琵琶湖陸封アユの生活史多型に関与する遺伝基盤と維持機構の解明

阐明琵琶湖内陆香鱼生活史多态性的遗传基础和维持机制

• 批准号: 22KJ1652
• 负责人: 辻 冴月
• 金额: $ 3.08万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ1652/
• 关键词: 琵琶湖; アユ; 陸封; 回遊多型; 遺伝基盤; リシーケンス

本研究では、両側回遊性を持った海アユが琵琶湖へ進出し、気候変動下で回遊型を多様化させた遺伝基盤、そして時空間的に不均質な湖・河川環境における集団内の回遊多型の維持機構を明らかにすることを目的としている。当該年度は、昨年度と同じく琵琶湖に流入する規模の異なる4河川（大河川：安曇川・天野川、小河川：和邇川・塩津大川）を調査河川として、海アユと同じように春に琵琶湖から遡上してきた春遡河アユ、および夏中を琵琶湖で過ごし秋の産卵期前に遡上してきた秋遡河アユをそれぞれ30尾捕獲した。各河川・各遡上群について、それぞれ12尾の組織DNAを抽出してリシーケンス解析に供し（計96尾）、回遊型の多様化に関与した遺伝基盤について検討を行った。シーケンス解析では、昨年度に自身が確立したNEB Next UltraⅡ FS DNA Library Prep Kit for Illuminaのキットを用いた改良プロトコルを使用し、従来の1/4程度のコストでリシーケンスライブラリを調整することができた。調整したライブラリについて、Hiseq Xによるシーケンスを行ったところ、全個体からゲノムサイズの×7～16のカバレッジで良好なゲノムシーケンスデータを得ることができた。新たに得られたシーケンスデータをリファレンスゲノム上にマッピングし、昨年度取得済みのデータ（96尾ぶん）と合わせて、回遊型間で顕著な頻度差・分化を示す一塩基多型（SNP）をゲノムワイドに探索した。その結果、いくつかのSNPが候補として選択された。

这项研究旨在阐明双边迁徙海洋AYU进入BIWA湖的遗传基础，在气候变化下多样化的迁移类型，以及在时空异构湖泊和河流环境中维持人口中迁移多态性的机制。在这个财政年度，与去年一样，我们捕获了春季上游的30个春季从比瓦湖上游攀登，春季从比阿瓦湖（Lake Biwa）升起，与海洋的相同方式从比亚瓦湖（Lake Biwa）流动，其中30条秋季河流在春天从春天从夏季出发的夏季在夏季从夏季开始流行的秋季河流在夏季的夏季畅通无阻。 季节。对于每条河流和每个上游组，提取了12条鱼的组织DNA并用于重新定制分析（总计96条鱼），并检查了与迁移类型多样化有关的遗传基础。在测序分析中，我们能够使用NEB下一个Ulta Ultra II FS DNA库Prep Kit在我们去年建立的Illumina套件中调整大约四分之一的常规方法的重新方程库。当使用HISEQ X测序调整后的库时，从所有个体中获得了良好的基因组测序数据，其基因组大小为7至16的个体。将新获得的序列数据映射到参考基因组上，并与去年获得的数据一起（96 FISH），我们搜索了单个核苷酸多态性（SNPS）的类型差异，并搜索了范围差异。结果，选择了几个SNP作为候选者。