高感度プロテオーム解析手法を用いた細胞初期化におけるタンパク質動態の解明

使用高灵敏度蛋白质组分析方法阐明细胞重编程过程中的蛋白质动力学

基本信息

批准号：
13J02403
负责人：
岩崎未央
金额：
$ 2.53万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2013
资助国家：
日本
起止时间：
2013-04-01 至 2016-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

これまで、本研究者は少ない試料から短時間で網羅的なプロテオーム解析を行うことができる解析手法の開発を行ってきた。昨年度までに、iPS細胞とヒト線維芽細胞（HDF）を試料として用い、ナノ液体クロマトグラフィー-質量分析計(nanoLC-MS/MS)によるプロテオーム解析を行った結果、約10,000遺伝子を同定・定量した。得られたタンパク量とマイクロアレイから得られた転写産物量を比較したところ、HDFと比較してiPS細胞には転写量比は小さくてもタンパク量比が大きい、転写後制御を受けていると考えられる遺伝子群が約800個存在することがわかった。それらの遺伝子群にどのような機能が濃縮されているかを調べたところ、RNA結合タンパク質やヒストン結合タンパク質が有意に濃縮されていた。さらに、iPS細胞における機能を調べるため、high throughput screeningシステムを用いてsiRNAによる約800個の遺伝子ノックダウン実験を行った。その結果、約60%（335個）の遺伝子はノックダウンしてもiPS細胞上での形態変化や増殖能の低下は見られなかった。一方で、約40%(293個)の遺伝子はノックダウンすると細胞のコロニー密度が減少し、iPS細胞の生存に影響がある可能性が示唆された。現在はこれらの遺伝子についてsiRNA実験の確認など詳細な検討を行っており、H28年度内には論文を投稿予定である。

迄今为止，该研究人员已经开发出一种分析方法，可以在短时间内对少量样品进行全面的蛋白质组分析。截至去年，使用 iPS 细胞和人成纤维细胞 (HDF) 作为样本，使用纳米液体色谱-质谱 (nanoLC-MS/MS) 进行蛋白质组分析，已鉴定和量化了大约 10,000 个基因。当我们将获得的蛋白量与从微阵列获得的转录物量进行比较时，我们发现与HDF相比，iPS细胞的转录物量比例较小，但蛋白量比例较大，这表明它们受到转录后控制。发现大约有800个基因组可以使用。当我们研究这些基因组中哪些功能被富集时，我们发现RNA结合蛋白和组蛋白结合蛋白显着富集。此外，为了研究 iPS 细胞中的功能，我们使用高通量筛选系统使用 siRNA 对大约 800 个基因进行了敲低实验。结果，即使当大约60%（335个基因）的基因被敲低时，在iPS细胞中也没有观察到形态变化或增殖能力下降。另一方面，约 40%（293 个基因）的敲除降低了细胞集落密度，表明 iPS 细胞的存活可能受到影响。我们目前正在对这些基因进行详细的研究，包括siRNA实验的确认，并计划在2018财年提交一篇论文。

项目成果

期刊论文数量（13）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Researchmap

研究地图

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

メートル長キャピラリーカラムを用いる高深度プロテオーム解析システムに関する研究

米长毛细管柱深度蛋白质组分析系统研究

DOI：
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
0
作者：
岩崎未央;中川誠人;石濱泰;山中伸弥;藤本大士;岩崎未央
通讯作者：
岩崎未央

Challenges Facing Complete Human Proteome Analysis

完整的人类蛋白质组分析面临的挑战

DOI：
10.15583/jpchrom.2014.013
发表时间：
2014
期刊：
CHROMATOGRAPHY
影响因子：
1.7
作者：
Mio Iwasaki;Yasushi Ishihama
通讯作者：
Yasushi Ishihama

京都大学iPS細胞研究所ホームページ

京都大学iPS细胞研究所主页

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

A multi-omic analysis of human naïve CD4+ T cells.

DOI：
10.1186/s12918-015-0225-4
发表时间：
2015-11-06
期刊：
BMC systems biology
影响因子：
0
作者：
Mitchell CJ;Getnet D;Kim MS;Manda SS;Kumar P;Huang TC;Pinto SM;Nirujogi RS;Iwasaki M;Shaw PG;Wu X;Zhong J;Chaerkady R;Marimuthu A;Muthusamy B;Sahasrabuddhe NA;Raju R;Bowman C;Danilova L;Cutler J;Kelkar DS;Drake CG;Prasad TS;Marchionni L;Murakami PN;Scott AF;Shi L;Thierry-Mieg J;Thierry-Mieg D;Irizarry R;Cope L;Ishihama Y;Wang C;Gowda H;Pandey A
通讯作者：
Pandey A