Have East native cattle received genetic introgression from wild cattle? -evaluation of the genetic structure and propagation route-

东方本土牛是否接受过野生牛的基因渗入？

基本信息

批准号：
21H02343
负责人：
万年英之
金额：
$ 11.15万
依托单位：
Kobe University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本課題では、ユーラシア大陸を網羅する北方系家畜ウシ集団に対し、遺伝様式が異なるmtDNA解析、高密度SNPアレイ解析、全ゲノムリシーケンスなどによるビックデータを用いた網羅的な遺伝構造解析を実施し、その遺伝子流入、遺伝構造、起源、伝播経路などを包括的に明らかにする。その成果を通して、東アジア家畜ウシの遺伝資源保護・開発につなげ、次世代畜産分野に対する学術的知見および基礎情報を得ることを目的とする。家畜ウシのハプログループT4は東アジア地域で特異的に観察され、特に和牛品種ではこのハプログループT4が他の東アジア地域に比べ、高頻度で観察されている。ミトゲノム解析の結果、ハプログループT4はサブハプログループT3aから分岐したものであることが明らかとなった。分岐年代推定や地域頻度を検討した結果、ハプログループT4とサブハプログループT3cの成立過程は異なっていることが示唆さ、これらハプログループは家畜化される以前である野生種のオーロックスの段階で生息域による地域分化が生じたことによって成立したことが示唆された。ユーラシア大陸12集団390頭のウシに対し50K SNPアレイによる25,831SNPのジェノタイピングデータを用いた8種類の解析を実施し、各品種の遺伝構造、品種間の系統関係や遺伝的流入、およびゲノムワイドな選択領域の推定を行った。その結果、和牛4品種5集団において明確な遺伝的乖離が見られ、それぞれが異なる遺伝構造を有していることが明らかとなった。黒毛和種と韓牛は共に朝鮮半島由来の遺伝構造を有している可能性が高く、黒毛和種では日本在来牛による遺伝的影響が現在まで比較的強く残っていると考えられた。

在这个项目中，我们利用不同遗传模式的mtDNA分析、高密度SNP阵列分析、全基因组重测序等大数据，对覆盖欧亚大陆的北方家牛群体进行了全面的遗传结构分析，全面阐明其基因。流向、遗传结构、起源、传播途径等。通过研究成果，旨在为东亚家牛遗传资源的保护和开发做出贡献，并为下一代畜牧业获取学术知识和基础信息。东亚地区特别观察到家牛中的单倍群 T4，特别是与其他东亚地区相比，在和牛品种中更频繁地观察到单倍群 T4。线粒体基因组分析显示单倍群 T4 与亚单倍群 T3a 不同。通过估计分歧日期并考虑区域频率，表明单倍群T4和亚单倍群T3c的形成过程不同，并且这些单倍群是在驯化前的野生野牛阶段形成的。由于栖息地的区域差异而建立。利用 50K SNP 阵列对欧亚大陆 12 个种群的 390 头牛的 25,831 个 SNP 的基因分型数据进行了 8 种分析，对每个品种的遗传结构、谱系关系和品种间的遗传流入以及全基因组分析进行了分析。我们估计了选定的区域。结果，在四个和牛品种的五个群体之间观察到明显的遗传差异，并且很明显每个品种都有不同的遗传结构。日本黑牛和韩国牛很可能都具有源自朝鲜半岛的遗传结构，并且人们认为日本黑牛至今仍受到日本本土牛的相对较强的遗传影响。