大規模な解析による深海性環形動物の生息水深と遺伝的多様性の関連の解明

通过大规模分析阐明深海环节动物栖息地深度与遗传多样性之间的关系

基本信息

批准号：
22K15174
负责人：
小林元樹
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Ishinomaki Senshu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15174/
关键词：
深海遺伝的多様性水深 DNAバーコーディング環形動物

项目摘要

海洋、とくに深海において、種の分布水深の範囲はどのようであるか、種内の遺伝的多様性が水深方向にどのように分布しているか、といった課題に取り組む多様性研究は遅れているのが現状である。本研究では、次世代シーケンサーを用いて深海性環形動物について網羅的にミトコンドリアDNAの遺伝子配列を標本と紐付けて決定し、種の分布水深の範囲および水深方向に関する種内の遺伝的多様性の分布を解明するとともに、塩基配列をデータベースに登録しDNAバーコーディングに資する情報を蓄積することを目指す。研究1年目である2022年度は、潮間帯から簡単に得られるサンプルを活用し、次世代シーケンサーを用いて安価かつ簡便に特定の複数遺伝子領域の塩基配列を取得する手法を検討した。一部の種については、次世代シーケンサーを用いてミトコンドリアDNAの全長配列を決定し、公開データベースの登録配列と合わせて、新規のプライマーを作成する際の参照配列とした。今回検討した手法により、環形動物のみならず他の海産底生無脊椎動物も含む110個体について、ミトコンドリア遺伝子と核遺伝子の6領域2700塩基対程の塩基配列を取得した。また、深海性環形動物1科について重点的に遺伝子解析を行い、水深方向の水深分布を検討した。当該の科の複数種についてトランスクリプトーム解析を行い、得られた塩基配列の解析を進めている。なお、ミトコンドリアDNA全長配列の解析結果について、1編の論文として発表した。

在海洋中，尤其是在深海中，多样性研究被延迟，例如种子分布的深度，以及种子中的遗传多样性如何分布在水深。在这项研究中，使用下一个代序列的线粒体DNA的遗传序列全面地分配给了深 - 海gymnastics，以及种子深处的物种的内部物种目的是阐明分布，并在数据库中注册基本序列，并积累有助于DNA条形码编码的信息。在研究的第一年，在2022财年，我们检查了一种使用样品的方法，该方法可以轻松从潮汐区获取以使用下一个代序列器在特定的多重遗传区域中获得基本序列。对于某些物种，使用下一个代序列器确定线粒体DNA的总长度，并在创建新底漆以及公共数据库的注册序列时使用参考阵列。这次研究的方法已获得了2700个碱基的基础序列，即2700个基因和核基因之间的2700个基本轨道，其中包括110个个体，不仅包括环形动物，而且还包括其他海边生腐蚀剂。此外，对深seed环动物的一个部门进行了遗传分析，并检查了深度方向的水深分布。对多种类型的部门进行了转录组分析，并且正在分析所获得的基本序列的分析。线粒体DNA总长度的分析结果作为一篇论文发表。