Chromatin regulation by lncRNA

lncRNA对染色质的调控

• 批准号: 21241046
• 负责人: OHTA Kunihiro
• 金额: $ 29.2万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21241046/
• 关键词: ノンコーディングRNA; クロマチン; ヒストン修飾; 転写制御; ゲノム発現; 翻訳制御; エピゲノム; 転写; ストレス応答; グルコース代謝; エビゲノム; ヒストン

We previously identified a lncRNA involved in chromatin and gene regulation of fission yeast fbp1 gene. This lncRNA (mlonRNA, metabolic stress induced lncRNA) is transcribed from the far upstream of fbp1 gene overlapping with the coding segment. In response to glucose starvation, cascade transcription of mlonRNAs occur to cause stepwise chromatin remodeling in the fbp1 promoter, followed by massive induction of mRNA.We here revealed histone modification is locally modulated by mlonRNA transcription and some chromatin modifying proteins. Chromatin binding of Atf1, which is necessary for mlonRNA transcription, is enhanced by mlonRNA transcription, thereby forming a positive feedback loop. We also discovered that mlonRNA is transported into cytoplasms to bind polysomes. Since mlonRNA harbors many uORFs, mlonRNA does not have little coding potential. RNA Seq analysis revealed 42 mlonRNA-like lncRNAs as well as antisense lncRNAs. We also detected mlonRNA-like lncRNA in mice cultured cells.

我们之前鉴定了参与裂殖酵母fbp1基因染色质和基因调控的lncRNA。这种lncRNA（mlonRNA，代谢应激诱导的lncRNA）是从与编码片段重叠的fbp1基因的最上游转录的。为了响应葡萄糖饥饿，mlonRNA 发生级联转录，导致 fbp1 启动子中的逐步染色质重塑，随后大量诱导 mRNA。我们在此揭示了组蛋白修饰是由 mlonRNA 转录和一些染色质修饰蛋白局部调节的。 mlonRNA 转录所必需的 Atf1 的染色质结合通过 mlonRNA 转录得到增强，从而形成正反馈环。我们还发现 mlonRNA 被转运到细胞质中结合多聚核糖体。由于 mlonRNA 含有许多 uORF，因此 mlonRNA 具有不小的编码潜力。 RNA Seq 分析揭示了 42 mlonRNA 样 lncRNA 以及反义 lncRNA。我们还在小鼠培养细胞中检测到了 mlonRNA 样 lncRNA。

项目成果

太田邦史教授（総合文化研究科広域科学専攻）親から子への遺伝子継承で中心的な役割を果たす遺伝子を発見

太田邦文教授（文理研究生院广义科学部）发现了在父母向子女的基因遗传中发挥核心作用的基因

東京大学大学院総合文化研究科太田研究室

东京大学研究生院文理学院太田实验室

Transcriptional regulation by Glucose starvation-induced lncRNAs

葡萄糖饥饿诱导的lncRNA的转录调控

• 发表时间: 2013
• 作者: Oda A.;Takemata N.;Miyoshi T.;Suzuki Y.;Sugano S.;Hoffman C. and Ohta K.
• 通讯作者: Hoffman C. and Ohta K.

Determinants of meiotic recombination hotspots in S. pombe

粟酒裂殖酵母减数分裂重组热点的决定因素

• 发表时间: 2013
• 作者: Nakano;Kenichi;Hiroshi Kawase; Shinichi Matsushima;Kunihiro Ohta
• 通讯作者: Kunihiro Ohta

次世代シークエンサーによる非コードDNA配列解析

使用下一代测序仪进行非编码 DNA 序列分析

• 发表时间: 2012
• 期刊: 実験医学
• 作者: 太田 邦史;久郷 和人;山田 真太郎;小田 有沙
• 通讯作者: 小田 有沙