SH3(src相同領域3)ドメインのNMRによる立体構造決定と機能部位の同定
SH3(src同源区3)结构域的NMR三维结构测定和功能位点鉴定
基本信息
- 批准号:05780447
- 负责人:
- 金额:$ 0.58万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
- 财政年份:1993
- 资助国家:日本
- 起止时间:1993 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
今年度は、ホスホリパーゼCgammaのSH3ドメインの立体構造をNMRを用いて決定し報告した.また,Protein Data Bankに1HSPのエントリ-ネ-ムで登録した.ホスホリパーゼCgammaのSH3は7本のbetaストランドからなり,N端側からbetaA-betaGと呼ぶことにする.ただし,4番目のストランドは途中でベンドしているのでbetaDとbetaD'に分ける.SH3の立体構造は,基本的に3つのbetaシートからなるが,これら3つのbetaシートをbetaI,betaII,betaIIIと呼ぶと,betaI(betaA+betaD+betaG)は3本鎖の反平行betaシートであり,N末端とC末端が存在する.このようにN末端とC末端が近接していることはSH3がドメインとして存在するのに好都合であると考えられる.betaII(betaB+betaC)は2本鎖の反平行betaシートであり,先端にループ(BCループ)が存在する.betaIII(betaD'+betaE+betaF)は3本鎖の反平行betaシートである.betaIとbetaIIIはほぼ直角に組合わさって,いわゆる"betaシートサンドイッチ構造"をとっている.これにbetaIIがおおいかぶさって,全体的にコンパクトな構造が形づくられている.betaFとbetaGの間は一巻き分の3_<10>ヘリックスが存在する.論文発表後,さらに構造計算の精密化をすすめ,ほぼ最終構造を得た.近い内に2HSPとしてProtein Data Bankに送る予定である.GRB2タンパク質のC端側のSH3ドメインの精製法を確率した.また.^<15>NラベルのSH3ドメインも調整した.このタンパク質はpH8以上でのみ安定で,溶解度も高い.しかしながら,NMR測定はpH7以下である必要があり,溶解度を保ったままpHを下げる条件を検索し,10%のDMSOを加えることにした.ただし,この条件下でもSH3ドメインは数日の半減期でランダム状態に変性してしまう.現在,構造決定に必要なNMRデータを収集中である.
今年,我们利用核磁共振确定并报道了磷脂酶Cgamma的SH3结构域的三维结构。我在银行注册的,其条目名称为1HSP。磷脂酶Cgamma的SH3由7条β链组成,从N端开始称为βA-βG。但是,第四条链在中间弯曲,因此它。分为betaD和betaD'。SH3的三维结构基本上分为三种类型。这三个β折叠被称为βI、βII和βIII,βI(βA+βD+βG)是三链反向平行β折叠,具有N末端和C末端,N末端和C接近。 -terminus 方便 SH3 作为域存在。 betaII(betaB+betaC)是末端具有环(BC环)的双链反平行β折叠片。betaIII(betaD'+betaE+betaF)是三链反平行β折叠片。 betaI和betaIII几乎以直角组合,形成所谓的“赌注”片。它有一个“a-sheet三明治结构”,在betaF和betaG之间形成一个整体紧凑的结构。在介绍之后,我们进一步完善了结构计算。并获得了几乎最终的结构。数据我们已经建立了纯化GRB2蛋白的C末端SH3结构域的方法,我们还制备了^ 15 N-标记的SH3结构域,该蛋白仅在pH 8或更高时稳定并且具有低溶解度。然而,NMR 测量是在 pH 7 或更低的条件下进行的。因此,我们寻找降低pH值同时保持溶解度的条件,并决定添加10% DMSO。然而,即使在这些条件下,SH3结构域也会变性为随机状态,半衰期为几天。结构测定所需的 NMR 数据。
项目成果
期刊论文数量(1)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Daisuke Kohda: "Solution Structure of the SH3 Domain of Phospholipase C-gamma" Cell. 72. 953-960 (1993)
Daisuke Kohda:“磷脂酶 C-gamma 的 SH3 结构域的溶液结构”细胞。
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