15年コホートに基づく口腔常在微生物叢の長期動態と構成異常をもたらす要因の解明

基于 15 年队列阐明导致口腔常驻微生物群长期动态和组成异常的因素

基本信息

批准号：
22H03303
负责人：
竹下徹
金额：
$ 10.9万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H03303/
关键词：
口腔常在微生物叢 16S rRNA 唾液長期動態 16S rRNA遺伝子マイクロバイオーム

项目摘要

本年度は2007年、2012年、2017年に行われた住民健診のいずれにも参加し歯科健診と唾液の提供を行った対象者の一部について口腔常在微生物叢の微生物量と微生物構成の経時変化の分析を進めた。保管されている唾液微生物群集DNA検体から節目年齢に該当する対象者の三時点の検体を抽出し、細菌16S rRNA遺伝子全長を網羅的に増幅・回収した。ロングリードシーケンサーを用いてHiFi Readモードで含まれる塩基配列を高精度に解読した。取得した塩基配列の解読エラーを補正したのち口腔細菌データベースeHOMDに登録されている口腔細菌16S rRNA遺伝子塩基配列に基づき構成細菌種を同定していくことで各検体の細菌構成を決定した。細菌16S rRNA遺伝子全長の塩基配列から決定した細菌構成は過去に次世代シーケンサーを用いて細菌16S rRNA遺伝子V1-V2領域を用いて決定した細菌構成と比較評価を行ない概ね一致することを確認したのち、各年度の横断データを用いて対象者の年齢と細菌構成との関連について検討した。さらに同一対象者の5年、10年間の細菌構成の変化について確認を行った。真菌構成の分析を行うため、口腔真菌構成の解析に適した遺伝子領域について再検討を行った。また細菌、真菌それぞれの共通配列をプライマーとした定量PCR法を用いて総細菌数および総真菌数の測定を進めた。加えて、2023年度に予定している口腔常在微生物叢追跡調査の遂行に向けて関係部署と打ち合わせを行い準備を進めた。

今年，2007年，2012年和2017年，参加了任何居民的检查，并为牙科检查的部分提供了牙齿检查和微生物和微生物的唾液组成。提取了唾液微生物中唾液微生物的靶标本，并提取细菌16S rRNA基因的总长度得到扩增并全面恢复。 HIFI读取模式中包含的基本序列使用长颗粒序列器准确地被清理。通过基于口服细菌16S rRNA基因碱基序列鉴定构型细菌种类来确定每个样品的细菌组成，该构成物种在纠正了获得的基碱基序列的解码误差后，在口腔细菌数据库EHOMD中注册的构成。细菌16S rRNA基因基因从总长度的基础序列确定的细菌构型已证实，细菌16S rRNA基因V1-V2区域通常匹配并具有可比性并进行了评估。以及每年使用交叉数据的细菌组成。此外，我们证实了同一受试者5或10年的细菌组成的变化。为了分析真菌构型，回顾了适合分析口服真菌构型的基因区域。使用常见的细菌和真菌作为底漆的普通序列，使用定量PCR方法促进了细菌总数，细菌数量，细菌数量和细菌数量的测量。此外，我们与相关部门开会，进行计划的跟踪调查，该调查计划于2023年进行并准备。