肝細胞癌におけるカスタム遺伝子パネルを用いた循環腫瘍DNAの検出と有用性の探求

使用定制基因组探索肝细胞癌中循环肿瘤 DNA 的检测和效用

基本信息

批准号：
22K20794
负责人：
藤井康智
金额：
$ 1.83万
依托单位：
Hiroshima University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-08-31 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K20794/
关键词：
循環腫瘍DNA 肝細胞癌リキッドバイオプシーバイオマーカー

项目摘要

本年度では、研究計画study1に示す通り、TP53、TERT、CTNNB1の3-gene panelを用いて検出された循環腫瘍DNA((ctDNA)と組織DNAの変異がどの程度一致しているかを検証し、またバイオマーカーとしての機能を評価するために、2014/3から2021/5の期間で、切除症例、腫瘍径>3cm、AFP/PIVKAⅡ陰性を満たす30例を抽出し、腫瘍DNAおよび末梢血リンパ球DNAと、cell-free DNAを、 3-gene panelを用いてライブラリー調整後、次世代シークエンス、バイオインフォマティクス解析を行った。腫瘍DNAでは、TERT promoter変異が30例中19例、TP53変異が 9例、CTNNB1変異が4例であった。一方cell-free DNAでは、ctDNAとしてTERT promoter変異が30例中3例、TP53変異が 9例、CTNNB1変異が1例しか検出されなかった。ctDNAで検出されたTERTとCTNNB1変異は、全て腫瘍での変異と一致していたが、TP53変異は9例中1例のみしか一致していなかった。十分なcoverageが確保できなかった症例11から20、腫瘍・ctDNAいずれの変異も検出されなかった4例、およびctDNAでクローン性造血の可能性が考えられた症例 (腫瘍で検出なくTP53変異頻度1%未満) の2例除いた14例で検討した結果、ステージが高く、腫瘍個数が多く、最大径が大きい症例ほどctDNAの検出率は高いことが示された。今回の研究では、対象となった症例は全体的にステージが低く、腫瘍量も少ないため、ctDNAの検出率が低かったことが考えられた。検出率が低く、検出された症例数が少なく十分な検討ができなかったため、今後はより進行例（StageⅢ以上）の症例に焦点をおいた再検討を行う必要があると考える。

今年，如研究计划研究1所示，我们将开发TP53、TERT和CTNNB1 3个基因。为了验证使用该panel检测到的循环肿瘤DNA（ctDNA）与组织DNA突变的一致性程度，并评估其作为生物标志物的功能，期间，我们提取了30例已切除、肿瘤直径>3 cm的病例， AFP/PIVKAⅡ阴性，并利用3-gene收集肿瘤DNA、外周血淋巴细胞DNA和细胞游离DNA。使用Panel建库后，进行二代测序和生物信息学分析。肿瘤DNA显示19例中TERT启动子突变，9例中TP53突变，4例中CTNNB1突变。在30例肿瘤DNA中，有3例。病例有 TERT 启动子突变和 ctDNA TP53 突变。 ctDNA中检测到的所有TERT和CTNNB1突变均与肿瘤中的突变相匹配，但9例中只有1例有CTNNB1突变，其中病例11至20无法确保足够的覆盖率，其中4例没有肿瘤或ctDNA。检测到突变，根据ctDNA考虑克隆性造血可能性的病例。（肿瘤中未检测到TP53突变频率低于1%）本研究结果显示，分期越高，肿瘤数量越多，最大直径越大，ctDNA检出率越高，总体来说，分期低，肿瘤量少。这可能是由于ctDNA检出率较低所致。由于检出率较低且检出病例数较少，我们无法进行彻底调查，因此我们将重点关注更晚期的病例（III期或更高阶段）我认为有必要重新考虑。