渦鞭毛藻類と海洋細菌の共生系に関する分子生態学的研究

甲藻与海洋细菌共生系统的分子生态学研究

基本信息

批准号：
15688006
负责人：
浜崎恒二
金额：
$ 15.56万
依托单位：
Hiroshima University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至 2005
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15688006/
关键词：
海洋細菌渦鞭毛藻類共生 16SrRNA 海洋微生物 DGGE Alexandrium tamarense

项目摘要

1.ゲノムライブラリー構築のターゲットバクテリアの選定:藻類細胞を1個ずつピックアップし、真正細菌のDNAと特異的に結合するプライマーを用いたPCR-DGGE法により16S rRNA遺伝子の多様性が解析され、各バンドの塩基配列決定後、系統解析がなされた。この手法により、培養株と共存する細菌の群集組成が明らかになると共に、自然環境中のAlexan drium細胞に付着・共生する細菌が初めて特定された。付着・共生細菌の群集組成は、浮遊細菌群集に対し特異なものであること、自然環境下と培養条件下で群集組成が全く異なること、藻類の生理状態や生息場所によってもその組成が大きく変化することが明らかになった。2.共生細菌ゲノムライブラリー構築と、ターゲットバクテリアゲノムクローンの検出:藻類細胞から共生細菌に由来するDNAを選択的に分離する方法について検討し、有望な手法を見出した。この手法によって、藻類細胞から細菌由来DNAが得られること、これをゲノム増幅することが可能であることまで確認できた。時間的制約から共生細菌DNAのfosmidライブラリーを構築するには至らなかったが、技術的には十分可能なレベルに達した。3.共生細菌の局在位置の特定:真正細菌の16S rRNA遺伝子に特異的なオリゴプローブを用いて、CARD-FISH法による蛍光顕微鏡観察を行った結果、細胞内に複数の細菌様粒子が確認された。以上の関連成果は、国内外の学会、ワークショップ、セミナー(平成17年度日本水産学会大会、第21回日本微生物生態学会大会、平成17年度日本海洋学会秋季大会、第2回水圏微生物生態学箱根国際ワークショップ、米国陸水海洋学会欧州大会、日仏ワークショップ、スロベニア国立生物学研究所特別セミナー)において発表し、一部は学術論文として国際誌への投稿を準備中である。

1。选择基因组文库构建的靶细菌：逐一拾取藻类细胞，并使用特异性结合菌群DNA的引物通过PCR-DGGE分析16S rRNA基因的多样性，并在测序后进行测序后进行系统发育分析。该技术揭示了与培养的菌株共存的细菌的群落组成，并且首次鉴定了与Alexan Drium细胞在自然环境中粘附并共存的细菌。据透露，附着和共生细菌的社区组成是浮动细菌群落独有的，在自然环境和培养条件下，社区组成是完全不同的，并且根据藻类的生理状态和栖息地，组成的变化很大。 2。构建共生细菌基因组文库和靶标细菌基因组克隆的检测：我们研究了一种选择性地分离源自藻类细胞的DNA的方法，并找到了一种有希望的方法。已经证实，该技术可以从藻类细胞中提供细菌衍生的DNA，并在某种程度上可以基因组扩大这种DNA。尽管时间限制并未导致构建共生细菌DNA的fosmid库，但在技术上达到了足够的水平。 3。识别共生细菌的定位位置：通过使用特异性菌群16S rRNA基因进行卡片鱼进行荧光显微镜观察后，在细胞中确认了多个细菌样颗粒。上述相关的结果已在国内和国际学术社会，研讨会和研讨会（2005年日本渔业学会会议（2005年日本微生物生态学会第21届会议），2005年日本海洋学协会的秋季会议，2005年海洋学协会秋季会议，日本海洋学学会，2005年海洋学协会，2005年2005年2005年2005年2005年2005年2005年2005年欧洲欧洲国际欧洲大会和2004年欧洲欧洲欧洲欧洲欧洲大会，2004年欧洲欧洲大会，2004年，2004年欧洲欧洲大会，2005年，欧洲及2005年。美国土地和海洋学学会（2004年）在国际期刊上发表，目前正在准备一些文章作为学术论文提交国际期刊。