Quantitative Immunology of T cell homeostasis

T 细胞稳态的定量免疫学

基本信息

批准号：
17KT0014
负责人：
小林徹也
金额：
$ 11.98万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2017
资助国家：
日本
起止时间：
2017-07-18 至 2020-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

マウス胸腺のT前駆細胞および胸腺上皮細胞のダイナミクスのモデルにおいて、前年度に実験取得したDN細胞部分群をモデルに取り込んだ詳細モデルを作成。そのデータとモデルに対してもパラメータ推定を行い、DN部分群を粗視化した前年度までのモデルとの整合性を確認した。同時に、DN細胞の前駆細胞の流入速度に関して新たなモデルでは、流入量がこれまでの推定よりも少ないことが見いだされた。これは既知の実験事実とも整合し、また粗視化モデルのbootstrap解析でも推定パラメータに二峰性が見られたことから整合することがわかった。更にbootstrap解析における不完全な収束も同定し、より適切なパラメータ推定分布を与えた。並行して、T細胞受容体の次世代シーケンスデータの解析を進めた。この解析から、特定のT細胞受容体配列を持つ細胞群が非常にゆっくりと胸腺へのX線摂動後回復することを見出した。一方でそれ以外の細胞については、摂動後7日程度で多様性指標(レニー多様性)が回復すること、また定常状態ではDPとSPの細胞に多様性指標に差が殆どないことが見いだされた。そして、PCAなどを用いた解析により、多様性指標では確認できなかった、摂動からの回復に伴う複雑なレパトアの変化やDPとSP細胞のレパトアの差異などを見出すことができた。今後この差異がなぜ生じるのか、またなぜ多様性指標はここまで普遍的に一定に保たれるのか、などについて研究をすすめることを予定している。

我们通过整合前一年实验获得的 DN 细胞亚群，创建了小鼠胸腺 T 祖细胞和胸腺上皮细胞动力学的详细模型。还对数据和模型进行了参数估计，确认了与上年模型的一致性，其中DN亚组是粗粒度的。与此同时，一个新的 DN 细胞祖细胞流入率模型发现，流入量低于之前估计的水平。这与已知的实验事实一致，并且在粗粒度模型的引导分析中观察到估计参数的双峰性。此外，还发现了引导分析中的不完全收敛，并给出了更合适的参数估计分布。与此同时，我们继续分析 T 细胞受体的下一代序列数据。通过该分析，我们发现具有特定 T 细胞受体序列的细胞群在胸腺受到 X 射线干扰后恢复非常缓慢。另一方面，对于其他细胞，发现扰动后7天左右多样性指数（Renny多样性）恢复，并且稳态下DP和SP细胞的多样性指数几乎没有差异。使用 PCA 等方法进行分析使我们能够发现与从扰动中恢复相关的复杂的谱变化以及 DP 和 SP 细胞谱的差异，而这些变化无法使用多样性指数来证实。未来，我们计划研究为什么会出现这种差异以及为什么多样性指标普遍保持不变。

项目成果

期刊论文数量（12）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Theoretical analysis of thymic T cell development dynamics via interaction with thymic epithelial cells

通过与胸腺上皮细胞相互作用对胸腺 T 细胞发育动力学进行理论分析

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kazumasa Kaneko;Ryo Yokota;Taishin Akiyama;Tetsuya J. Kobayashi
通讯作者：
Tetsuya J. Kobayashi

Theoretical analysis of thymic T cell development via interaction with thymic epithelial cells

通过与胸腺上皮细胞相互作用进行胸腺T细胞发育的理论分析

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kazumasa Kaneko;Ryo Yokota;Taishin Akiyama;Tetsuya J. Kobayashi
通讯作者：
Tetsuya J. Kobayashi

胸腺T細胞分化の数理モデリング

胸腺 T 细胞分化的数学模型

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
金子和正;横田亮;秋山泰身;小林徹也
通讯作者：
小林徹也

Interface between Immunology & Quantitative Biology

免疫学之间的接口

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

細胞内シグナリングネットワークにおける応答時間を一定に保つメカニズム

维持细胞内信号网络恒定响应时间的机制

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nakamura Masaaki;Chang Hsiu-Pu;Lin King-Chuen;Kasai Toshio;Che Dock-Chil;Palazzetti Federico;Aquilanti Vincenzo;金子和正
通讯作者：
金子和正

DOI：
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Testuya J. Kobayashi;Yuki Sughiyama;中島蒼;岩崎渉;小林徹也;岩崎渉，Sriswasdi Sira，高島昌子，眞鍋理一郎，大熊盛也，杉田隆;錦野敬三郎;Wataru Iwasaki
通讯作者：
Wataru Iwasaki