基于图像和分子信息的胃黏膜上皮内瘤变无创量化分级与检测研究

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    61872405
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    63.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    F0213.生物信息计算与数字健康
  • 结题年份:
    2022
  • 批准年份:
    2018
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2019-01-01 至2022-12-31

项目摘要

The 5 year survival rate of early gastric cancer is much higher than that of advanced gastric cancer. Intraepithelial neoplasia of gastric mucosais is recognized as the most direct precancerous lesion of gastric cancer. Its early detection and grading can improve the detection rate of early gastric cancer. Endoscopy is a routine method for detecting this lesion. However, it is difficult for physicians to classify the severity of intraepithelial neoplasia by endoscopy. It is easy to lead to the missed diagnosis of this lesion in subsequent biopsies. In addition, the accuracy of endoscopic diagnosis is influenced by the physician's subjectivity, experience and visual cognitive ability. The extent of the patient's willingness to be diagnosed with endoscopy is low. On the basis of previous work, this research aims to solve the quantitative grading of intraepithelial neoplasia with endoscopic diagnosis and constructs a accurate in vitro intelligent detection model for intraepithelial neoplasia, using the technologies of medical image processing, microarray, bioinformatics and deep learning, etc. The research contents include: endoscopic image-based intraepithelial neoplasia detection and 3D reconstruction of pathological mucosa; quantitative grading of intraepithelial neoplasia based on 3D image feature extraction; screening and functional study of exocrine derived microRNA markers associated with high-level intraepithelial neoplasia; construction of high level intraepithelial neoplasia detection model based on combinatorial molecular markers. The study results will provide new ideas and new methods to increase accuracy of detecting this disease and are helpful to understand its progression mechanism. Therefore, it has a very important scientific significance.
早期胃癌的5年生存率远远高于晚期胃癌。胃黏膜上皮内瘤变是被公认的胃癌最为直接的癌前病变,尽早发现和明确分级可以提高早期胃癌的检出率。内镜是诊断该病变的常规手段。然而,医师难以用内镜对上皮内瘤变严重程度分级,容易导致后续组织活检漏诊。内镜诊断准确率受到医师主观性、经验和视觉认知能力的影响,且患者接受程度低。本研究将在前期工作基础上,拟采用医学图像处理、微阵列、生物信息学和深度学习等技术,解决上皮内瘤变在内镜诊断环节的量化分级问题,建立一种准确的上皮内瘤变体外智能检测模型。研究内容包括:基于内镜图像的上皮内瘤变检测与病变黏膜3D重构;基于3D图像特征提取的上皮内瘤变量化分级;高级别上皮内瘤变相关的外泌体源性microRNA标志物筛选及功能研究;基于组合分子标志物的高级别上皮内瘤变检测模型构建。研究成果将为提高该病变检测准确度提供新思路和新方法,将有助于认识其进展机制,具有十分重要的科学意义。

结项摘要

早期胃癌的5年生存率远远高于晚期胃癌,但其临床诊断准确率受到医师主观因素的影响较大,容易发生漏诊和误诊。因此,本项目的研究目标是要采用医学图像处理、微阵列、生物信息学和深度学习等多学科技术,解决从癌前病变到早期胃癌在内镜诊断环节的量化分级问题,建立一种准确的胃部高级别上皮内瘤变和早期胃癌体外智能检测模型。. 围绕着本项目的研究目标,研究团队将全部研究任务分解为4项研究内容,已经完成(i)提出了3种基于内镜图像的上消化道肿瘤检测与分割方法;(ii)建立了2种基于内镜图像特征提取的上消化道病变量化分级方法;(iii)从非编码RNA协同互作和竞争网络与模块的不同角度,开展了恶性肿瘤相关的非编码RNA标志物筛选及协同调控模式研究;(iv)建立了2种基于分子标志物的胃部肿瘤检测与预后风险预测模型。此外,本研究团队还将研究对象从早期胃癌/癌前病变拓展到早期食管癌和肠癌,也将研究拓展到了肿瘤心脏病学这一新兴领域,为后期开展消化道肿瘤治疗过程中心脏毒素研究奠定了坚实基础。. 本项目取得的研究成果为提高消化道早期癌症诊断准确率提供了新思路和新方法,对消化道早癌发生与发展机制提供了新的理解与认识,很好地达到了研究目标,具有十分重要的科学意义和实际临床应用前景。. 本项目支持14篇SCI论文发表和8项中国发明专利被授权(其中1项专利转化),培养4名博士后出站、7名博士生获得博士学位和6名硕士生获得硕士学位,支持2项硕士生参与的本项目研究成果分别获得第六、七届全国大学生生物医学工程创新设计竞赛一等奖和三等奖,本项目主研甘涛从副主任医师成长为主任医师。

