インターフェロン遺伝子転写調節因子の高次構造と制御塩基配列認識機構の研究

干扰素基因转录调控因子高阶结构及控制序列识别机制研究

基本信息

批准号：
05273213
负责人：
白川昌宏
金额：
$ 1.6万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1993
资助国家：
日本
起止时间：
1993 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05273213/
关键词：

项目摘要

大腸菌に産製させた、112残基からなる塩基配列特異的DNA結合活性を持つIRF-2のDNA結合ドメインについて、主として均一^<15>Nラベル、均一^<15>N/^<13>Cラベルした試料を用いて、ほぼ全ての主鎖の^1H、^<15>Nおよび^<13>C核のシグナルの帰属を終了した。また、側鎖に関してもかなりの部分の^1H、^<15>Nおよび^<13>C核のシグナルの帰属を行った。帰属に用いた主なスペクトルは、3次元^1H/^<15>N NOESY-HSQC,3次元^1H/^<15>N TOCSY-HSQC、^1H、^<15>Nおよび^<13>C核の3重共鳴3次元HNCA,HN(CO)CA、HNCO,HN(CA)CO,HBHA(CBCACO)NH,及び、HCACO、HCCH-COSY,HCCH-TOCSYなどである。これらのスペクトルを効率よく組み合わせる事によって、主鎖、側鎖の順に帰属を進めた。得られた帰属を基に、3次元^1H/^<15>N NOESY-HSQC,3次元^1H/^<13>C NOESY-HSQCなどから水素原子核間の距離情報を、2次元^1H/^<15>N HMQC-Jから角度情報を収集し、simulated annealing distance geometory法による立体構造の計算を行った。現在、まだ計算中であり立体構造決定にはまだ至っていないが、2次構造は決定された。その結果、IRF-2のDNA結合ドメインは4本のβストランドからなる反平行βシートと3本のαヘリックスからなることが判った。3本のαヘリックスともβシートの片側に折り畳まれている事も決定された。

IRF-2的DNA结合结构域是在大肠杆菌中产生的，具有序列特异性的DNA结合活性，由112个残基组成，主要是同质^<15>N标签，均匀^<15>N/^< 13> 使用C标记的样本，我们完成了几乎所有主链^1H、^<15>N和^<13>C核的信号分配。关于侧链，我们还指定了^ 1H、^ 15 N和^ 13 C核信号的重要部分。用于分配的主要光谱是 3D^1H/^<15>N NOESY-HSQC、3D^1H/^<15>N TOCSY-HSQC，^1H、^<15>N 和 ^<13>C 核的三重共振三维 HNCA、HN(CO)CA、HNCO、HN(CA)CO、HBHA(CBCACO)NH 和 HCACO， HCCH-COSY、HCCH-TOCSY 等通过有效组合这些光谱，按照主链和侧链的顺序进行分配。根据获得的分配，从 3D^1H/^<15>N NOESY-HSQC、3D^1H/^<13>C NOESY-HSQC 等氢核之间的距离信息收集^<15>N 角度信息使用模拟退火距离几何方法计算HMQC-J和三维结构。目前计算仍在进行中，三维结构尚未确定，但二级结构已确定。结果表明，IRF-2的DNA结合结构域由反向平行的β-折叠组成，该β-折叠由四个β-链和三个α-螺旋组成。还确定所有三个 α 螺旋都折叠到 β 折叠的一侧。