都市緑地の植生を環境DNAメタバーコーディング法で把握するための基礎的研究

利用环境 DNA 元条形码方法了解城市绿地植被的基础研究

基本信息

批准号：
21K05657
负责人：
中山祐一郎
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Osaka Metropolitan University (2022)Osaka Prefecture University (2021)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

1）雑草DNAデータベースの構築のためのⅰ）登録種数の充実として、コウキヤガラとウキヤガラ（雑種を含む）、サヤヌカグサとエゾノサヤヌカグサ（雑種を含む）のtrnLイントロン領域を解読したところ、既存のバーコード領域では雑種個体を検出できないことが明らかとなった。これは、雑種化しそうな2種が同所的に存在するときにはDNAバーコーディングが誤同定を招くことを示しており、都市緑地に自生する雑草種においても同様の問題が存在すると考えられた。今後、ⅱ）同定精度の向上として、雑種化しそうな種のリスト化を進める必要がある。また、雑草DNAデータを充実させるために環境の異なる都市緑地を選定する目的で、大阪市御堂筋や三田市ニュータウン、大阪市大和川河川空間をフィールドとして景観構成要素を調査した。2）雑草DNAメタバーコーディング法の実験プロトコルの確立として、まず手法が確立されている水試料を用いて同定精度を確認した。田面水のrbcL領域を調査したところ、スギのように用水に含まれる環境DNAも検出する一方で、イネ、コウキヤガラ、コナギなど水田に生育する草種も検出できていた。都市緑地に自生する雑草種の調査では、土壌を試料とする方法を確立するための前段階として、土壌試料に滅菌水を加えて得られる水試料を分析に供することを検討する。

1）为了增加杂草DNA数据库建设的登记物种数量，我们对Koukitata和Ukiyagata（包括杂种）以及Prunus japonicum和Ezonosayanukagusa（包括杂种）的trnL内含子区域进行了解码，发现现有的条形码区域很明显，无法检测到杂交个体。这表明，当两个可能杂交的物种共存时，DNA条形码可能会导致错误识别，并且认为城市绿地中自然生长的杂草物种也存在类似的问题。未来，ii）有必要建立一个可能成为杂交种的物种清单，以提高识别准确性。此外，为了选择不同环境的城市绿地来丰富杂草DNA数据，我们对大阪市御堂筋、三田市新城以及大阪市大和河河空间的景观成分进行了调查。 2）为了建立杂草DNA宏条形码方法的实验方案，我们首先使用已建立该方法的水样确认了识别准确性。当我们调查稻田水的 rbcL 区域时，我们检测到了水中含有的环境 DNA，例如日本柳杉，以及生长在稻田中的草类，例如水稻、日本扁柏和日本橡树。在调查城市绿地中自然生长的杂草种类时，作为建立以土壤为样品的方法的初步步骤，我们会考虑使用通过向土壤样品中添加无菌水而获得的水样进行分析。