次世代シークエンサーを用いた鼻腔内混合感染の実態調査および重症化リスクの検証

使用新一代测序仪调查混合鼻感染的实际情况并验证加重的风险

基本信息

批准号：
20K17196
负责人：
大野歩
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Okayama University (2021)Tokai University (2020)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2022-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

鼻腔は多くの呼吸器感染症の原因となる各種病原微生物が侵入・定着する場所である。そのことから、呼吸器感染症の予防および治療には鼻腔の細菌叢を効果的に制御することが重要であることがすでに報告されている。本研究では、2017年に開発された感染症診断用のポータブル型ゲノム解析システムを基盤とし、ナノポアDNAシークエンサーによる鼻腔内の細菌叢および呼吸器ウイルスを網羅的に検出可能な技術の開発を目的の一つとして挙げている。2021年度では課題2として設定した「呼吸器ウイルスの検出技術の確立」について、3種のRNAウイルス(RSウイルス、ライノウイルス、パラインフルエンザウイルス)を購入し、検討した。ゲノム抽出法および次世代シークエンサー解析用のライブラリ調製方法の検討の結果、網羅的に検出可能であることが示唆された。また検出効率の低いウイルスの存在が懸念されるものの、サンプル中のウイルスゲノムが少量であっても、PCR増幅せずに検出可能な方法であることが期待された。このことから、見出した方法を用いて呼吸器感染症患者から採取された鼻腔ぬぐい液18例からの細菌およびウイルスの検出を試みた。その結果、細菌検出では慢性副鼻腔炎との関連が報告されているPeptoniphilus lacydonensisが検出し、本研究の症例との関連性を検討している。また、ウイルス検出では、多数のウイルスが検出されたものの、残念ながら本研究の症例との関連性が疑われるウイルスは検出されなかった。今後は症例数を増やし検討を進める予定である。

鼻腔是在各种致病性微生物引起许多呼吸道感染的地方入侵和建立的地方。据报道，在预防和治疗呼吸道感染中有效控制鼻腔很重要。在这项研究中，其目的是根据2017年开发的便携式基因组分析系统，可以在纳米孔DNA Sequencer中全面检测到可以在鼻腔和呼吸道病毒中全面检测到的技术。它被列为一种。在2021财年，我们购买并检查了三种类型的RNA病毒（RS病毒，鼻病毒，parinefuls insovirus），这是一个问题2。研究基因组提取方法和下一个代序列分析的文库制备方法的研究表明，它可以全面检测到。尽管人们担心存在低检测效率的病毒，但预计即使样品中的病毒恢复也很小，也可以在没有PCR扩增的情况下检测到它。因此，我们尝试使用发现的方法从呼吸道感染患者收集的18个鼻腔湿液中检测细菌和病毒。结果，已检测到与细菌检测中的慢性鼻窦炎有关的peptoniphilus lacydonensis被检测到，并正在研究与这项研究的情况。此外，尽管检测到许多病毒，但该病毒检测未检测到与本研究中发现与病例相关的病毒。将来，将增加案件的数量，并将促进检查。