Activity, function and importance of endobiotic bacteria in deep-sea benthic foraminiferal ecology

深海底栖有孔虫生态中内生细菌的活性、功能和重要性

• 批准号: 22KF0423
• 负责人: 野牧 秀隆
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KF0423/
• 关键词: 単細胞真核生物; 共生; 遺伝子発現解析; マイクロバイオーム; 底生有孔虫; シングルセルゲノミクス

2021年度に検討した蛍光染色手法を用い、各種有孔虫細胞内で顕著にみられた微生物が、有孔虫細胞内のどこに局在しているのかを確認した。特に、特定の微生物が優先している浅部内在性Bulimina subornata、Bulimina subornataと、葉緑体様配列が特徴的に得られた深部内在性のChilostomella ovoideaについて、それぞれの局在の様子を観察した。Chilostomella ovoideaの葉緑体様細胞小器官については、超薄連続切片による3次元構築も行い、これらの葉緑体が最終房室付近に集中して見られることを確かめた。同時に透過型電子顕微鏡観察も行い、FISHによる観察結果とTEMによる共生微生物、細胞小器官との関連性、整合性を確認した。さらに、沖縄の研究協力者とともに有孔虫と共生微生物のゲノム解析を行った。有孔虫および共生微生物や葉緑体のゲノム構築を行い、葉緑体のゲノムが非常に縮退しており、機能もかなり限定的であることが確かめられた。さらに、Bulimina subornata、Uvigerina akitaensis、Bolivina spissaなど房室を分割しやすい有孔虫種について細胞部位ごとの比較トランスクリプトーム解析を行うための試料採取、処理を行い、一部のデータについて解析を開始した。なお、イイネスサロネンは2022年7月から2023年2月まで産育休を取得しており、今年度の実際の研究期間は4か月である。

使用2021年检查的荧光染色方法，我们证实了在各种有孔虫细胞中显着可见的微生物位于有孔虫细胞中的位置。特别地，观察到特定的微生物优先观察到特定的微生物的浅内源性Bulimina subornata和bulimina subornata的定位，并且观察到了由叶绿体样序列表征的深内源性金属菌卵形卵巢。我们还使用超薄序列切片构建了3D，用于卵巢菌的叶绿体样细胞器，以确认这些叶绿体可以在最终的室内心室附近的集中区域中发现。同时，我们使用透射电子显微镜进行了观察，并通过TEM确认了使用鱼类和共生微生物和细胞器的观测结果之间的关系和一致性。此外，我们与冲绳的研究伙伴对有孔虫和共生微生物进行了基因组分析。进行了基因组构建，进行了有孔虫，共生微生物和叶绿体，并证实叶绿体基因组非常退化，其功能非常有限。此外，收集并处理样品，以对容易分裂房屋区域的有孔虫物种进行比较转录组分析，例如Bulimina subornata，uvigerina akitaensis和Bolivina spissa，并启动了一些数据。 Iines Salonen于2022年7月至2023年2月休产假，今年的实际研究期为四个月。

项目成果

16S and 18S rRNA Gene Metabarcoding Provide Congruent Information on the Responses of Sediment Communities to Eutrophication

• DOI: 10.3389/fmars.2021.708716
• 发表时间: 2021-07-05
• 期刊: FRONTIERS IN MARINE SCIENCE
• 影响因子: 3.7
• 作者: Harrison, Jesse P.;Chronopoulou, Panagiota-Myrsini;Koho, Karoliina A.
• 通讯作者: Koho, Karoliina A.

Abundant Chitinous Structures in Chilostomella (Foraminifera, Rhizaria) and Their Potential Functions.

• DOI: 10.1111/jeu.12828
• 发表时间: 2021-01
• 期刊: The Journal of eukaryotic microbiology
• 作者: Nomaki H;Chen C;Oda K;Tsuchiya M;Tame A;Uematsu K;Isobe N
• 通讯作者: Isobe N

サウサンプトン国立海洋研究所(英国)

南安普敦国家海洋实验室（英国）

Metabarcoding observations on species-specific microbiomes of deep-sea benthic foraminifera

深海底栖有孔虫物种特异性微生物组的元条形码观察

• 发表时间: 2021
• 作者: Salonen I;Chronopoilou PM;Nomaki H;Langlet D;Tsuchiya M;Koho K
• 通讯作者: Koho K

University of Hamburg(ドイツ)

汉堡大学（德国）