カイコの新型トランスポゾンを用いた突然変異誘発法および遺伝子タギング法の開発

利用新型蚕转座子开发诱变和基因标记方法

基本信息

批准号：
14656023
负责人：
嶋田透
金额：
$ 2.24万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至 2003
项目状态：
已结题

项目摘要

昨年度、カイコゲノムからAquila、Cygnus、Lyraと命名した昆虫レトロウイルス様因子を発見した。今年度は、さらにゲノム情報の網羅的探索を実施した。マイマイガ核多角体病ウイルスの膜融合タンパク質を手がかりに、カイコゲノム情報をin silicoで探索した。その結果、新規のレトロウイルス候補2種類の配列を得、それぞれArcturus、Denebolaと名付けた。Arcturusは三つのORFを持ちそれぞれがGag、Pol、Env様タンパク質をコードしており、それらORFの外側にはLTR配列が存在していた。またDenebolaは二つのORFを持ち、1番目のORFにGag様タンパク質及びPol様タンパク質をコードし、2番目のORFにEnv様タンパク質をコードするという構造を持っていたが、LTRは同定できなかった。また、envの塩基配列の一部を基準にしてコピー数を見積もったところ、Arcturusが10コピー、Denebolaが16コピー存在すると推定された。一方で、新たにpiggyBacに弱い相同性を示す新しいトランスポゾンを発見した。これは最初p50T系統のW染色体に由来するBACクローン1C7Cから発見され,全長、は3419bpであった。674アミノ酸残基からなるトランスポザーゼをコードしており、そのアミノ酸配列はpiggyBacと34%が一致していた。ORFの外側に16塩基の逆向き反復配列があり,左右の逆向き反復配列のさちに外側にTTAAというターゲット重複配列が認められた。PCRおよびサザンブロットによる解析より,W染色体におけるこのトランスポゾン様配列の挿入は,p50T系統に特異的であることが判明した。この結果から,このトランスポゾン様配列には転移能力がある可能性が高いと判断し,yabusame-Wと命名した。

去年，我们在蚕虫基因组中发现了名为Aquila，Cygnus和Lyra的昆虫逆转录病毒样因素。今年，我们对基因组信息进行了广泛的搜索。将念珠虫核多面病毒病毒的膜融合蛋白作为线索，在计算机中搜索了蚕虫基因组信息。结果，分别获得了两个新的逆转录病毒候选序列，并分别命名为Arcturus和Denebola。 Arcturus有三个ORF，每个ORF编码GAG，POL和ENV样蛋白，其中LTR序列存在于这些ORF之外。 Denebola也有两个ORF，其中第一个ORF编码了类似Gag的蛋白质和Pol样蛋白，第二个ORF编码了ENV样蛋白，但无法识别LTR。此外，当我们根据ENV基础序列的一部分估算副本数量时，估计有10份Arcturus和16份Denebola副本。另一方面，我们发现了一种新的转座子，与Piggybac表现出弱同源性。这是在BAC克隆1C7C中首次发现的，该BAC克隆谱系源自p50t谱系的W染色体，其总长度为3419 bp。它编码由674个氨基酸残基组成的转座酶，其氨基酸序列与PiggyBac一致。 ORF之外有一个16键倒的重复序列，在左右重复后，在外部发现了一个称为TTAA的目标重叠序列。 PCR和Southern印迹的分析表明，在W染色体中，该转座子样序列的插入是P50T谱系的特异性。从这些结果中可以确定，这种类似转座子的序列可能具有转运电位，并被称为yabusame-w。

项目成果

期刊论文数量（8）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Hiroaki Abe, Kazuei Mita, Yuji Yasukochi, Toshikazu Oshiki, Toru Shimada: "Retrotransposable elements on the W chromosome of the silkworm, Bombyx mori."Cytogenetic and Genome Research.Special issue (Retrotransposable elements and genome evolution). (印刷中).

Hiroaki Abe、Kazuei Mita、Yuji Yasukochi、Toshikazu Oshiki、Toru Shimada：“家蚕 W 染色体上的逆转录转座元件。”细胞遗传学和基因组研究。特刊（逆转录转座元件和基因组进化）。

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

Yoshiko Koike, Kazuei Mita, Masataka G.Suzuki, Susumu, Maeda, Hiroaki, Abe, Kazutoyo, Osoegawa, Pieter, J.deJong, Toru Shimada: "Genomic sequence of 320 kb containing a kettin ortholog on the Z chromosome in Bombyx mori"Molecular Genetics and Genomics. (印

Yoshiko Koike、Kazuei Mita、Masataka G.Suzuki、Susumu、Maeda、Hiroaki、Abe、Kazutoyo、Osoekawa、Pieter、J.deJong、Toru Shimada：“家蚕 Z 染色体上含有 kettin 直向同源物的 320 kb 基因组序列”分子遗传学和基因组学。

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

Kazuei Mita, Mitsuoki Morimyo, Kazuhiro Okano, Yoshiko Koike, Junko Nohata, Hideki Kawasaki, Keiko Kadono-Okuda, Kimiko Yamamoto, Masataka G.Suzuki, Toru Shimada, Marian R.Goldsmith, Susumu Maeda: "The construction of an EST database for Bombyx mori and i

Kazuei Mita、Mitsuoki Morimyo、Kazuhiro Okano、Yoshiko Koike、Junko Nohata、Hideki Kawasaki、Keiko Kadono-Okuda、Kimiko Yamamoto、Masataka G.Suzuki、Toru Shimada、Marian R.Goldsmith、Susumu Maeda：“构建 EST 数据库