先天性腎尿路奇形に対する次世代シーケンサーを用いたde novo変異の探索

使用下一代测序寻找先天性肾脏和尿路畸形的从头突变

• 批准号: 25860838
• 负责人: 中山 真紀子
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2013
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2013-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25860838/
• 关键词: 先天性腎尿路奇形; CAKUT; 小児

先天性腎尿路奇形（Congenital anomalies of kidney and urinary tract:CAKUT）疾患として孤発性の腎無形成・単腎、腎低形成・異形成、嚢胞腎を持つ症例の収集を行った。東北大学病院、および関連病院よりこれまでに5名の患者とそのご家族より同意を得て、患者とその両親より採血を行い、DNAを抽出した。CAKUTの原因となるHNF1BやEYA1などの既知の遺伝子異常については、全欠失を含む遺伝子欠失が比較的高頻度で認められることから、収集された患者サンプルに対して、アレイCGH法による微小欠失・重複変異検索のスクリーニング検査を施行した。アレイCGHはAgilent社ヒトゲノムCGHマイクロアレイ244Kキットを用い、標準的な方法で行った。これまでアレイCGH解析が終了した3名については病的と考えられる欠失・重複は認められなかった。スクリーニング検査陰性の孤発性CAKUT症例に対し、半導体型次世代シーケンサーを用いたエクソーム解析を施行した。各症例より得られたそれぞれ約3万変異の中から、アミノ酸変化のある一塩基置換、フレームシフト変異または挿入・欠失変異であり、かつSNPデータベース(snp137NonFlagged)に登録がないものを対象とし、3万→約700変異に絞りこむことができた。この変異の中には、CAKUTの原因遺伝子とされているSall1のヘテロフレームシフト変異も含まれていた。今後は患者サンプルに加えて両親の検体に対しても同様にエクソーム解析を行い、de novo変異の同定を行う予定である。発端者とその両親のトリオDNAサンプルを同時に解析し、de novo解析アルゴリズムから疾患候補遺伝子を絞り込むことを計画している。

患有零星的肾脏性积极/肾上腺素肾上腺素/发育不良/囊性肾脏疾病，促发作性疾病，发育不全/异常疾病和囊性肾脏疾病。到目前为止，在Tohoku大学医院和附属医院的同意下，已向患者及其父母提供了五名患者及其家人的血液样本，并提取了DNA。由于包括所有缺失在内的基因缺失对于已知的基因异常（例如HNF1B和EYA1）相对常见，因此对基因缺失引起Cakut的HNF1B和EYA1相对频繁地观察到，因此，使用阵列CGH方法筛选了收集的患者样品以搜索微片段和重复的突变。使用标准方法使用Agilent人类基因组CGH微阵列244K套件进行阵列CGH。在完成阵列CGH分析的三名患者中，尚未观察到可以认为病理学的缺失或重复。使用半导体的下一代测序仪对具有负筛查测试的零星Cakut病例进行外显子组分析。在从每种情况下获得的大约30,000个突变中，我们能够将30,000个突变缩小到约700个突变，靶向单个碱基取代，移码突变或插入/缺失突变，并在SNP数据库（SNP137NononFlagged）中不进行氨基酸变化，未注册。其中突变是SALL1中的杂种避孕突变，据说是Cakut的致病基因。将来，将对患者样本和父母的标本进行外显子组分析以识别从头突变。该公司计划同时分析概率及其父母的三个DNA样本，并从从头分析算法中缩小疾病候选基因。