16SrRNA解析を用いた検体からの細菌同定

使用 16S rRNA 分析对样本进行细菌鉴定

• 批准号: 16H00641
• 负责人: 坂井 優喜子
• 金额: $ 0.36万
• 依托单位: Kanazawa University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16H00641/
• 关键词: 感染症; 細菌同定; 16SrRNA解析

1. 研究目的細菌培養検査では感染症が強く疑われるにも関わらず培養陰性となることがある。この理由として、抗菌薬の影響、検体の輸送や保存中の菌の死滅、培養に特殊な条件を要する(ガス濃度、温度、時間、培地)、人工培地での発育が困難など考えられる。そこで本研究では、感染症を強く疑うが培養陰性であった検体から、細菌の検出と同定を行うことを目的とした。2. 研究方法感染症を疑うが細菌培養陰性であった検体24件を対象とした。検体の内訳は膿瘍5件、腹水5件、関節液4件、胸水4件、リコール2件、骨髄腔、骨、腎のう胞内容物、リンパ各1件であった。検体からDNAを抽出後(MORA-EXTRACT、極東)、16S rRNA領域をPCRにて増幅し、1%アガロースゲル電気泳動にて増幅産物(1.5kbp)の有無を確認した。1.5kbpのバンドを認めない場合はここまでとし、認めた場合は増幅産物の精製(Wizard SV Gel and PCR Clean-Up System、プロメガ)、シーケンス、相同性検索(BLAST、BIBI、Ex Taxon)を行い微生物の同定を行った。3. 主な研究成果24件中9検体で微生物が同定された。検体の内訳は、膿瘍、腹水が各2件、胸水、関節液、骨髄腔、リコール、腎のう胞内容液が各1件であった。検出菌は、膿瘍からStaphylococcus sp. 、Streptococcus sp. 、腹水からParvimonas micra、Streptococcus sp. 、胸水からProteus sp. 、関節液からStaphylococcus sp. 、骨髄腔からActinomyces sp. 、腎のう胞内溶液からPropionibacterium acnes、リコールから腸内細菌が同定された。培養陰性要因として、検体採取前の抗菌薬投与が5件、55.6%を占めた。培養条件不適例や人工培地での発育困難例は認めず、他4件は培養陰性となった要因が不明であった。

1. 出于研究目的，即使强烈怀疑感染，细菌培养测试也可能呈阴性。可能的原因包括抗菌药物的作用、标本运输和储存过程中细菌的杀灭、需要特殊的培养条件（气体浓度、温度、时间、培养基）以及在人工培养基中生长的困难。因此，本研究的目的是检测和鉴定强烈怀疑患有传染病但培养结果为阴性的标本中的细菌。 2. 研究方法 使用了 24 份疑似传染病但细菌培养阴性的标本。标本包括脓肿5例、腹水5例、滑液4例、胸腔积液4例、回忆2例、髓腔、骨、肾囊肿内容物、淋巴液各1例。从标本(MORA-EXTRACT、Kyokuto)提取DNA后，通过PCR扩增16S rRNA区域，并通过1％琼脂糖凝胶电泳确认扩增产物(1.5kbp)的存在或不存在。如果您不识别 1.5 kbp 条带，请在此停止；如果您识别，请对扩增产物进行纯化（Wizard SV Gel 和 PCR Clean-Up System、Promega）、序列和同源性搜索（BLAST、BIBI、Ex Taxon）鉴定出微生物。 3. 24项重大研究成果中有9项鉴定出微生物。标本分类为脓肿和腹水各2个，胸腔积液、关节液、骨髓腔、回忆和肾囊肿液各1个。检测到的细菌是来自脓肿的葡萄球菌和链球菌、来自胸腔积液的变形杆菌、来自骨髓腔的放线菌和痤疮丙酸杆菌。囊液、肠道细菌均从召回中鉴定出来。培养阴性原因为标本采集前使用抗生素5例，占55.6%。没有出现培养条件不合适或在人工培养基上生长困难的情况，另外4例培养结果阴性的原因不明。