Elucidating effects of inbreeding avoidance on population dynamics using long-term study of a wild population

通过对野生种群的长期研究阐明避免近交对种群动态的影响

基本信息

批准号：
22KJ3107
负责人：
澤田明
金额：
$ 3.08万
依托单位：
National Institute for Environmental Studies
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2023
资助国家：
日本
起止时间：
2023-03-08 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

南大東島で野外調査を実施した。109つがいの巣から、産卵日、卵数、巣立ちヒナ数などの繁殖成績に関わるデータを取得した。新規に約300個体を標識した。波照間島でも野外調査を実施した。個体群全体を対象とした個体数調査と捕獲調査を実施し、新規に約130個体を標識した。繁殖成績に関わるデータとして巣立ち後のヒナのセンサスも実施した。波照間島の個体群の基礎情報として、個体群サイズと性比を推定した結果はOrnithological Science誌21巻2号に掲載された。個体群サイズは155個体と小さく、性比（全体に占めるオスの割合）は63％と大きくオス側に偏っていることが明らかになった。小さな個体群では近親交配が起きやすくなるため、定量的に個体数の情報を得られたことは、波照間島個体群で近親交配の研究を行なう上での重要な基礎となった。沖縄島での野外調査では想定よりも巣箱利用率が低かったり、捕食被害が多かったりしたことで、得られたデータは少なくなった。野外調査の終了後、近交弱勢の原因遺伝子を探るための最も基礎となる全ゲノム情報の取得を行った。南大東島のリュウキュウコノハズク24個体のゲノムDNAを抽出し、それを全ゲノム解析の対象とした。抽出したDNAより作成したゲノムライブラリーをIllumina HiSeq X Tenで解析し、全ゲノム解読を行った。得られたデータでゲノムの新規構築（De novo assembly）を実施した。得られたゲノム情報を、遺伝子領域を予測するプログラムAugustusと、任意の塩基配列を既知の塩基配列と比較するプログラムBLASTにかけることで、リュウキュウコノハズクのゲノム上の遺伝子を予測した。これらの解析により、その後の解析でそれぞれの個体が保有する遺伝子変異を特定するためのレファレンスゲノムを得ることが出来た。

对南大东岛进行了实地调查。从 109 对鸟巢中获得了与繁殖性能相关的数据，例如产蛋日期、产蛋数量和羽翼雏鸟数量。大约 300 名新个体被标记。波照间岛也进行了实地调查。我们针对整个人口进行了人口调查和捕获调查，并对大约 130 个新个体进行了标记。还对离巢后的雏鸡进行了普查，以获得与繁殖性能相关的数据。作为波照间岛种群基本信息的种群规模和性别比的估算结果发表在《鸟类学科学》第 21 卷第 2 期上。种群规模较小，仅有 155 只，性别比（男性占总人口的比例）为 63%，严重偏向男性。由于近亲繁殖更容易发生在小种群中，因此获得个体数量的定量信息成为波照间岛种群近亲繁殖研究的重要基础。在冲绳岛的实地调查中，由于巢箱利用率较低且捕食损失高于预期，因此获得的数据较少。完成实地调查后，我们获得了全基因组信息，这是寻找近交衰退基因的最基本信息。提取南大东岛24只琉球角鸮的基因组DNA并用于全基因组分析。使用 Illumina HiSeq X Ten 分析从提取的 DNA 创建的基因组文库，并对整个基因组进行解码。使用获得的数据进行基因组的从头组装。通过将获得的基因组信息应用到预测基因区域的Augustus程序和将任意碱基序列与已知碱基序列进行比较的程序BLAST，预测了琉球角鸮基因组上的基因。通过这些分析，我们能够获得参考基因组，以便在后续分析中识别每个个体所拥有的基因突变。

项目成果

期刊论文数量（18）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

鳥類共生性ウモウダニの負荷量に関係する宿主形質の探索

寻找与鸟类共生叶螨负荷相关的宿主性状

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
白岩颯;澤田明;中村晴歌;金杉尚紀;熊谷隼;高木昌興
通讯作者：
高木昌興

メスの生存が南大東島のリュウキュウコノハズク個体群の運命を左右する

雌性的生存决定了南大东岛琉球角鸮种群的命运。

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
長坂勇次郎;細島頌子;神取秀樹;井上圭一;八尾寛;小泉咲人，中田敏是，劉浩;澤田明（国環研・学振PD）・岩崎哲也・井上千歳・中岡香奈・中西啄実・澤田純平・麻生成美（大阪市大・理）・永井秀弥・小野遥・高木昌興（北大・理）
通讯作者：
澤田明（国環研・学振PD）・岩崎哲也・井上千歳・中岡香奈・中西啄実・澤田純平・麻生成美（大阪市大・理）・永井秀弥・小野遥・高木昌興（北大・理）

リュウキュウコノハズクのヒナの生死に気象条件は影響するのか

天气条件会影响琉球角鸮雏鸟的生存或死亡吗？

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
金杉尚紀;澤田明;熊谷隼;中村晴歌;白岩颯;高木昌興
通讯作者：
高木昌興

The effect of experience on parental role division in Ryukyu Scops Owl <i>Otus elegans</i>

经验对琉球角鸮<i>Otus elegans</i>亲本角色划分的影响

DOI：
10.2326/osj.21.35
发表时间：
2022
期刊：
ORNITHOLOGICAL SCIENCE
影响因子：
0.6
作者：
Murakami Ryota;Sawada Akira;Ono Haruka;Takagi Masaoki
通讯作者：
Takagi Masaoki

南大東島でリュウキュウコノハズクの巣から得られたクロズマルコガシラハネカクシ

从南大东岛琉球角鸮巢中获得的黑斑鸮

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
Pulex
影响因子：
0
作者：
橋爪拓斗;澤田明;白岩颯;金杉尚紀
通讯作者：
金杉尚紀

DOI：
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通讯作者：
蕪城俊克