インターフェロン遺伝子転写調節因子の高次構造と制御塩基配列認識機構の研究

干扰素基因转录调控因子高阶结构及控制序列识别机制研究

基本信息

批准号：
05273213
负责人：
白川昌宏
金额：
$ 1.6万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1993
资助国家：
日本
起止时间：
1993 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05273213/
关键词：

项目摘要

大腸菌に産製させた、112残基からなる塩基配列特異的DNA結合活性を持つIRF-2のDNA結合ドメインについて、主として均一^<15>Nラベル、均一^<15>N/^<13>Cラベルした試料を用いて、ほぼ全ての主鎖の^1H、^<15>Nおよび^<13>C核のシグナルの帰属を終了した。また、側鎖に関してもかなりの部分の^1H、^<15>Nおよび^<13>C核のシグナルの帰属を行った。帰属に用いた主なスペクトルは、3次元^1H/^<15>N NOESY-HSQC,3次元^1H/^<15>N TOCSY-HSQC、^1H、^<15>Nおよび^<13>C核の3重共鳴3次元HNCA,HN(CO)CA、HNCO,HN(CA)CO,HBHA(CBCACO)NH,及び、HCACO、HCCH-COSY,HCCH-TOCSYなどである。これらのスペクトルを効率よく組み合わせる事によって、主鎖、側鎖の順に帰属を進めた。得られた帰属を基に、3次元^1H/^<15>N NOESY-HSQC,3次元^1H/^<13>C NOESY-HSQCなどから水素原子核間の距離情報を、2次元^1H/^<15>N HMQC-Jから角度情報を収集し、simulated annealing distance geometory法による立体構造の計算を行った。現在、まだ計算中であり立体構造決定にはまだ至っていないが、2次構造は決定された。その結果、IRF-2のDNA結合ドメインは4本のβストランドからなる反平行βシートと3本のαヘリックスからなることが判った。3本のαヘリックスともβシートの片側に折り畳まれている事も決定された。

对于IRF-2的DNA结合结构域，IRF-2的DNA结合结构域具有112个在大肠杆菌中产生的核苷酸序列特异性DNA结合活性的残基，我们完成了几乎所有主要链条， ^1H和 ^<15> c核几乎所有主要链的信号分配，主要使用主要同质 ^<15> n/ ^<13> c。同样，将 ^1H， ^<15> n和 ^<13> c核的信号的很大一部分分配给侧链。 The main spectra used for assignment are 3D ^1H/^<15>N NOESY-HSQC, 3D ^1H/^<15>N TOCSY-HSQC, triple resonance 3D HNCA, HN(CO)CA, HNCO, HN(CA)CO, HBHA(CBCACO)NH, and HCACO, HCCH-COSY, HCCH-TOCSY, etc. By efficiently combining these光谱，主链和侧链是按主链的顺序分配的。基于获得的分配，从3D ^1H/ ^<15> n收集氢核之间的距离信息，noesy-hsqc，3d ^1H/ ^<13> c noesy-hsqc等，并从2D ^1H/ ^<15> N HMQC-J中收集了角度信息，使用了三维结构。尽管计算仍在进行中，并且尚未确定3D结构，但已确定二级结构。结果，发现IRF-2的DNA结合结构域由一个由四个β链和三个α螺旋组成的反平行β板组成。还确定将所有三个α螺旋都折叠到β板的一侧。