基于通用CPU SIMD指令集的基因序列联配高性能算法研究

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    60372040
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    7.0万
  • 负责人：
    冯圣中
  • 依托单位：
    中国科学院计算技术研究所
  • 学科分类：
    F0113.信息获取与处理
  • 结题年份：
    2004
  • 批准年份：
    2003
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2004-01-01 至2004-12-31

项目摘要

本项目将以面向SIMD的启示性优化算法为主要研究内容。以动态规划算法思想改造启示性算法，提高其敏感性；同时面向SIMD指令集，优化算法，减少条件转移、规整循环体结构，大幅提高计算速度。进一步，在广泛考察和深入分析生物信息处理算法基础上，提炼出生物信息处理基本算法，并开展优化设计研究。.生物信息处理与传统的科学计算差异巨大：生物信息处理主要为定点计算、循环迭代规模不确定、条件转移指令比较多，目前还没

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（0）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
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其他文献

面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    计算机学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    孙凝晖;李晓民;徐琳;谭光明;刘新春;卜东波;冯圣中
  • 通讯作者：
    冯圣中
一个大规模股市图交互式可视化分析系统
  • DOI：
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  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    集成技术
  • 影响因子：
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  • 作者：
    涂志兵;成杰峰;冯圣中
  • 通讯作者：
    冯圣中
基于多维WebGIS的三维互动网络虚拟社区
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    系统仿真学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    吕智涵;冯圣中;陈戈
  • 通讯作者：
    陈戈
基于并行群体模拟退火算法的蛋白质折叠研究
  • DOI：
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  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    科研信息化技术与应用
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    张慧玲;魏彦杰;冯圣中;殷志祥
  • 通讯作者：
    殷志祥
基于分布De Bruijn 图遍历的基因拼接算法的并行构 建和化简方法
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    软件学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    曾理;成杰峰;孟金涛;涂志兵;冯圣中
  • 通讯作者：
    冯圣中

其他文献

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相似国自然基金

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相似海外基金

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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