Development of personalized medicine for lung cancer using next-generation transcriptome

使用下一代转录组开发肺癌个体化医疗

基本信息

批准号：
22H02842
负责人：
林大久生
金额：
$ 11.07万
依托单位：
Juntendo University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2026-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02842/
关键词：
肺癌 CAGE トランスクリプトーム解析エンハンサー肺がん個別化医療

项目摘要

本研究は、難治性がんの代表である肺癌患者の生命予後の改善を目的として、治療成績向上の要となる腫瘍発生・維持・悪性化・治療感受性並びに治療抵抗性の原因因子をトランスクリプトームレベルで特定し、治療効果予測バイオマーカー開発の元に個別化医療を推進させる。特徴として、1)肺癌患者検体を用いたエンハンサー・ゲノム転写ネットワークの包括的解析、2)細胞株を用いた薬剤摂動トランスクリプトーム解析による各種薬剤における制御因子の包括的解明、3) 肺癌組織を用いた継時的空間トランスクリプトーム解析による遺伝子発現プロファイリングを確立し、それらの統合解析を基に肺癌の発生・維持・悪性化・治療感受性の根源的な分子メカニズムの解明と因子同定を進め、その成果に基づいた個別化医療開発を推進することによる新規治療法を確立する。本年度は主に1)の解析を進め、111症例の患者由来の肺癌サンプルを用いたCAGEシーケンスデータにおいて、各々、約5x10^6のソフトクリップしたリードが検出された。FANTOM5に登録されたプロモータの発現パターンにより、腺癌、扁平上皮癌は別個のクラスターに分類された。また、334314個のエンハンサーが同定された。

本研究旨在改善肺癌患者的生活预后，肺癌是一种典型的难治性癌症，基于预测治疗效果的生物标志物的开发，促进个体化医疗。功能包括：1) 使用肺癌患者标本全面分析增强子基因组转录网络，2) 通过使用细胞系进行药物扰动转录组分析，全面阐明各种药物中的调节因子，3)通过肺癌组织的时空转录组分析建立基因表达谱，并基于整合分析阐明潜在的分子机制并识别肺癌的发生、维持、恶性进展和治疗敏感性的潜在因素，从而建立新的治疗方法。根据结果开发个性化医疗。今年，我们主要分析了1），在使用111名患者肺癌样本的每个CAGE序列数据中，检测到大约5x10^6个软剪辑读数。根据 FANTOM5 中注册的启动子的表达模式，将腺癌和鳞状细胞癌分为不同的簇。此外，还鉴定出了 334,314 个增强子。