石灰化スコア分類に基づく頚動脈粥腫安定化機構解明のためのオミックス解析の展開

基于钙化评分分类的组学分析的发展以阐明颈动脉粥样硬化的稳定机制

基本信息

批准号：
18K08977
负责人：
片野広之
金额：
$ 2.83万
依托单位：
Nagoya City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2018
资助国家：
日本
起止时间：
2018-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

平成30年度に高石灰化頚動脈粥腫において、血管新生および石灰化に関与する遺伝子の一塩基多型の差異を明らかにした。これを踏まえて、さらに高石灰化頚動脈粥腫の遺伝子修飾の特徴を探るため、令和元年度および2,3年度は、頚動脈内膜剥離術にて摘出した8粥腫についてカルシウムスコアをもとに高・低石灰化2群(3:5)に分け、ゲノムDNAを抽出後、Bisulfate変換し、増幅、断片化、精製し再懸濁後、Infinium MethylationEPIC BeadChipアレイにapplyしhybridizationを行った。標的ヌクレオチドを取り込ませ蛍光色素標識抗体を用いて染色後、Illumina iScanを用いて蛍光イメージを取得しGenomeStudio/Methylation Moduleを用いてデータマイニング解析を行った。RefSeqアノテーション情報を用い、全プローブ、プロモータ領域、CpG Island領域について、高・低石灰化群間でDNAメチル化頻度が有意差を示すデータを抽出した。プローブをBMIQで正規化し、p<0.05でフィルタリングを行いプローブを抽出した。プロモータ領域にてメチル化異常を示した667遺伝子のうち、低メチル化が94.5%を占めた。主成分分析で高石灰化群は低石灰化群と分画され、高石灰化群において13遺伝子で|log2ratio|>1.0 のメチル化差異を認めた。promoter領域で検出された遺伝子と、各ゲノム領域ごとに検出された遺伝子を比較すると、CGRP受容体として血管拡張、平滑筋細胞増殖抑制などに関与し、抗動脈硬化作用および石灰化作用のあるRAMP1の低メチル化が、promoterと組織特異的なCpG island shore領域で共通して抽出された。

在2018年，在高度钙化的颈动脉动脉粥样硬化中揭示了参与血管生成和钙化的基因中的单核苷酸多态性的差异。 Based on this, in order to further explore the characteristics of genetic modifications of highly calcified carotid arterial atheroma, in 2019 and 2019, 8 theromas removed by carotid endarteral detachment were divided into two groups (3:5) based on calcium scores, and genomic DNA was extracted by Bisulfate conversion, amplification, fragmentation, purification, resuspension, and applied to an Infinium甲基化史诗般的珠芯片阵列与杂交。在将靶核苷酸掺入并用荧光染料标记的抗体染色后，使用Illumina Iscan获得了荧光图像，并使用基因组工作室/甲基化模块进行了数据挖掘分析。使用REFSEQ注释信息，提取了所有探针，启动子区域和CPG岛区域的高钙化组之间DNA甲基化频率显着差异的数据。将探针用BMIQ归一化，并在p <0.05中过滤以提取探针。在启动子区域表现出甲基化异常的667个基因中，低甲基化占94.5％。在主成分分析中，将高度钙化的组分级为钙化较少，并且在高度钙化组的高度钙化组中观察到| log2ratio |> 1.0的甲基化差异。当比较在启动子区域中检测到的基因与每个基因组区域检测到的基因时，在启动子和组织特异性的CPG岛海岸区域中通常提取了参与血管舒张和平滑肌细胞增殖抑制为CGRP受体的RAMP1的低甲基化。