石灰化スコア分類に基づく頚動脈粥腫安定化機構解明のためのオミックス解析の展開

基于钙化评分分类的组学分析的发展以阐明颈动脉粥样硬化的稳定机制

基本信息

批准号：
18K08977
负责人：
片野広之
金额：
$ 2.83万
依托单位：
Nagoya City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2018
资助国家：
日本
起止时间：
2018-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

平成30年度に高石灰化頚動脈粥腫において、血管新生および石灰化に関与する遺伝子の一塩基多型の差異を明らかにした。これを踏まえて、さらに高石灰化頚動脈粥腫の遺伝子修飾の特徴を探るため、令和元年度および2,3年度は、頚動脈内膜剥離術にて摘出した8粥腫についてカルシウムスコアをもとに高・低石灰化2群(3:5)に分け、ゲノムDNAを抽出後、Bisulfate変換し、増幅、断片化、精製し再懸濁後、Infinium MethylationEPIC BeadChipアレイにapplyしhybridizationを行った。標的ヌクレオチドを取り込ませ蛍光色素標識抗体を用いて染色後、Illumina iScanを用いて蛍光イメージを取得しGenomeStudio/Methylation Moduleを用いてデータマイニング解析を行った。RefSeqアノテーション情報を用い、全プローブ、プロモータ領域、CpG Island領域について、高・低石灰化群間でDNAメチル化頻度が有意差を示すデータを抽出した。プローブをBMIQで正規化し、p<0.05でフィルタリングを行いプローブを抽出した。プロモータ領域にてメチル化異常を示した667遺伝子のうち、低メチル化が94.5%を占めた。主成分分析で高石灰化群は低石灰化群と分画され、高石灰化群において13遺伝子で|log2ratio|>1.0 のメチル化差異を認めた。promoter領域で検出された遺伝子と、各ゲノム領域ごとに検出された遺伝子を比較すると、CGRP受容体として血管拡張、平滑筋細胞増殖抑制などに関与し、抗動脈硬化作用および石灰化作用のあるRAMP1の低メチル化が、promoterと組織特異的なCpG island shore領域で共通して抽出された。

2018财年，我们阐明了高度钙化的颈动脉粥样斑块中与血管生成和钙化相关的基因的单核苷酸多态性差异。基于此，为了进一步探讨高度钙化颈动脉粥样硬化的基因修饰特征，我们于2019年和2019年以及2019年和2019年对8例颈动脉内膜切除术切除的动脉粥样硬化斑块进行了基于钙评分的研究。 DNA、硫酸氢盐转化、扩增、片段化、纯化和重悬、Infinium MmethylationEPIC将其应用于 BeadChip 阵列并进行杂交。掺入目标核苷酸并用荧光染料标记的抗体染色后，使用 Illumina iScan 获得荧光图像，并使用 GenomeStudio/甲基化模块进行数据挖掘分析。使用 RefSeq 注释信息，我们提取的数据显示所有探针、启动子区域和 CpG 岛区域的高矿化组和低矿化组之间 DNA 甲基化频率存在显着差异。探针用 BIQ 标准化并以 p<0.05 过滤以提取探针。在启动子区域表现出异常甲基化的667个基因中，94.5%是低甲基化的。主成分分析将高矿化组与低矿化组分开，高矿化组中有13个基因甲基化差异|log2ratio|>1.0。将启动子区域检测到的基因与每个基因组区域检测到的基因进行比较，RAMP1作为CGRP受体参与血管舒张和平滑肌细胞生长抑制，具有抗动脉硬化和钙化作用，在启动子和区域中普遍检测到低甲基化。组织特异性 CpG 岛岸区域。