项目成果

期刊论文数量(14)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(6)
专利数量(8)
Gastrointestinal Disease Classification in Endoscopic Images Using Attention-Guided Convolutional Neural Networks
使用注意力引导卷积神经网络进行内窥镜图像中的胃肠道疾病分类
  • DOI:
    10.3390/app112311136
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    Applied Sciences-basel
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Zenebe Markos Lonseko;Prince Ebenezer Adjei;Wenju Du;Chengsi Luo;Dingcan Hu;Linlin Zhu;Tao Gan;Nini Rao
  • 通讯作者:
    Nini Rao
Exploring cellspecifc miRNA regulation with singlecell miRNAmRNA cosequencing data
利用单细胞 miRNAmRNA 共测序数据探索细胞特异性 miRNA 调控
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    BMC Bioinformatics
  • 影响因子:
    3
  • 作者:
    Junpeng Zhang;Lin Liu;Taosheng Xu;Wu Zhang;Chunwen Zhao;Sijing Li;Jiuyong Li;Nini Rao;Thuc Duy Le
  • 通讯作者:
    Thuc Duy Le
LMSM: A modular approach for identifying lncRNA related miRNA sponge modules in breast cancer
LMSM:一种用于识别乳腺癌中 lncRNA 相关 miRNA 海绵模块的模块化方法
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2020
  • 期刊:
    Plos Computational Biology
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Junpeng Zhang;Taosheng Xu;Lin Liu;Wu Zhang;Chunwen Zhao;Sijing Li;Jiuyong Li;Nini Rao;Thuc Duy Le
  • 通讯作者:
    Thuc Duy Le
Improving the classification performance of esophageal disease on small dataset by semi-supervised efficient constrastive learning
通过半监督高效对比学习提高小数据集上食管疾病的分类性能
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
    Journal of Medical Systems
  • 影响因子:
    5.3
  • 作者:
    Wenju Du;Nini Rao;Jiahao Yong;Yingchun Wang;Dingcan Hu;Tao Gan;Linlin Zhu;Bing Zeng
  • 通讯作者:
    Bing Zeng
miRSM: An R package to infer and analyze miRNA spone modules in heterogeneous data
miRSM:用于推断和分析异构数据中 miRNA spone 模块的 R 包
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    RNA Biology
  • 影响因子:
    4.1
  • 作者:
    Junpeng Zhang;Lin Liu;Taosheng Xu;Wu Zhang;Chunwen Zhao;Sijing Li;Jiuyong Li;Nini Rao;Thuc Duy Le
  • 通讯作者:
    Thuc Duy Le

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其他文献

应用谱减法和均方协预测误差算法提取房颤信号
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  • 通讯作者:
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    --
  • 发表时间:
    2014
  • 期刊:
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  • 影响因子:
    --
  • 作者:
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  • 通讯作者:
    饶妮妮
基于非平稳特征从单导联ECG中提取房颤信号
  • DOI:
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  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
    生物医学工程学杂志
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    刘广雄;饶妮妮;王刚;王云鹤;梁大松;尹立雪;陈序
  • 通讯作者:
    陈序
心电信号多形态T波检测方法研究
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
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  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    王云鹤;钱梦瑶;刘定宇;饶妮妮
  • 通讯作者:
    饶妮妮
基于像素间相关性的医学MRI图像无损压缩方法
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
    航天医学与医学工程
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    饶妮妮;杜晓川;徐国公;田峰
  • 通讯作者:
    田峰

其他文献

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饶妮妮的其他基金

基于多模态特征对新辅助化疗中胃癌患者心血管功能改变及疗效的动态评估
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相似国自然基金

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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