香港牡蛎和熊本牡蛎高密度遗传连锁图谱构建及其杂交子代生长、糖原含量相关QTL定位研究

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    31702340
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    23.0万
  • 负责人：
    马海涛
  • 依托单位：
    中国科学院南海海洋研究所
  • 学科分类：
    C1902.水产生物遗传育种学
  • 结题年份：
    2020
  • 批准年份：
    2017
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2018-01-01 至2020-12-31

项目摘要

Crassostrea hongkongensis and C.sikamea are two mollusk species of economic importance in China. Like other agricultural species, new oyster strains with favorable traits are desired for promoting the sustainable development of oyster cultivation industry. Therefore, development of the tools and methods using marker-assisted breeding technology are very important and definitely needed for breeding program. This project is based on the obtaining of hybrid families of C. hongkongensis and C.sikamea, aims to screen a large number of SNP markers that can be amplified in both oyster by Reduced-Representation Genome Sequencing 2b-RAD, and construct high density genetic linkage maps for C. hongkongensis and C. sikamea using SNP and SSR markers. In the same time, this project will map growth and glycogen content related QTLs in hybrid progeny populations and investigate the potential value of these QTL in selective breeding program of the oysters. The results would provide theoretical and technical basis for the marker-assisted breeding technology system in oysters.
香港牡蛎和熊本牡蛎是我国两种重要的海水经济贝类，近年来随着牡蛎产业规模的不断扩大，急需培育具有优良性状的牡蛎新品种促进我国牡蛎养殖业持续健康的发展，因此尽快开展分子标记辅助育种研究具有重要的经济价值和理论意义。本项目在成功获得香港牡蛎和熊本牡蛎杂交家系的基础上，拟采用简化基因组测序2b-RAD技术，大规模筛选可同时在两种牡蛎中扩增的SNP标记，并结合从基因组和转录组中开发的微卫星标记，构建两种牡蛎的雌、雄高密度遗传连锁图谱和一致性图谱；同时利用杂交子代对生长、糖原含量相关QTL进行定位研究，并探讨这些QTL或标记在牡蛎良种培育中的应用价值。研究成果将为发展分子标记辅助育种技术体系、培育优良牡蛎新品种提供理论依据和技术基础。

结项摘要

香港牡蛎和熊本牡蛎是我国两种重要的海水经济贝类，近年来随着牡蛎产业规模的不断扩大，急需培育具有优良性状的牡蛎新品种促进我国牡蛎养殖业持续健康的发展，因此尽快开展分子标记辅助育种研究具有重要的经济价值和理论意义。本项目在成功获得香港牡蛎和熊本牡蛎杂交家系的基础上，采用简化基因组测序技术大规模筛选可同时在两种牡蛎中扩增的SNP标记，分别构建了两种牡蛎的高密度遗传连锁图谱，定位标记2916个；基于构建的高密度遗传连锁图谱定位了35个与优势生长相关QTL位点，在QTL位点共鉴定出22个关键候选基因。除此之外，利用新开发微卫星标记对我国华南沿海香港牡蛎自然分布区的11个野生群体进行了遗传结构分析，并且建立了牡蛎种间杂交后代的分子鉴定方法。研究成果将为发展分子标记辅助育种技术体系、培育优良牡蛎新品种提供理论依据和技术基础。

项目成果

期刊论文数量（7）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（3）
Development of tri-nucleotide microsatellite markers from Crassostrea hongkongensis using enriched genomic libraries and cross-species amplification in two closely related species
利用富集基因组文库和两个密切相关的物种的跨物种扩增，开发香港巨牡蛎的三核苷酸微卫星标记
  • DOI：
    10.1016/j.aqrep.2021.100592
  • 发表时间：
    2021-03
  • 期刊：
    Aquaculture Reports
  • 影响因子：
    3.7
  • 作者：
    Haitao Ma;Yuehuan Zhang;Zhiming Xiang;Yang Zhang;Yanping Qin;Ziniu Yu
  • 通讯作者：
    Ziniu Yu
Comparison of the Biochemical Composition and Nutritional Quality Between Diploid and Triploid Hong Kong Oysters, Crassostrea hongkongensis
二倍体与三倍体香港牡蛎生化成分及营养品质比较
  • DOI：
    10.3389/fphys.2018.01674
  • 发表时间：
    2018-11-26
  • 期刊：
    FRONTIERS IN PHYSIOLOGY
  • 影响因子：
    4
  • 作者：
    Qin, Yanping;Zhang, Yuehuan;Yu, Ziniu
  • 通讯作者：
    Yu, Ziniu
利用高通量测序开发的熊本牡蛎微卫星标记评价野生和 养殖群体的遗传多样性及通用性
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2019
  • 期刊：
    水产学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    黄飘逸;马海涛;喻子牛;张跃环;高红梅;彭建军
  • 通讯作者：
    彭建军
Multiplex species-specific PCR identification of native giant clams in the South China Sea: A useful tool for application in giant clam stock management and forensic identification
南海本地巨蛤的多重物种特异性 PCR 鉴定：用于巨蛤种群管理和法医鉴定的有用工具
  • DOI：
    10.1016/j.aquaculture.2020.735991
  • 发表时间：
    2020
  • 期刊：
    Aquaculture
  • 影响因子：
    4.5
  • 作者：
    Haitao Ma;Hongmei Gao;Yang Zhang;Yanping Qin;Zhiming Xiang;Jun Li;Yuehuan Zhang;Ziniu Yu
  • 通讯作者：
    Ziniu Yu
A comparative analysis of the growth, survival and reproduction of Crassostrea hongkongensis, Crassostrea ariakensis, and their diploid and triploid hybrids
香港巨牡蛎、亚洲巨牡蛎及其二倍体和三倍体杂种生长、存活和繁殖的比较分析
  • DOI：
    10.1016/j.aquaculture.2020.734946
  • 发表时间：
    2020-04-15
  • 期刊：
    AQUACULTURE
  • 影响因子：
    4.5
  • 作者：
    Qin, Yanping;Li, Xingyou;Yu, Ziniu
  • 通讯作者：
    Yu, Ziniu

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其他文献

中国城市间高铁通勤案例比较分析
  • DOI：
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  • 作者：
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  • 通讯作者：
    马海涛
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    2010
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  • 作者：
    刘勇锋;马海涛;付士根
  • 通讯作者：
    付士根

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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