Assessment of metal impacts on aquatic insects using environmental DNA by developing a database of highly reliable DNA references.

通过开发高度可靠的 DNA 参考数据库，利用环境 DNA 评估金属对水生昆虫的影响。

基本信息

批准号：
21H03624
负责人：
今藤夏子
金额：
$ 10.73万
依托单位：
National Institute for Environmental Studies
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本年度は、水生昆虫の参照DNA塩基配列の収集と、前年度に調査を実施した廃鉱山下流のコドラート調査結果の解析、環境DNAによる多様性解析を中心に研究を進めた。水生昆虫標本の収集を主に東日本において進め、引き続き形態同定と、昆虫において標準的なDNAバーコード配列であるミトコンドリアCOIの塩基配列解析を行った。また、本年度は新たにミトコンドリア16S rRNA領域の配列取得も開始した。本年度得た標本のほか、前年度までにCOIを解析した標本についても対象とした。この16S rRNA領域については、2022年度に新たに発表されたユニバーサルプライマーが多様性検出に有効であることが報告されつつあり、データベースの拡充が期待されている。種名が確定した配列については、国際塩基配列データベースに登録し、塩基配列を公開予定である。また、隠ぺい種など分類学上の整理が必要な種については、形態と塩基配列による検討を進めた。コドラート調査で得られた底生動物の種数や個体数は、廃止鉱山下流では参照地点に比べて顕著に減少していた。また、コドラート調査と同じ地点において得られた環境DNA解析も進めた。リファレンス地点1箇所を含む5箇所の調査地点について、新たにCOIの2種類、16S rRNAの1種類、合計３種類のプライマーセットによる解析を進めた。2種類のCOIプライマーセットについて、得られた塩基配列は、既存国際データベースに基づく相同性検索により生物分類名を同定した。検出された水生昆虫の多様性の比較を行ったところ、両プライマーセットで概ね同様の結果が得られた。今後、本研究で得られたリファレンス配列に基づくデータベースを用いることで、同定精度の向上が見られるかについて検証する。コドラート調査と環境DNAで得られる多様性の比較、COI領域と16S領域における検出多様性の比較も引き続き進める。

今年，我们专注于收集水生昆虫的参考DNA碱基序列，分析废弃矿山下游的Codrat调查结果以及使用环境DNA的多样性分析。水生昆虫的标本主要在日本东部收集，其次是形态学鉴定和分析线粒体COI，线粒体COI是昆虫中标准的DNA条形码序列。此外，我们已经开始对今年的线粒体16S rRNA区域进行新的序列采集。除了今年获得的样品外，还包括了前一年的COI的样品。关于这个16S rRNA地区，据报道，2022年新宣布的通用底漆可有效地检测多样性，并且可以预计数据库将扩大。确认的物种名称的序列将在国际基础序列数据库中注册，并将发布基础序列。此外，根据其形态和碱基序列检查了需要用分类学术语（例如隐藏物种）进行排列的物种。与参考点相比，从Codrat调查中获得的底栖物种和种群的数量显着减少了废弃矿山的下游。我们还进行了与Codrat调查相同位置获得的环境DNA分析。我们使用总共三个引物集（包括两种类型的COI和一种16S rRNA）对五个调查站点进行了分析，包括一个参考点。对于两种类型的COI底漆集，通过基于现有国际数据库的同源搜索来识别获得的基本序列。检测到的水生昆虫多样性的比较在这两个底漆组中通常显示出相似的结果。将来，我们将检查基于本研究中获得的参考顺序的数据库是否可以在识别精度上提高。我们将继续进行CODRATO调查和通过环境DNA获得的多样性的比较，以及COI和16S区域中检测到的多样性的比较。

项目成果

期刊论文数量（13）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

環境DNAによる昆虫多様性検出とデータベースの重要性

利用环境 DNA 检测昆虫多样性以及数据库的重要性

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Oguri Hidetoshi;Nakashima Kazunori;Godigamuwa Kasun;Okamoto Junnosuke;Takeda Yudai;Okazaki Fumiyoshi;Sakono Masafumi;Kawasaki Satoru;渡辺幸一，楊柳，姫玖玖，中村賢，大谷拓也，森絢三朗;今藤夏子
通讯作者：
今藤夏子

水生昆虫のDNAバーコード収集と公開、環境DNA解析への応用

水生昆虫DNA条形码的收集与出版及其在环境DNA分析中的应用

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
Jamhari Anas Ahmad;Latif Mohd Talib;Wahab Muhammad Ikram A.;Hassan Hanashriah;Othman Murnira;Abd Hamid Haris Hafizal;Tekasakul Perapong;Phairuang Worradorn;Hata Mitsuhiko;Furuchi Masami;Rajab Nor Fadilah;渡辺幸一，楊柳，中村賢，大谷卓也，長村遥，増田竜之;今藤夏子;羽野健志，伊藤克敏，伊藤真奈，高島景，宗宮麗，高井優生，大嶋雄治，大久保信幸;今藤夏子
通讯作者：
今藤夏子

国立環境研究所における環境ゲノム科学研究推進事業の紹介

国立环境研究所环境基因组科学研究推进项目介绍