基于序列特征和统计判别方法发展细菌必需基因识别算法及软件

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    60801058
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    16.0万
  • 负责人：
    郭锋彪
  • 依托单位：
    电子科技大学
  • 学科分类：
    F0124.生物电子学与生物信息处理
  • 结题年份：
    2011
  • 批准年份：
    2008
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2009-01-01 至2011-12-31

项目摘要

必需基因是生物体生存不可缺少的基因。生物体只要缺乏一个以上的必需基因就无法生存，因此必需基因可以作为抗菌药物及疫苗设计的有效靶标。目前，细菌必需基因的识别都是采用的实验方法，而实验方法大都费时费力又费钱，并且对于某些细菌实验方法并不适用。本项目就是要针对实验方法的以上缺陷，开发出具有独立知识产权的细菌必需基因识别软件GFB_E和DEG_Match。拟选择基因长度、密码子使用、氨基酸组成、疏水性等序列特征作为识别变量，联合统计判别方法发展算法从而开发出GFB_E软件。在公共数据库DEG基础上，利用功能信息和基因名称信息建立模型开发DEG_Match软件。利用本项目开发的识别软件可以快速、准确识别出任何一种细菌基因组所含有的全部必需基因，而金钱的花费几乎为零。本项目的顺利实施可以为抗菌药物提供高效靶点。同时，对必需基因的理论研究有助于理解地球上所有生物最初共同祖先的基因构成和生活方式。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（11）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（3）
专利数量（0）
Prediction of genomic islands in seven human pathogens using the Z-Island method
使用 Z 岛方法预测七种人类病原体的基因组岛
  • DOI：
    10.4238/2011.october.5.1
  • 发表时间：
    2011-01-01
  • 期刊：
    GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH
  • 影响因子：
    0.4
  • 作者：
    Wei, W.;Guo, F. -B.
  • 通讯作者：
    Guo, F. -B.
基于Z曲线方法重新注释脑膜炎奈瑟菌MC58株基因组
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    生物物理学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    魏闻;郭锋彪
  • 通讯作者：
    郭锋彪
Gene Re-annotation in Genome of the Extremophile Pyrobaculum Aerophilum by Using Bioinformatics Methods
利用生物信息学方法对嗜极热杆菌基因组进行基因重新注释
  • DOI：
    10.1080/07391102.2011.10507393
  • 发表时间：
    2011-10-01
  • 期刊：
    JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS
  • 影响因子：
    4.4
  • 作者：
    Du, Meng-Ze;Guo, Feng-Biao;Chen, Yue-Yun
  • 通讯作者：
    Chen, Yue-Yun
Identify Protein-coding Genes in the Genomes of Aeropyrum pernix K1 and Chlorobium tepidum TLS
鉴定 Aeropyrum pernix K1 和 Chlorobium tepidum TLS 基因组中的蛋白质编码基因
  • DOI：
    10.1080/07391102.2009.10507256
  • 发表时间：
    2009-02-01
  • 期刊：
    JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS
  • 影响因子：
    4.4
  • 作者：
    Guo, Feng-Biao;Lin, Yan
  • 通讯作者：
    Lin, Yan
A plot of G plus C content against sequence length of 640 bacterial chromosomes shows the points are widely scattered in the upper triangular area
G 加 C 含量与 640 条细菌染色体序列长度的关系图显示这些点广泛分散在上三角区域
  • DOI：
    10.1007/s10577-009-9024-3
  • 发表时间：
    2009-04-01
  • 期刊：
    CHROMOSOME RESEARCH
  • 影响因子：
    2.6
  • 作者：
    Guo, Feng-Biao;Lin, Hao;Huang, Jian
  • 通讯作者：
    Huang, Jian

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--"}}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--" }}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--"}}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ patent.updateTime }}

其他文献

微生物必需基因的理论研究现状
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2012
  • 期刊：
    遗传
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    叶远浓;郭锋彪
  • 通讯作者：
    郭锋彪

其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--" }}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--"}}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--" }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}
empty
内容获取失败，请点击重试
重试联系客服
title开始分析
查看分析示例
此项目为已结题，我已根据课题信息分析并撰写以下内容，帮您拓宽课题思路：

AI项目思路

AI技术路线图

郭锋彪的其他基金

微生物必需基因集与联合致死基因集的理论分析与识别研究
  • 批准号：
    31871335
  • 批准年份：
    2018
  • 资助金额：
    59.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目
基于集成模型的细菌必需基因识别算法研究及应用
  • 批准号：
    31470068
  • 批准年份：
    2014
  • 资助金额：
    30.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目
专性胞内菌复制链极端组成偏差的分析及其内在机制的研究
  • 批准号：
    31071109
  • 批准年份：
    2010
  • 资助金额：
    35.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目

相似国自然基金

{{ item.name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 批准年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}

相似海外基金

{{ item.name }}
{{ item.translate_name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 财政年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}
{{ showInfoDetail.title }}

作者：{{ showInfoDetail.author }}

知道了

AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
关闭
close
客服二维码