泛癌染色质调控子协同互作网络构建及其表观遗传调控机制研究

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    31900493
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    25.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C0608.生物数据资源与分析方法
  • 结题年份:
    2022
  • 批准年份:
    2019
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2020-01-01 至2022-12-31

项目摘要

Chromatin regulators are indispensable upstream regulatory factors of epigenetic modifications and are found to mediate the epigenetic modifications to regulate the biological processes and the development of cancers. Recent studies showed that chromatin regulators could mediate the epigenetic modifications by synergistic interactions, so as to precisely regulate biological processes such as gene transcription. Therefore, identification of the genome-wide synergistic interactions between chromatin regulators and the further exploration of their synergistic regulation mechanisms are innovative and significant. This project intends to integrate a large-scale data on chromatin regulators and epigenetic modifications at the pan-cancer level, construct and dissect the chromatin regulators associated synergistic interaction networks through bioinformatics methods. Based on the synergistic networks across cancer types, we will excavate the conserved and specific synergistic modules, identify their regulatory epigenetic modifications and genes, and explore the commonness and difference of epigenetic regulation across cancer types. Finally, a bioinformatics analysis platform for functional assessment of the synergistic interactions between chromatin regulators will be established, to provide important insights for studies on synergistic interaction mechanism of chromatin regulators and epigenetic regulation in cancers, and provide new trends to diagnosis and treatment of cancers from the perspective of epigenetics.
染色质调控子(Chromatin Regulator)是表观遗传修饰的关键上游调控因子,通过介导表观修饰参与生命活动和癌症的发生发展历程。最新研究表明,染色质调控子可通过协同互作来介导多种表观修饰,实现精确调控基因转录等生物过程的目的。因此,全基因组内识别染色质调控子的协同作用并解析其协同调控机制是一项具有创新性以及重要意义的工作。本项目拟整合大规模、癌症背景下的染色质调控子和表观修饰相关数据,采用生物信息学方法,构建染色质调控子协同互作网络,剖析其协同互作特点,挖掘泛癌保守和癌症特异的协同互作模块,确定其调控的表观修饰和基因,探索癌症表观遗传调控的共性和异质性。同时,建立泛癌染色质调控子协同互作的功能解析生物信息学平台,为染色质调控子协同互作机制和癌症表观遗传调控的研究提供重要依据,从表观遗传角度为癌症诊断和治疗提供新思路。

结项摘要

染色质调控子可通过协同互作来介导多种表观修饰,实现精确调控基因转录等生物过程的目的,从而介导癌症的发生发展过程。本项目以多种癌症为疾病模型,整合多个数据库资源中染色质调控子相关的ChIP-seq数据,构建癌症背景下的染色质调控子协同互作网络,识别不同癌症间保守的和特异的染色质调控子协同互作模块,解析协同互作的染色质调控子的作用特点,并结合细胞系或样本所属癌症信息,进一步阐明协同染色质调控子的保守和特异的作用机制。深入分析保守和特异模块的染色质调控子的重叠作用peak区域与基因元件位置的相关关系,从而揭示协同互作模块中染色质调控子的作用特点及潜在生物学意义。基于上述的癌症保守和特异的协同互作模块,融合不同类型表观修饰的数据,寻找协同互作的染色质调控子对所介导的表观修饰,深入挖掘下游基因相关生物学过程和通路,深化理解特异模块在特异癌症中的表观调控机制。. 此外,在顺利执行原计划的基础上,同时也对课题进行了深入的扩展研究,并取得了良好的研究结果。本项目的研究结果为癌症分子靶向治疗提供可靠的理论依据,具有潜在的临床意义,对探讨表观遗传机制、癌症发病机理、推进染色质调控子协同调控研究具有重大意义。本项目目前共发表SCI论文4篇(均标注了本项目号)。

项目成果

期刊论文数量(4)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Contributions of Gene Modules Regulated by Essential Noncoding RNA in Colon Adenocarcinoma Progression
必需非编码RNA调控的基因模块在结肠腺癌进展中的作用
  • DOI:
    10.1155/2020/8595473
  • 发表时间:
    2020-03-24
  • 期刊:
    BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Li, Chunhua;Yu, Xiaorong;Li, Kongning
  • 通讯作者:
    Li, Kongning
Identification of Autophagy-Associated Biomarkers and Corresponding Regulatory Factors in the Progression of Colorectal Cancer
结直肠癌进展中自噬相关生物标志物及相应调控因子的鉴定
  • DOI:
    10.3389/fgene.2020.00245
  • 发表时间:
    2020-03-18
  • 期刊:
    FRONTIERS IN GENETICS
  • 影响因子:
    3.7
  • 作者:
    Zhang, Chunrui;Jiang, Jing;Wang, Hong
  • 通讯作者:
    Wang, Hong
The synergistic interaction landscape of chromatin regulators reveals their epigenetic regulation mechanisms across five cancer cell lines.
染色质调节因子的协同相互作用景观揭示了它们在五种癌细胞系中的表观遗传调节机制
  • DOI:
    10.1016/j.csbj.2022.09.008
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
    COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL
  • 影响因子:
    6
  • 作者:
    Cao, Meng;Wang, Liqiang;Xu, Dahua;Bi, Xiaoman;Guo, Shengnan;Xu, Zhizhou;Chen, Liyang;Zheng, Dehua;Li, Peihu;Xu, Jiankai;Zheng, Shaojiang;Wang, Hong;Wang, Bo;Lu, Jianping;Li, Kongning
  • 通讯作者:
    Li, Kongning
The Functional Characterization of Epigenetically Related lncRNAs Involved in Dysregulated CeRNA-CeRNA Networks Across Eight Cancer Types.
八种癌症类型中参与失调 CeRNA-CeRNA 网络的表观遗传相关 lncRNA 的功能表征
  • DOI:
    10.3389/fcell.2021.649755
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    Frontiers in cell and developmental biology
  • 影响因子:
    5.5
  • 作者:
    Xu D;Wang L;Pang S;Cao M;Wang W;Yu X;Xu Z;Xu J;Wang H;Lu J;Li K
  • 通讯作者:
    Li K

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其他文献

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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