガンド結合に関わるタンパク質構造変化のデータペース解析 : 結晶場の影響

与小分子配体结合相关的蛋白质结构变化的数据速度分析：晶体场的影响

• 发表时间: 2008
• 作者: 雨宮崇之;小池亮太郎;渕上壮太郎;池口満徳;木寺詔紀
• 通讯作者: 木寺詔紀

蛋白質構造ゆらぎの2面角系主成分分析

蛋白质结构波动的二面主成分分析

• 发表时间: 2008
• 作者: 大森聡;渕上壮太郎;池口満徳;木寺詔紀
• 通讯作者: 木寺詔紀

rotein Functional Motions : Basic Concepts and Computational Methodologies

蛋白质功能运动:基本概念和计算方法

• 发表时间: 2011
• 期刊: Adv.Chem.Phys.
• 作者: S.Fuchigami;H.Fujisaki;Y.Matsunaga;A.Kidera
• 通讯作者: A.Kidera

超多自由度系の新しい科学 3.1章 生体分子の計算機シミュレーション

超多自由度系统新科学第3.1章生物分子的计算机模拟

• 发表时间: 2010
• 作者: 雨宮崇之;小池亮太郎;渕上壮太郎;池口満徳;木寺詔紀;真木寿治;Yoichi Murakami;木寺詔紀(分担)
• 通讯作者: 木寺詔紀(分担)

低分子リガンド結合に関わるタンパク質構造変化のデータベース解析:結晶場の影響

与小分子配体结合相关的蛋白质结构变化的数据库分析：晶体场的影响

• 发表时间: 2008
• 作者: 雨宮崇之;小池亮太郎;渕上壮太郎;池口満徳;木寺詔紀
• 通讯作者: 木寺詔紀