琵琶湖陸封アユの生活史多型に関与する遺伝基盤と維持機構の解明

阐明琵琶湖内陆香鱼生活史多态性的遗传基础和维持机制

• 批准号: 22KJ1652
• 负责人: 辻 冴月
• 金额: $ 3.08万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ1652/
• 关键词: 琵琶湖; アユ; 陸封; 回遊多型; 遺伝基盤; リシーケンス

本研究では、両側回遊性を持った海アユが琵琶湖へ進出し、気候変動下で回遊型を多様化させた遺伝基盤、そして時空間的に不均質な湖・河川環境における集団内の回遊多型の維持機構を明らかにすることを目的としている。当該年度は、昨年度と同じく琵琶湖に流入する規模の異なる4河川（大河川：安曇川・天野川、小河川：和邇川・塩津大川）を調査河川として、海アユと同じように春に琵琶湖から遡上してきた春遡河アユ、および夏中を琵琶湖で過ごし秋の産卵期前に遡上してきた秋遡河アユをそれぞれ30尾捕獲した。各河川・各遡上群について、それぞれ12尾の組織DNAを抽出してリシーケンス解析に供し（計96尾）、回遊型の多様化に関与した遺伝基盤について検討を行った。シーケンス解析では、昨年度に自身が確立したNEB Next UltraⅡ FS DNA Library Prep Kit for Illuminaのキットを用いた改良プロトコルを使用し、従来の1/4程度のコストでリシーケンスライブラリを調整することができた。調整したライブラリについて、Hiseq Xによるシーケンスを行ったところ、全個体からゲノムサイズの×7～16のカバレッジで良好なゲノムシーケンスデータを得ることができた。新たに得られたシーケンスデータをリファレンスゲノム上にマッピングし、昨年度取得済みのデータ（96尾ぶん）と合わせて、回遊型間で顕著な頻度差・分化を示す一塩基多型（SNP）をゲノムワイドに探索した。その結果、いくつかのSNPが候補として選択された。

在本研究中，我们研究了双向洄游海香鱼向琵琶湖扩张的遗传基础、气候变化下迁徙类型的多样化以及时空异质湖泊和河流环境中种群内的迁徙程度。模具的维护机制。本年度与上年一样，对流入琵琶湖的4条大小河流（主要河流：安住川、天野川，小河流：鳄川、盐津大川）进行了调查，并对从琵琶湖流入的河流进行了调查。春天的琵琶湖与海香鱼一样，我们捕获了向上游洄游的春游香鱼和在琵琶湖度过夏季并在秋季之前向上游迁徙的秋游香鱼各30条。产卵季节。从每条河流和每个洄游群体的12条鱼中提取组织DNA并进行重测序分析（总共96条鱼），并研究了洄游模式多样化的遗传基础。对于序列分析，他使用了去年建立的用于Illumina的NEB Next UltraⅡ FS DNA文库制备试剂盒的改进方案，并且能够以传统成本的约1/4制备重测序文库。当我们使用 Hiseq X 对准备好的文库进行测序时，我们能够从所有个体获得良好的基因组序列数据，覆盖范围为基因组大小的 7 至 16 倍。新获得的序列数据被映射到参考基因组上，并结合去年获得的数据（96条鱼），将显示显着频率差异和迁徙类型之间差异的单核苷酸多态性（SNP）映射到我广泛搜索的基因组上。 。结果，几个 SNP 被选为候选者。