Construction and analyses of interaction network for transportsomeusing structural information

利用结构信息的运输体交互网络的构建和分析

• 批准号: 17081003
• 负责人: KINOSHITA Kengo
• 金额: $ 33.98万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17081003/
• 关键词: 膜輸送複合体; トランスポートソーム; DNAマイクロアレイ; 遺伝子共発現; タンパク質立体構造; タンパク質間相互作用; 膜分子輸送複合体; 共発現; 蛋白質立体構造; タンパク質問相互作用; トランスポートゾーム; バイオインフォマティクス; 蛋白質; 分子間相互作用; トランスポーター; シグナル伝達; 立体構造; 分子表面; リガンド結合部位; 静電ポテンシャル; ドッキングシュミレーション

Construction of interaction network of protein is a first step toward the understanding of complex biological systems. Usually, the network is made from nodes and edges representing proteins and interactions, respectively. However, the abstract representation prevents us from analyzing the biological systems in molecular levels. Therefore, in this project, we have developed a method to construct the interaction networks based on gene coexpression, and also develop a method to predict the protein complex structures.

蛋白质相互作用网络的构建是理解复杂生物系统的第一步。通常，网络由分别代表蛋白质和相互作用的节点和边组成。然而，抽象的表示使我们无法在分子水平上分析生物系统。因此，在这个项目中，我们开发了一种基于基因共表达构建相互作用网络的方法，并开发了一种预测蛋白质复合物结构的方法。

项目成果

蛋白質の配列・構造・機能相関の博物学

蛋白质序列、结构和功能关系的自然历史

• 发表时间: 2007
• 作者: 池淵祐樹;高田龍平;伊藤晃成;吉門崇;安西尚彦;金井好克;鈴木洋史;木下賢吾
• 通讯作者: 木下賢吾

Web services for function prediction of proteins

用于蛋白质功能预测的网络服务

• 发表时间: 2009
• 作者: Miyagi K;Kiyonaka S;Yamada K;Miki T;Mori E;et al.;K Kinoshita
• 通讯作者: K Kinoshita

Classification of hetero-dimer interfaces using docking models and construction of scoring functions for the complex structure prediction

使用对接模型对异二聚体界面进行分类并构建用于复杂结构预测的评分函数

• 发表时间: 2009
• 期刊: Adv. Appl. Bioinfo. Chem 2,1
• 作者: Y Tsuchiya;E Kanamori;H Nakamura;K Kinoshita
• 通讯作者: K Kinoshita

Probablistic alignment detects remote homology in a pair of protein sequences without homologous sequence information

概率比对可在没有同源序列信息的情况下检测一对蛋白质序列中的远程同源性

• 发表时间: 2007
• 期刊: Proteins 66,
• 作者: Ryotaro Koike;Kengo Kinoshita;Akinori Kidera,
• 通讯作者: Akinori Kidera,

eF-seek: prediction of the functional sites of proteins by searching for similar electrostatic potential and molecular surface shape

• DOI: 10.1093/nar/gkm351
• 发表时间: 2007-07-01
• 期刊: NUCLEIC ACIDS RESEARCH
• 影响因子: 14.9
• 作者: Kinoshita, Kengo;Murakami, Yoichi;Nakamura, Haruki
• 通讯作者: Nakamura, Haruki