Study for pathogenesis and high resolution diagnosis of Shiga toxin-producing Escherichia coli infection by metagenomic analyses

通过宏基因组分析研究产志贺毒素大肠杆菌感染的发病机制和高分辨率诊断

• 批准号: 21K07017
• 负责人: 李 謙一
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: National Institute of Infectious Diseases
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07017/
• 关键词: 腸管出血性大腸菌; メタゲノム; 溶血性尿毒症症候群; メタゲノム解析

よびメタゲノム解析を行った。重症例１事例および、集団感染3事例（24検体）の便サンプルを入手し解析を行った。すなわち、DNA抽出はQIAamp PowerFecal Pro DNA Kit（QIAGEN）を用いて行った。ショットガンメタゲノム解析には、QIAseq FX DNA Library Kit（QIAGEN）を用いてライブラリーを作製した。以上のライブラリーを、ショットガンメタゲノム解析ではHiSeqXを用いて塩基配列を解読した。得られたデータからkraken2などを用いて、属レベルで細菌の出現頻度を算出した。また、有症例起因株特異的なリードを検出するプログラムを構築した。同プログラムを一部の集団感染事例サンプルで用いたところ、サンプル中に存在する大腸菌の大部分が有症例起因株であることを示唆する結果を得た。

和宏基因组分析。采集并分析了1例重症病例和3例群体性感染病例的粪便样本（24份标本）。即，使用QIAamp PowerFecal Pro DNA Kit(QIAGEN)进行DNA提取。对于鸟枪法宏基因组分析，使用 QIAseq FX DNA Library Kit (QIAGEN) 创建了一个文库。上述文库的碱基序列在鸟枪法宏基因组分析中使用 HiSeqX 进行解码。根据获得的数据，我们使用 kraken2 和其他软件计算了属水平上细菌出现的频率。我们还构建了一个程序来检测特定病例的特定菌株读取。当该程序用于一些爆发病例的样本时，获得的结果表明样本中存在的大多数大肠杆菌是造成病例的菌株。