Escherichia coli pan-genome analysis using next-generation DNA sequencing technologies

使用下一代 DNA 测序技术进行大肠杆菌泛基因组分析

• 批准号: 20310116
• 负责人: HAYASHI Tetsuya
• 金额: $ 12.56万
• 依托单位: University of Miyazaki
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20310116/
• 关键词: ゲノム; 微生物; 細菌; 進化; 感染症

We collected numerous Escherichia coli strains of various pathotypes and origins and performed a large scale genome sequencing using next-generation sequencers. Genomic comparison of these sequenced strains and already sequenced strains provided the pan-genome information of E. coli and revealed several genomic features characteristic to enterohemorrhagic E. coli (EHEC) or other pathotypes. Furthermore, we found a significant number of E. arbertii strains are included in the strains isolated as EHEC or enteropathogenic E. coli (EPEC) and obtained draft sequences of representative E. arbertii strains.

我们收集了许多不同致病型和起源的大肠杆菌菌株，并使用下一代测序仪进行了大规模基因组测序。这些测序菌株和已测序菌株的基因组比较提供了大肠杆菌的泛基因组信息，并揭示了肠出血性大肠杆菌（EHEC）或其他致病型的几个基因组特征。此外，我们发现分离出的肠出血性大肠杆菌（EHEC）或致病性大肠杆菌（EPEC）菌株中包含大量阿伯氏菌菌株，并获得了代表性阿伯氏菌菌株的草图序列。

项目成果

Whole genome sequencing analysis of O26, O111, and O103 EHEC

O26、O111 和 O103 EHEC 的全基因组测序分析

• 发表时间: 2009
• 作者: 大岡唯祐;他;Hayashi T. (invited speaker)
• 通讯作者: Hayashi T. (invited speaker)

Inference of the impact of insertion sequence (IS) elements on bacterial genome diversification through analysis of small-size structural polymorphisms in Escherichia coli 0157 genomes.

通过分析大肠杆菌 0157 基因组中的小尺寸结构多态性，推断插入序列 (IS) 元件对细菌基因组多样化的影响。

• 发表时间: 2009
• 期刊: Genome Res. 19
• 作者: T.Ooka;Y.Ogura;(他5名);T.Hayashi
• 通讯作者: T.Hayashi

Complete genome sequence and comparative analysis of the wild-type commensal Escherichia coil strain SEll isolated from a healthy adult.

从健康成人中分离出的野生型共生大肠杆菌菌株 SEll 的完整基因组序列和比较分析。

• 发表时间: 2008
• 期刊: DNA Res. 15(6)
• 作者: K.Oshima;H.Toh;Y.Ogura;他;T.Ooka;他;T.Hayashi;K.Itoh;M.Hattori
• 通讯作者: M.Hattori

腸管出血性大腸菌(EHEC)及び腸管病原性大腸菌(EPEC)におけるIII型分泌系コード領域(LEE)の構造比較解析

肠出血性大肠杆菌（EHEC）和肠病性大肠杆菌（EPEC）III型分泌系统编码区（LEE）的比较结构分析

• 发表时间: 2009
• 作者: 大岡唯祐;他
• 通讯作者: 他

NleC, a type III secretion protease, compromises NF-κB activation by targeting p65/RelA.

• DOI: 10.1371/journal.ppat.1001231
• 发表时间: 2010-12-16
• 期刊: PLoS pathogens
• 影响因子: 6.7
• 作者: Yen H;Ooka T;Iguchi A;Hayashi T;Sugimoto N;Tobe T
• 通讯作者: Tobe T