体系的RNAiによる線虫C.elegansのゲノム機能解析

通过系统 RNAi 进行线虫基因组功能分析

基本信息

批准号：
14011212
负责人：
杉本亜砂子
金额：
$ 2.37万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14011212/
关键词：
遺伝学遺伝子ゲノム発生・分化細胞・組織

项目摘要

1.体系的RNAi法のさらなるハイスループット化体系的RNAiをさらに効率的に行うために、従来はマニュアルで行っていた二本鎖RNAの合成過程を自動化するための条件決定を行った。具体的には、ラボラトリーオートメーションシステム(Biomek)を用いて、96穴プレートフォーマットで非重複cDNAセットから高濃度の二本鎖RNAを合成する条件を決定した。2.体系的RNAi法による必須遺伝子の網羅的探索約10,000遺伝子由来のcDNAを含む非重複cDNAセット(国立遺伝研・小原雄治教授より供与)を鋳型として、上述の手法により二本鎖RNAを合成し、線虫を高濃度RNA溶液に浸すことによって体系的なRNAiを行った。各cDNAに対するRNAiによる表現型を実体顕微鏡で観察し、表現型を記録した。表現型としては、胚性致死・幼生致死・不稔・形態異常・運動能力異常等に着目し、表現型データベースを並行して構築した。平成12月現在で、約4500クローンについての解析を完了した。3.胚性致死遺伝子群の分類上記の体系的RNAiで胚性致死となったものについて最終表現型を微分干渉顕微鏡で観察し、発生停止時期(細胞増殖期、形態形成期、形態形成完了後、等)によって分類を行った。また、神経・筋肉・腸・咽頭等の細胞分化や組織形成についても記録した。これまでに、約120の胚性致死遺伝子についての解析を完了した。これらの表現型解析に基づき、形態形成過程に特異的に異常のあるものを選択して以後の解析を行う予定である。

1。系统的RNAi方法的进一步高通量为了进一步有效地实施系统的RNAi，确定条件以自动化双链RNA的合成过程，该过程以前是手动的。具体而言，使用实验室自动化系统（BIOMEK）以96孔板格式确定了从非重叠cDNA集合中合成高浓度的双链RNA的条件。 2。使用系统的RNAi方法全面搜索基本基因，使用非重叠的cDNA集（由国立遗传学研究所的Ohara Yuji教授给出），其中包含cDNA，该基因含有cDNA，该基因源自大约10,000个基因作为模板，双链RNA使用上述方法合成了上述方法，并在高浓度范围内进行了rna systra rna socty rna rna songe rna songe rna。在立体显微镜下观察到每个cDNA的RNAi表型，并记录表型。表型包括胚胎杀伤力，幼虫致死性，无菌性，异常形态，运动能力异常和其他表型数据库，并并行构建。截至2009年12月，已经完成了大约4,500个克隆的分析。 3。胚胎致死基因组的分类观察到上述系统的RNAi的最终表型，该表型通过差分干扰显微镜从胚胎致死，并根据发育停滞的时间（细胞增殖阶段，形成阶段，形态发生后的形成阶段）进行分类。还记录了神经，肌肉，肠和咽的细胞分化和组织形成。到目前为止，已经完成了大约120个胚胎致死基因的分析。基于这些表型分析，我们将在形态发生过程中选择具有特定异常的人，并进行后续分析。