Ultradeep Genom- und Transkriptomanalyse bei Raps (Brassica napus) mittels Next-Generation-Sequenzierungsverfahren

使用下一代测序方法对油菜（Brassica napus）进行超深基因组和转录组分析

• 批准号: 116059498
• 负责人: Professor Dr. Rod Snowdon
• 金额: --
• 依托单位: Lehrstuhl für Pflanzenzüchtung
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2008-12-31 至 2012-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/116059498?language=en
• 关键词: Ultradeep; Genom; und; Transkriptomanalyse; bei

Die neuen Next-Generation Hochdurchsatz-Sequenzierungs-Technologien eignen sich neben der hocheffizienten Genomsquenzierung auch für die Etablierung neuer sequenzbasierter Markertechnologien sowie für umfassende Transkriptom-Analysen. Hauptziel dieses Vorhabens ist es, mit Hilfe von Ultradeep-Sequenzierungstechniken eine Plattform zur Integration von genetischen und physikalischen Karten mit umfangreichen Genexpressionsdaten in Raps (Brassica napus) zu etablieren. Mit der Massensequenzierung von AFLP-Marker-Fragmenten soll zum ersten Mal eine dichte SNP-Karte für Raps erstellt werden, die über Sequenzannotation an die physikalischen Brassica und Arabidopsis-Karten angeknüpft werden kann. Durch eine umfassende Studie der Genexpression mittels ultratiefem Expressionsprofiling wird parallel zur genetischen Kartierung auch eine Expressionskarte der Samenentwicklung erstellt, die über Sequenzverknüpfung via Arabidopsis an die B. napus-SNP-Karte gekoppelt wird. Dabei soll eine umfangreiche Datenbankressource geschaffen werden, mit der die effiziente Identifizierung von wirtschaftlich bedeutenden Genen für wichtige Sameninhaltsstoffe ermöglicht wird. Durch das ultratiefe Expressionsprofiling mittels quantitativer Illumina-GA EST-Tag-Sequenzierung soll auch differentielle Expression von entscheidenden Transkriptionsfaktoren erfasst werden, die bei Microarray-Analysen wegen deren niedrigen Expressionsniveau oft übersehen werden. Für die Integration der Daten aus den SNP- und Expressions-Karten mit vorhandenen physikalischen Karten soll eine bioinformatische Plattform auf der Basis einer relationalen Datenbank entwickelt werden. Das große Set von AFLP-SNP-Markern sowie umfangreiche EST-SNPs, die wir während der ultratiefen Expressionsanalyse detektieren, werden einer internationalen Initiative zur Erstellung eines öffentlich verfügbaren B. napus SNP-Arrays zur Verfügung gestellt. Somit wird das Vorhaben einen bedeutenden Beitrag zur internationalen Brassica-Forschung leisten.

新的下一代高级测序技术是用于进行 Transkriptom-Analysen 分析的标记技术的高级基因测序。 AFLP-Marker-Fragmenten 的大规模测序Raps erstellt werden，die uber Sequenzannotation 和 die Phykalischen Brassica 和拟南芥-Karten angeknüpft werden kann。通过拟南芥和甘蓝型油菜-SNP-Karte gekoppelt 进行超级测序。埃尔莫利希特线。 SNP 和表达式数据与物理数据的集成是数据银行基础关系的生物信息平台。表达分析技术是一项国际倡议，旨在促进甘蓝型油菜 SNP 阵列的实施。