Analysis of cellular network during the death phase of stationary phase.

稳定期死亡阶段的细胞网络分析。

• 批准号: 22241050
• 负责人: MORI Hirotada
• 金额: $ 25.29万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22241050/
• 关键词: molecular bar-code; single gene deletion library; stationary phase; population dynamics; cell death; E. coli; bar-code欠失株; 長期定常期; 遺伝的ネットワーク; 細胞死; モデル化; クラスター解析; population変動; 大腸菌; 定常期; bar code欠失株; バーコード欠失株; 次世代型シーケンサー; population

Organisms in nature spend most of their life time instationary growing phase. Cellular metabolisms in stationary phase are largely different to those in log phase. During long-term stationary phase, organisms might survive against variety of stresses, such as starvation of nutrient. To clear the physiological network during stationary phase, we have constructed the comprehensive bar-coded single gene deletion library of E. coli. Using this new resource, we have developed the method to quantitatively monitor the population dynamics of each of deletion strains during long-term stationary phase.

自然界中的生物体一生的大部分时间都处于静止生长期。稳定期的细胞代谢与对数期的细胞代谢有很大不同。在长期稳定阶段，生物体可能会在各种压力下生存，例如营养饥饿。为了清除稳定期的生理网络，我们构建了大肠杆菌的综合条形码单基因删除文库。利用这种新资源，我们开发了定量监测每个缺失菌株在长期稳定期的种群动态的方法。

项目成果

ENVIRONMENTAL DEPENDENCY OF GENE KNOCKOUTS ON PHENOTYPE MICROARRAY ANALYSIS IN ESCHERICHIA COLI

• DOI: 10.1142/s021972001000521x
• 发表时间: 2010-12-01
• 期刊: JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY
• 影响因子: 1
• 作者: Tohsato, Yukako;Baba, Tomoya;Mori, Hirotada
• 通讯作者: Mori, Hirotada

次世代型シーケンサーがもたらす大腸菌像;「大量シーケンスと網羅解析から、モデル生物大腸菌を見直す」

新一代测序仪带来的大肠杆菌图像；“通过大规模测序和综合分析重新审视模式生物大肠杆菌”

• 发表时间: 2012
• 作者: Roder C;et al.;T.Kita;Hideki Tachibana;森浩禎
• 通讯作者: 森浩禎

Novel pathway directed by sE, which causes cell lysis, in Escherichia coli.

sE 引导的新途径可导致大肠杆菌中的细胞裂解。

• 发表时间: 2012
• 期刊: Genes to Cells
• 影响因子: 2.1
• 作者: 大島大輔;田中伸治;大口敬;Masayuki Murata
• 通讯作者: Masayuki Murata

New era for network biology of Escherichia coli.

大肠杆菌网络生物学的新时代。

• 发表时间: 2010
• 作者: Hata;K.;Kato;H. & Kachi;N.;荒井 雅吉;Kenji Watanabe;森浩禎
• 通讯作者: 森浩禎

Keio collectionを使ったHydroxyurea感受性株のスクリーニング

使用 Keio Collection 筛选羟基脲敏感菌株

• 发表时间: 2010
• 作者: Fujiwara;S.;Ida;H.;Yoshioka;Y.;Yoshida;H. and Yamaguchi;M.;中屋敷徹
• 通讯作者: 中屋敷徹